Sekvenciranje DNK

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na navigaciju Idi na pretragu

Sekvenciranje DNK je proces određivanja sekvenci nukleinskih kiselina – redoslijeda nukleotida u molekulama DNK. Uključuje bilo koji metod ili tehnologiju koja se koristi za određivanje redoslijeda četiri baze: adenin, guanin, citozin i timin. Pojava brzih metoda sekvenciranja DNK uveliko je ubrzala biološka i medicinska istraživanja i otkrića.[1][2]

Poznavanje sekvenci DNK postalo je neophodno za osnovna biološka istraživanja, DNK Genografski projekti ma i u brojnim primijenjenim poljima kao što su medicinska dijagnoza, biotehnologija, forenzička biologija, virologija i biosistematika. Uspoređujući normalne i mutirane sekvence DNK mogu se dijagnosticirati različite bolesti, uključujući različite tipove raka,[3] karakterizira repertoar antitijela, a može se koristiti za usmjeravanje liječenja pacijenata.[4] Posjedovanje brzog načina sekvenciranja DNK omogućava bržu i individualiziraniju medicinsku njegu i identifikaciju i katalogizaciju više organizama.

Povećana brzina sekvenciranja postignuta modernom tehnologijom sekvenciranja DNK bila je ključna u sekvenciranju kompletnih sekvenci DNK, ili genoma, brojnih tipova i vrsta života, uključujući ljudski genom i druge kompletne sekvence DNK mnogih životinjskih, biljnih i mikrobnih vrsta.

Primjer rezultata automatiziranog sekvenciranja DNK sa završetkom lanca.

Prve sekvence DNK dobili su akademski istraživači, ranih 1970-ih, koristeći mukotrpne metode zasnovane na dvodimenzijskoj hromatografiji. Nakon razvoja fluorescentnog metoda sekvenciranja DNK sekvencerom,[5] Sekvenciranje DNK postalo je lakše i za veličine redova brže.[6]

Aplikacije[uredi | uredi izvor]

DNK sekvenciranje se može koristiti za određivanje sekvence pojedinačnih gena, većih genetičkih regija (tj. klastera gena ili operona), punih hromosoma ili cijelih genoma bilo kojih organizama. Sekvenciranje DNK je takođe najefikasniji način za indirektno sekvenciranje RNK ili proteina (preko njihovog otvorenih okvira čitanja). Zapravo, sekvenciranje DNK postalo je ključna tehnologija u mnogim oblastima biologije i drugih nauka kao što su medicina, forenzika i bioantropologija.

Molekulska biologija[uredi | uredi izvor]

Sekvenciranje se koristi u molekulskoj biologiji za proučavanje genoma i proteina koje oni kodiraju. Informacije dobijene pomoću sekvenciranja omogućavaju da se identifikuju promjene u genima, povezanost s bolestima i fenotipovima, te identificiraju potencijalne mete lijeka.

Evolucijska biologija[uredi | uredi izvor]

Budući da je DNK informativna makromolekula u smislu prijenosa s jedne generacije na drugu, sekvenciranje DNK se koristi u evolucijskoj biologiji za proučavanje kako su različiti organizmi povezani i kako su evoluirali. U februaru 2021. godine, naučnici su po prvi put izvijestili o sekvenciranju DNK iz životinjskih ostataka, u ovom slučaju mamuta, starijih od milion godina, najstarije DNK sekvencirane do danas.[7][8]

Metagenomika[uredi | uredi izvor]

Oblast metagenomike uključuje identifikaciju organizama prisutnih u vodnom tijelu, kanalizacijama, prljavštini, krhotinama filtriranim iz zraka ili uzorcima briseva iz organizama. Poznavanje toga koji su organizmi prisutni u određenom okruženju ključno je za istraživanje u ekologiji, epidemiologiji, mikrobiologiji i drugim poljima. Sekvenciranje omogućava da se odredi koje vrste mikroba mogu biti prisutne u mikrobiomu, naprimjer.

