GenBank

**GenBank**
GenBank
Skraćenica	GB
Prethodnik	Novoosnovana
Datum osnivanja	1982.
Vrsta	Javna baza podataka o nukleotidima
Status	Aktivan
Cilj	Prikupljanje nolvih podataka o nukleotidima i genima; Do 2023.: Nukleotidne sekvence za više od 300.000 organizama s pratećom bibliografskom i biološkom napomenom
Glavno sjedište	NCBI
Članstvo	Neograničeni
Jezik	Engleski
Ključne osobe	Walter Goad
Glavni organ	Uredništvo
Br. zaposlenih	?
Veb-sajt	= eutils; soap; ; NCBI XML; ASN.1; BLAST; Genbank format;

GenBank baza podataka sekvenci je otvoreno pristupna, označena zbirka svih javno dostupnih nukleotidnih sekvenci i njihovih proteinskih prijevoda. Proizvodi ga i održava Nacionalni centar za informacije o biotehnologiji (NCBI; dio Nacionalnih instituta za zdravlje u Sjedinjenim Državama) kao dio Međunarodne baze podataka o nukleotidnim sekvencama Saradnja (INSDC).

GenBank i njeni saradnici primaju sekvence proizvedene u laboratorijama širom svijeta od više od 500.000 formalno opisanih vrsta.^[1] Bazu podataka pokrenuli su Walter Goad i Nacionalna laboratorija Los Alamosa, 1982. GenBank je postala važna baza podataka za istraživanja u biološkim poljima i rastao je posljednjih godina eksponencijalnom stopom udvostručavajući se otprilike svakih 18 mjeseci.^[2]^[3]

Izdanje 250.0, objavljeno u junu 2022., sadržavalo je preko 17 triliona nukleotidnih baza u više od 2,45 milijardi sekvenci.^[4] GenBank je napravljen direktnim podnošenjem iz pojedinačnih laboratorija, kao i iz masovnih predaja iz velikih centara sekvenciranje.

Prijave

GenBank se mogu poslati samo originalne sekvence. Direktno podnošenje se vrši GenBank koristeći BankIt, koji je web-bazirani obrazac, ili samostalni program za podnošenje, Sequin. Po prijemu predaje sekvence, osoblje GenBank-a ispituje originalnost podataka i dodjeljuje pristupni broj sekvenci i vrši provjere osiguranja kvaliteta. Prijave se zatim puštaju u javnu bazu podataka, gdje se unosi mogu pronaći putem Entrez ili preuzeti putem FTP. Grupno slanje eksprimirana oznaka sekvence (EST), lokacija označena sekvencom (STS), sekvenca istraživanja genoma (GSS) i sekvenca genoma visoke propusnosti (HTGS) podatke najčešće dostavljaju veliki centri za sekvenciranje. Grupa za direktno podnošenje GenBank-a također obrađuje kompletne sekvence mikrobnog genoma.^[5]^[6]

Baza podataka GenBank uključuje dodatne skupove podataka koji su konstruisani mehanički iz prikupljanja podataka glavne sekvence, i stoga su isključeni iz ovog brojanja.

Top 20 organizama u GenBank-u (Izdanje 250)^[4]
Organizam	Bazni parovi
Triticum aestivum	2,15443744183×10^¹¹
SARS-CoV-2	1,65771825746×10^¹¹
Hordeum vulgare ssp. vulgare	1,01344340096×10^¹¹
Mus musculus	3,0614386913×10^¹⁰
Homo sapiens	2,7834633853×10^¹⁰
Avena sativa	2,1127939362×10^¹⁰
Escherichia coli	1,5517830491×10^¹⁰
Klebsiella pneumoniae	1,1144687122×10^¹⁰
Danio rerio	1,0890148966×10^¹⁰
Bos taurus	1,0650671156×10^¹⁰
Triticum turgidum subsp. durum	9,981529154×10^⁹
Zea mays	7,412263902×10^⁹
Avena insularis	6,924307246×10^⁹
Secale cereale	6,749247504×10^⁹
Rattus norvegicus	6,548854408×10^⁹
Aegilops longissima	5,920483689×10^⁹
Canis lupus familiaris	5,776499164×10^⁹
Aegilops sharonensis	5,272476906×10^⁹
Sus scrofa	5,179074907×10^⁹
Rhinatrema bivittatum	5,178626132×10^⁹

Također pogledajte

Ensembl
Referentna baza podataka o ljudskim proteinima (HPRD)
Analiza sekvence
UniProt
Entrez
Lista sekvenciranih eukariotskih genoma
Lista sekvenciranih arhealnih genoma
RefSeq — baza podataka referentnih sekvenci
Geneious — uključuje GenBank alat za podnošenje
Otvoreni naučni podaci
Proteinska banka podataka

Reference

↑ Eric W Sayers; Mark Cavanaugh; Karen Clark; Kim D Pruitt; Conrad L Schoch; Stephen T Sherry; Ilene Karsch-Mizrachi (7. 1. 2022). "GenBank". Nucleic Acids Archive. 50 (D1): D161–D164. doi:10.1093/nar/gkab1135.
↑ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. (2008). "GenBank". Nucleic Acids Research. 36 (Database): D25–D30. doi:10.1093/nar/gkm929. PMC 2238942. PMID 18073190.
↑ Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. (2009). "GenBank". Nucleic Acids Research. 37 (Database): D26–D31. doi:10.1093/nar/gkn723. PMC 2686462. PMID 18940867.
1 2 "GenBank release notes (Release 250)". NCBI. 15. 6. 2022. Pristupljeno 20. 7. 2022.
↑ "How to submit data to GenBank". NCBI. Pristupljeno 20. 7. 2022.
↑ "GenBank Submission Types". NCBI. Pristupljeno 20. 7. 2022.