Virusologija[uredi | uredi izvor]

Kako je većina virusa premala da bi se mogla vidjeti svjetlosnim mikroskopom, za identifikaciju i proučavanje virusa, sekvenciranje je jedan od glavnih alata u virologiji.[9] Virusni genomi mogu biti bazirani na DNK ili RNK. RNK virusi su vremenski osjetljiviji za sekvenciranje genoma, jer se brže razgrađuju u kliničkim uzorcima.[10] Tradicijski Sangersko sekvenciranje i sekvenciranje sljedeće generacije koriste se za sekvenciranje virusa u osnovnim i kliničkim istraživanjima , kao i za dijagnozu virusnih infekcija u nastajanju, molekularnu epidemiologiju virusnih patogena i testiranje rezistencije na lijekove. U GenBank postoji više od 2,3 miliona jedinstvenih virusnih sekvenci.[9] Nedavno je NGS nadmašio tradicijski Sangerov metod kao najpopularniji pristup za generiranje virusnih genoma.[9]

Tokom izbijanja ptičje gripe 1990., virusno sekvenciranje utvrdilo je da podtip gripe potiče iz resortiranja između prepelica i živine. To je dovelo do zakona u Hong Kongu koji je zabranio prodaju živih prepelica i živine zajedno na tržištu. Virusno sekvenciranje se također može koristiti za procjenu kada je virusna epidemija počela korištenjem tehnike molekulskog sata.[10]

Medicina[uredi | uredi izvor]

Medicinski tehničari mogu sekvencirati gene (ili, teorijski, pune genome) pacijenata kako bi utvrdili postoji li rizik od genetičkih bolesti. Ovo je oblik genetičkog testiranja, iako neki genetički testovi možda ne uključuju sekvenciranje DNK.

DNK sekvenciranje se također sve više koristi za dijagnosticiranje i liječenje rijetkih bolesti. Kako se otkriva sve više gena koji uzrokuju rijetke genetičke bolesti, molekulske dijagnoze za pacijente postaju sve popularnije. Sekvenciranje DNK omogućava kliničarima da identifikuju genetičke bolesti, poboljšaju upravljanje bolestima, pruže reproduktivno savjetovanje i učinkovitije terapije.[11]

Također, sekvenciranje DNK može biti korisno za određivanje specifične bakterije, kako bi se omogućilo više precizni antibiotski tretmani, čime se smanjuje rizik od stvaranja antimikrobna rezistencija u populaciji bakterija.[12][13][14][15][16][17]

Forenzička istraživanja[uredi | uredi izvor]

DNK sekvenciranje se može koristiti zajedno sa metodima profiliranja DNK za forenzičku identifikaciju[18] i testiranje očinstva. DNK testiranje je u posljednjih nekoliko decenija izuzetno evoluiralo kako bi na kraju povezalo otisak DNK sa onim što je pod istragom. DNK obrasci u njenim „otiscima prstiju“, pljuvački, dlakinim folikulima itd ,na jedinstven način odvaja svaki živi organizam od drugog. DNK testiranje je tehnika koja može otkriti specifične genome u lancu DNK kako bi se proizveo jedinstveni i individualizirani uzorak.

Četiri kanonske baze[uredi | uredi izvor]

Kanonska struktura DNK ima četiri nukleobaze: timin (T), adenin (A), citozin (C) i guanin (G). Sekvenciranje DNK je određivanje fizičkog reda ovih baza u molekuli DNK. Međutim, postoje mnoge druge baze koje mogu biti u molekuli. Kod nekih virusa (posebno bakteriofaga), citozin se može zamijeniti hidroksi-metilom ili hidroksi-metilNIMm glukoznim citozinom.[19] U sisarSKOJ DNK mogu se naći varijante baza sa metil grupama ili fosfosulfatom.[20][21] U zavisnosti od tehnike sekvenciranja, određena modifikacija, naprimjer, 5mC (5 metil-citozin) uobičajena kod ljudi, može, ali ne mora biti otkrivena.[22]

Sekvenciranje RNK[uredi | uredi izvor]

Sekvenciranje RNK bio je jedan od najranijih oblika sekvenciranja nukleotida. Glavni orijentir sekvenciranja RNK je sekvenca prvog kompletnog gena i kompletnog genoma bakteriofaga MS2, koji su identificirali i objavili Walter Fiers i njegovi saradnici na Univerzitetu u Gentu (Gent, Belgija), 1972[23] and 1976.[24] Tradicijski metodi sekvenciranja RNK zahtijevaju stvaranje molekule cDNK koja se mora sekvencirati.[25]

Rani metodi sekvenciranja DNK[uredi | uredi izvor]

Prvi metod za određivanje sekvenci DNK uključivala je strategiju proširenja specifične za lokaciju koju je uspostavio Ray Wu na Univerzitet Cornell. 1970.[26] Kataliza DNK polimerazama i specifično obilježavanje nukleotida, koji su istaknuti u postojećim shemama sekvenciranja, korišteni su za sekvenciranje kohezivnih krajeva DNK lambda faga.[27][28][29] Između 1970. i 1973., Wu, R Padmanabhan i kolege pokazali su da se ovaj metod može koristiti za određivanje bilo koje sekvence DNK, korištenjem sintetičkih prajmera specifičnih za lokaciju.[30][31][32] Frederick Sanger je zatim usvojio ovu strategiju proširenja primjera za razvoj bržih metoda sekvenciranja DNK u Medical Research Council Center, Cambridge, UK i objavio metod za "Sekvenciranje DNK sa inhibitorima koji terminiraju lanac", 1977. Walter Gilbert i Allan Maxam na Harvardu su također razvili metode sekvenciranja, uključujući i onaj za "Sekvenciranje DNK hemijskom degradacijom".[33] Godine 1973. Gilbert i Maxam objavili su sekvencu od 24 para baza koristeći meto poznatu kao analiza lutajućih tačaka.[34] Napredak u sekvenciranju je potpomognut konkurentnim razvojem tehnologije rekombinantne DNK, omogućavajući izolaciju uzoraka DNK iz izvora koji nisu virusi.

Sekvenciranje punih genoma[uredi | uredi izvor]

Genom od 5,386 bp bakteriofaga φX174. Svaki obojeni blok predstavlja gen.

Prvi potpuni DNK genom koji je sekvencioniran bio je za bakteriofag φX174 1977.[35] Naučnici Vijeća za medicinska istraživanja (UK) dešifrirali su kompletnu sekvencu DNK Epstein-Barrovog virusa 1984. godine, otkrivši da sadrži 172.282 nukleotida. Završetak sekvence označio je značajnu prekretnicu u sekvenciranju DNK jer je postignut bez prethodnog poznavanja genetičkog profila virusa.[36]

Herbert Pohl i saradnici ranih 1980-ih razvili su neradioaktivni metod za prijenos molekula sekvencirajućih reakcijskih smjesa DNK na imobilizirajući matriks tokom elektroforeza.[37][38] Slijedi komercijalizacija DNK sekvencera "Direct-Blotting-Electrophoresis-System GATC 1500" u GATC Biotech, koji se intenzivno koristio u okviru EU programa za sekvenciranje genoma, kompletne DNK sekvence hromosoma II kvasca Saccharomyces cerevisiae.[39] Laboratorija Leroy E. Hood na California Institute of Technology objavila je prvo poluautomatsko mašinsko sekvenciranje DNK, 1986.[40] Slijedio ga je marketing Applied Biosystems prve potpuno automatizovane mašine za sekvenciranje, ABI 370, 1987. i Dupont's Genesis 2000.,[41] koristeći novu tehniku fluorescentnog označavanja koja omogućava da se sva četiri didezoksinukleotida identifikuju u jednoj traci. Do 1990. godine, SAD Nacionalni instituti za zdravlje (NIH) započeli su opsežna ispitivanja sekvenciranja na Mycoplasma capricolum, Escherichia coli, Caenorhabditis elegans i Saccharomyces cerevisiae, po cijeni od 0,75 USD po bazi. U međuvremenu, sekvenciranje ljudskih cDNK sekvenci zvanih eksprimirana oznaka sekvenci počelo je u laboratoriji Craig Venter, pokušaj da se uhvati frakcija kodiranja ljudskog genoma.[42] U 1995. , Venter, Hamilton Smith et al. sa Instituta za genomska istraživanja (TIGR) objavili su prvi kompletan genom slobodnog živog organizma, bakterije Haemophilus influenzae. Kružni hromozom sadrži 1.830.137 baza i njegova objava u časopisu Science[43] označila je prvu objavljenu nasumičnu upotrebu cijelog genoma, eliminirajući potrebu za početnim naporima na mapiranju.