Šablon:NCBI-handbook

Vanjski linkovi

GenBank
Example sequence record, for hemoglobin beta
BankIt
Sequin — a stand-alone software tool developed by the NCBI for submitting and updating entries to the GenBank sequence database.
EMBOSS — free, open source software for molecular biology
GenBank, RefSeq, TPA and UniProt: What's in a Name?

[1] Eric W Sayers; Mark Cavanaugh; Karen Clark; Kim D Pruitt; Conrad L Schoch; Stephen T Sherry; Ilene Karsch-Mizrachi (7. 1. 2022). "GenBank". Nucleic Acids Archive. 50 (D1): D161–D164. doi:10.1093/nar/gkab1135.

[pmid18073190-2] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Wheeler, D. L.; et al. (2008). "GenBank". Nucleic Acids Research. 36 (Database): D25–D30. doi:10.1093/nar/gkm929. PMC 2238942. PMID 18073190.

[pmid18940867-3] Benson D; Karsch-Mizrachi, I.; Lipman, D. J.; Ostell, J.; Sayers, E. W.; et al. (2009). "GenBank". Nucleic Acids Research. 37 (Database): D26–D31. doi:10.1093/nar/gkn723. PMC 2686462. PMID 18940867.

[ReleaseNotes-4] 1 2 "GenBank release notes (Release 250)". NCBI. 15. 6. 2022. Pristupljeno 20. 7. 2022.

[5] "How to submit data to GenBank". NCBI. Pristupljeno 20. 7. 2022.

[6] "GenBank Submission Types". NCBI. Pristupljeno 20. 7. 2022.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

p r u Bioinformatika
Baze podataka	Baze podataka sekvenci: GenBank, Evropska arhiva nukleotida i Japanska DNK baza podataka Sekundarne baze podataka: UniProt, baza podataka proteinskih sekvenci grupisanih zajedno Swiss-Prot, TrEMBL i Izvor informacija o proteinima Ostale baze podataka: Protein Data Bank, Ensembl i InterPro Specijalizirane genomske baze podataka: BOLD, Kvaščeva genomska baza podataka, FlyBaza, VectorBase, WormBase, Baza pacovskog genoma , PHI-baza, Arabidopsisni informacijski resurs i Informacijska mreža o zebricama
Softver	BLAST Bowtie Clustal EMBOSS HMMER MUSCLE SAMtools SOAP-paket TopHat
Ostale	Server: ExPASy Ontologija: Ontologija gena Rosalind (obrazovna platforma)
Institucije	Institut Broad Kineska nacionalna GeneBank (CNGB) Odsjek za računarsku biologiju (CBD) Microsoft Research - Centar za računarsku i sistemsku biologiju Univerziteta u Trentu (COSBI) Baza podataka Centra za nauku o životu (DBCLS) Japanska DNK baza podataka (DDBJ) Evropski institut za bioinformatiku (EMBL-EBI) Evropska laboratorija za molekularnu biologiju (EMBL) Institut Flatiron Institut J. Craiga Ventera (JCVI) Max Planck Institut za molekularnu ćelijsku biologiju i genetiku (MPI-CBG) Nacionalni centar za biotehnološke informacije (NCBI) Japanski institut za genetiku Nizozemski bioinformatički centar (NBIC) Filipinski centar za genome (PGC) Scripps Research Švicarski institut za bioinformatiku (SIB) Institut Welcome Sanger Institut Whitehead
Organizacije	Afričko društvo za bioinformatiku i računarsku biologiju (ASBCB) Australijski bioinformatički resurs (EMBL-AR) Evropska mreža za molekularnu biologiju (EMBnet) Međunarodna saradnja baze podataka nukleotidnih sekvenci (INSDC) Međunarodno društvo za biokuriranje (ISB) Međunarodno društvo za računarsku biologiju (ISCB) Studentsko vijeće (ISCB-SC) Institut za genomiku i integrativnu biologiju (CSIR-IGIB) Japansko društvo za bioinformatiku (JSBi)
sastanci	Bazelska konferencija računarske biologije‎ ([BC²]) Evropska konferencija o računarskoj biologiji (ECCB) Inteligentni sistemi za molekularnu biologiju (ISMB) Međunarodna konferencija o bioinformatici (InCoB) ISCB Afrička ASBCB konferencija o bioinformatici Pacifički simpozij o bioračunarstvu (PSB) Istraživanje u računarskoj molekularnoj biologiji (RECOMB)
Formati datoteka	CRAM format FASTA format FASTQ format NeXML format Nexus format Pileupski format SAM format Stockholmski format VCF format
Ostale teme	Računarska biologija Spisak biobanaka Spisak bioloških baza podataka Molecularna filogenetika Sekvenciranje Baze podataka sekvenci Poravnavanje sekvence
Kategorija Commons