Do 2001. godine, metodi sekvenciranja tipa „sačmarica“ korištene su za proizvodnju nacrta sekvence ljudskog genoma.[44][45]

Metodi sekvenciranja visoke propusnosti (HTS)[uredi | uredi izvor]

Historija tehnologije sekvenciranja Šablon:Hsp[46]

Nekoliko novih metoda za sekvenciranje DNK razvijeno je sredinom do kasnih 1990-ih i implementirano u komercijalne DNK sekvencione do 2000. Zajedno su nazvani metodi sekvenciranja "sljedeće generacije" ili "druge generacije" (NGS), kako bi se razlikovali od ranijih metoda, uključujući Sangersko sekvenciranje. Za razliku od prve generacije sekvenciranja, NGS tehnologiju tipski karakteriše to što je vrlo skalabilna, što omogućava da se cijeli genom sekvencira odjednom. Obično se to postiže fragmentacijom genoma na male komadiće, nasumično uzorkovanjem za fragment i sekvenciranjem pomoću jedne od različitih tehnologija, poput onih opisanih u nastavku. Čitav genom je moguć jer se više fragmenata sekvencira odjednom (dajući mu naziv "masivno paralelno" sekvenciranje) u automatiziranom procesu.

NGS tehnologija je izuzetno osnažila istraživače da traže uvid u zdravlje, bioantropologe da istražuju ljudsko porijeklo i katalizuje pokret "Personalizirane medicine". Međutim, to je također otvorilo vrata za više prostora za greške. Postoji mnogo softverskih alata za izvođenje računarske analize NGS podataka, često kompajliranih na online platformama kao što je CSI NGS Portal, svaki sa svojim vlastitim algoritmom. Čak i parametri unutar jednog softverskog paketa mogu promijeniti ishod analize. Osim toga, velike količine podataka proizvedenih sekvenciranjem DNK također su zahtijevale razvoj novih metoda i programa za analizu sekvenci. Nekoliko napora da se razviju standardi u polju NGS-a su pokušani da se pozabave ovim izazovima, od kojih su većina bili mali napori koji su proizašli iz pojedinačnih laboratorija. Nedavno je veliki, organizovan napor koji je finansirala FDA kulminirao standardom BioCompute Object.

Dana 26. oktobra 1990. Roger Tsien, Pepi Ross, Margaret Fahnestock i Allan J Johnston podnijeli su patent koji opisuje postupno („baza-po-bazu“) sekvenciranje sa uklonjivim 3' blokatorims na sekvencama DNK (blotovi i pojedinačne molekule DNK).[47] U 1996. Pål Nyrén i njegov student Mostafa Ronaghi na Kraljevskom institutu za tehnologiju u Stockholmu objavili su svoj metod pirosekvenciranja.[48]

Također pogledajte[uredi | uredi izvor]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ "Introducing 'dark DNA' – the phenomenon that could change how we think about evolution".
  2. ^ Behjati S, Tarpey PS (decembar 2013). "What is next generation sequencing?". Archives of Disease in Childhood: Education and Practice Edition. 98 (6): 236–8. doi:10.1136/archdischild-2013-304340. PMC 3841808. PMID 23986538.
  3. ^ Chmielecki J, Meyerson M (14. 1. 2014). "DNA sequencing of cancer: what have we learned?". Annual Review of Medicine. 65 (1): 63–79. doi:10.1146/annurev-med-060712-200152. PMID 24274178.
  4. ^ Pekin D, Skhiri Y, Baret JC, Le Corre D, Mazutis L, Salem CB, et al. (juli 2011). "Quantitative and sensitive detection of rare mutations using droplet-based microfluidics". Lab on a Chip. 11 (13): 2156–66. doi:10.1039/c1lc20128j. PMID 21594292.
  5. ^ Olsvik O, Wahlberg J, Petterson B, Uhlén M, Popovic T, Wachsmuth IK, Fields PI (januar 1993). "Use of automated sequencing of polymerase chain reaction-generated amplicons to identify three types of cholera toxin subunit B in Vibrio cholerae O1 strains". J. Clin. Microbiol. 31 (1): 22–25. doi:10.1128/JCM.31.1.22-25.1993. PMC 262614. PMID 7678018.
  6. ^ Pettersson E, Lundeberg J, Ahmadian A (februar 2009). "Generations of sequencing technologies". Genomics. 93 (2): 105–11. doi:10.1016/j.ygeno.2008.10.003. PMID 18992322.
  7. ^ Hunt, Katie (17. 2. 2021). "World's oldest DNA sequenced from a mammoth that lived more than a million years ago". CNN. Pristupljeno 17. 2. 2021.
  8. ^ Callaway, Ewen (17. 2. 2021). "Million-year-old mammoth genomes shatter record for oldest ancient DNA - Permafrost-preserved teeth, up to 1.6 million years old, identify a new kind of mammoth in Siberia". Nature. 590 (7847): 537–538. doi:10.1038/d41586-021-00436-x. PMID 33597786.
  9. ^ a b c Castro, Christina; Marine, Rachel; Ramos, Edward; Ng, Terry Fei Fan (2019). "The effect of variant interference on de novo assembly for viral deep sequencing". BMC Genomics. 21 (1): 421. bioRxiv 10.1101/815480. doi:10.1186/s12864-020-06801-w. PMC 7306937. PMID 32571214.
  10. ^ a b Wohl, Shirlee; Schaffner, Stephen F.; Sabeti, Pardis C. (2016). "Genomic Analysis of Viral Outbreaks". Annual Review of Virology. 3 (1): 173–195. doi:10.1146/annurev-virology-110615-035747. PMC 5210220. PMID 27501264.
  11. ^ Boycott, K., Vanstone, M., Bulman, D. et al. Rare-disease genetics in the era of next-generation sequencing: discovery to translation. Nat Rev Genet 14, 681–691 (2013). https://doi.org/10.1038/nrg3555
  12. ^ Schleusener V, Köser CU, Beckert P, Niemann S, Feuerriegel S (2017). "Mycobacterium tuberculosis resistance prediction and lineage classification from genome sequencing: comparison of automated analysis tools". Sci Rep. 7: 46327. Bibcode:2017NatSR...746327S. doi:10.1038/srep46327. PMC 7365310. PMID 28425484.
  13. ^ Mahé P, El Azami M, Barlas P, Tournoud M (2019). "A large scale evaluation of TBProfiler and Mykrobe for antibiotic resistance prediction in Mycobacterium tuberculosis". PeerJ. 7: e6857. doi:10.7717/peerj.6857. PMC 6500375. PMID 31106066.
  14. ^ Mykrobe predictor –Antibiotic resistance prediction for S. aureus and M. tuberculosis from whole genome sequence data
  15. ^ Rapid antibiotic-resistance predictions from genome sequence data for Staphylococcus aureus and Mycobacterium tuberculosis
  16. ^ "Michael Mosley vs the superbugs". Arhivirano s originala, 24. 11. 2020. Pristupljeno 21. 10. 2019.
  17. ^ Mykrobe Predictor github
  18. ^ Curtis C, Hereward J (29. 8. 2017). "From the crime scene to the courtroom: the journey of a DNA sample". The Conversation.
  19. ^ Moréra S, Larivière L, Kurzeck J, Aschke-Sonnenborn U, Freemont PS, Janin J, Rüger W (august 2001). "High resolution crystal structures of T4 phage beta-glucosyltransferase: induced fit and effect of substrate and metal binding". Journal of Molecular Biology. 311 (3): 569–77. doi:10.1006/jmbi.2001.4905. PMID 11493010.
  20. ^ Ehrlich M, Gama-Sosa MA, Huang LH, Midgett RM, Kuo KC, McCune RA, Gehrke C (april 1982). "Amount and distribution of 5-methylcytosine in human DNA from different types of tissues of cells". Nucleic Acids Research. 10 (8): 2709–21. doi:10.1093/nar/10.8.2709. PMC 320645. PMID 7079182.
  21. ^ Ehrlich M, Wang RY (juni 1981). "5-Methylcytosine in eukaryotic DNA". Science. 212 (4501): 1350–7. Bibcode:1981Sci...212.1350E. doi:10.1126/science.6262918. PMID 6262918.
  22. ^ Song CX, Clark TA, Lu XY, Kislyuk A, Dai Q, Turner SW, et al. (novembar 2011). "Sensitive and specific single-molecule sequencing of 5-hydroxymethylcytosine". Nature Methods. 9 (1): 75–7. doi:10.1038/nmeth.1779. PMC 3646335. PMID 22101853.
  23. ^ Min Jou W, Haegeman G, Ysebaert M, Fiers W (maj 1972). "Nucleotide sequence of the gene coding for the bacteriophage MS2 coat protein". Nature. 237 (5350): 82–8. Bibcode:1972Natur.237...82J. doi:10.1038/237082a0. PMID 4555447. S2CID 4153893.
  24. ^ Fiers W, Contreras R, Duerinck F, Haegeman G, Iserentant D, Merregaert J, Min Jou W, Molemans F, Raeymaekers A, Van den Berghe A, Volckaert G, Ysebaert M (april 1976). "Complete nucleotide sequence of bacteriophage MS2 RNA: primary and secondary structure of the replicase gene". Nature. 260 (5551): 500–7. Bibcode:1976Natur.260..500F. doi:10.1038/260500a0. PMID 1264203. S2CID 4289674.
  25. ^ Ozsolak F, Milos PM (februar 2011). "RNA sequencing: advances, challenges and opportunities". Nature Reviews Genetics. 12 (2): 87–98. doi:10.1038/nrg2934. PMC 3031867. PMID 21191423.
  26. ^ "Ray Wu Faculty Profile". Cornell University. Arhivirano s originala, 4. 3. 2009.
  27. ^ Padmanabhan R, Jay E, Wu R (juni 1974). "Chemical synthesis of a primer and its use in the sequence analysis of the lysozyme gene of bacteriophage T4". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 71 (6): 2510–4. Bibcode:1974PNAS...71.2510P. doi:10.1073/pnas.71.6.2510. PMC 388489. PMID 4526223.
  28. ^ Onaga LA (juni 2014). "Ray Wu as Fifth Business: Demonstrating Collective Memory in the History of DNA Sequencing". Studies in the History and Philosophy of Science. Part C. 46: 1–14. doi:10.1016/j.shpsc.2013.12.006. PMID 24565976.
  29. ^ Wu R (1972). "Nucleotide sequence analysis of DNA". Nature New Biology. 236 (68): 198–200. doi:10.1038/newbio236198a0. PMID 4553110.
  30. ^ Padmanabhan R, Wu R (1972). "Nucleotide sequence analysis of DNA. IX. Use of oligonucleotides of defined sequence as primers in DNA sequence analysis". Biochem. Biophys. Res. Commun. 48 (5): 1295–302. doi:10.1016/0006-291X(72)90852-2. PMID 4560009.
  31. ^ Wu R, Tu CD, Padmanabhan R (1973). "Nucleotide sequence analysis of DNA. XII. The chemical synthesis and sequence analysis of a dodecadeoxynucleotide which binds to the endolysin gene of bacteriophage lambda". Biochem. Biophys. Res. Commun. 55 (4): 1092–99. doi:10.1016/S0006-291X(73)80007-5. PMID 4358929.
  32. ^ Jay E, Bambara R, Padmanabhan R, Wu R (mart 1974). "DNA sequence analysis: a general, simple and rapid method for sequencing large oligodeoxyribonucleotide fragments by mapping". Nucleic Acids Research. 1 (3): 331–53. doi:10.1093/nar/1.3.331. PMC 344020. PMID 10793670.
  33. ^ Gilbert, W. DNA sequencing and gene structure. Nobel lecture, 8 December 1980.
  34. ^ Gilbert W, Maxam A (decembar 1973). "The Nucleotide Sequence of the lac Operator". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 70 (12): 3581–84. Bibcode:1973PNAS...70.3581G. doi:10.1073/pnas.70.12.3581. PMC 427284. PMID 4587255.
  35. ^ Sanger F, Air GM, Barrell BG, Brown NL, Coulson AR, Fiddes CA, Hutchison CA, Slocombe PM, Smith M (februar 1977). "Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA". Nature. 265 (5596): 687–95. Bibcode:1977Natur.265..687S. doi:10.1038/265687a0. PMID 870828. S2CID 4206886.
  36. ^ "The Next Frontier: Human Viruses" , whatisbiotechnology.org, Retrieved 3 May 2017
  37. ^ Beck S, Pohl FM (1984). "DNA sequencing with direct blotting electrophoresis". EMBO J. 3 (12): 2905–09. doi:10.1002/j.1460-2075.1984.tb02230.x. PMC 557787. PMID 6396083.
  38. ^ United States Patent 4,631,122 (1986)
  39. ^ Feldmann H, et al. (1994). "Complete DNA sequence of yeast chromosome II". EMBO J. 13 (24): 5795–809. doi:10.1002/j.1460-2075.1994.tb06923.x. PMC 395553. PMID 7813418.
  40. ^ Smith LM, Sanders JZ, Kaiser RJ, Hughes P, Dodd C, Connell CR, Heiner C, Kent SB, Hood LE (12. 6. 1986). "Fluorescence Detection in Automated DNA Sequence Analysis". Nature. 321 (6071): 674–79. Bibcode:1986Natur.321..674S. doi:10.1038/321674a0. PMID 3713851. S2CID 27800972.
  41. ^ Prober JM, Trainor GL, Dam RJ, Hobbs FW, Robertson CW, Zagursky RJ, Cocuzza AJ, Jensen MA, Baumeister K (16. 10. 1987). "A system for rapid DNA sequencing with fluorescent chain-terminating dideoxynucleotides". Science. 238 (4825): 336–41. Bibcode:1987Sci...238..336P. doi:10.1126/science.2443975. PMID 2443975.
  42. ^ Adams MD, Kelley JM, Gocayne JD, Dubnick M, Polymeropoulos MH, Xiao H, Merril CR, Wu A, Olde B, Moreno RF (juni 1991). "Complementary DNA sequencing: expressed sequence tags and human genome project". Science. 252 (5013): 1651–56. Bibcode:1991Sci...252.1651A. doi:10.1126/science.2047873. PMID 2047873. S2CID 13436211.
  43. ^ Fleischmann RD, Adams MD, White O, Clayton RA, Kirkness EF, Kerlavage AR, Bult CJ, Tomb JF, Dougherty BA, Merrick JM (juli 1995). "Whole-genome random sequencing and assembly of Haemophilus influenzae Rd". Science. 269 (5223): 496–512. Bibcode:1995Sci...269..496F. doi:10.1126/science.7542800. PMID 7542800.
  44. ^ Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, et al. (februar 2001). "Initial sequencing and analysis of the human genome" (PDF). Nature. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001Natur.409..860L. doi:10.1038/35057062. PMID 11237011.
  45. ^ Venter JC, Adams MD, et al. (februar 2001). "The sequence of the human genome". Science. 291 (5507): 1304–51. Bibcode:2001Sci...291.1304V. doi:10.1126/science.1058040. PMID 11181995.
  46. ^ Yang, Aimin; Zhang, Wei; Wang, Jiahao; Yang, Ke; Han, Yang; Zhang, Limin (2020). "Review on the Application of Machine Learning Algorithms in the Sequence Data Mining of DNA". Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 8: 1032. doi:10.3389/fbioe.2020.01032. PMC 7498545. PMID 33015010.
  47. ^ "Espacenet – Bibliographic data". worldwide.espacenet.com.
  48. ^ Ronaghi M, Karamohamed S, Pettersson B, Uhlén M, Nyrén P (1996). "Real-time DNA sequencing using detection of pyrophosphate release". Analytical Biochemistry. 242 (1): 84–89. doi:10.1006/abio.1996.0432. PMID 8923969.

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]

Šablon:Library resources box

  • A Wikibooks:Next Generation Sequencing (NGS)