CXorf49
| CXorf49 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | CXorf49 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | HomoloGene: 129667 GeneCards: CXorf49 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr X: 71.71 – 71.72 Mb | Chr X: 101.79 – 101.79 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
CXorf49 je protein koji je kod ljudi kodiran genom otvorenog okvira čitanja 49 (CXorf49), na hromosomu X.
Gen
[uredi | uredi izvor]Gen CXorf49 ima dvojnika CXorf49B lokusa.[5] Preimenovanje A8MYA2 se također odnosi na protein kodiran sa CXorf49 ili CXorf49B.[6]
CXorf49 dug je 3.912 baznih parova, sa šest egzona.[7] CXorf49 ima jedan transkript za kodiranje proteina.[8]
Protein
[uredi | uredi izvor]Protein ima 514 aminokiselina i molekulsku masu od 54,4 kDa.[9] Izoelektrična tačka je 9,3. U poređenju sa drugim ljudskim proteinima, CXorf49 je glicin– i prolin-bogat, ali ima niže nivoe asparagina, izoleucina, tirozina i treonina (Statistička analiza proteinskih sekvenci, SAPS [10]).
Domeni
[uredi | uredi izvor]
Domen nepoznate funkcije, DUF4641, gotovo je u cjelosti protein. Dug je 433 aminokiseline, od aminokiseline 80 do aminokiseline broj 512.[11] DUF4641 is a part of pfam15483.[12] Domen je bogat prolinom i argininom, ali DUF4641 ima niže razine izoleucina, tirozina i treonina u odnosu na druge ljudske proteine (Analiza proteinskih sekvenci, SAPS. DUF4641 ima neobičan razmak između lizinskih ostataka i pozitivno nabijenih aminokiselina (Analiza proteinskih sekvenci, SAPS).
Predviđa se da će CXorf49 imati nekoliko post-translacijskih mjesta. To uključuje lokacije za N-acetiltransferazu (NetAcet 1-[13]), glikacija ε amino grupa lizina (NetGlycate 1.0[14]), mucinski tip GalNAc O-glikozilacije (NetOglyc 4.0[15]), phosphorylation (NetPhos 2.0[16]), sumoilacija (SUMOplot program za analizu[17]) i O-ß-GlcNAc dodatak (YinOYang WWW[18]).
Subćelijska lokalizacija
[uredi | uredi izvor]Predviđa se da se protein CXorf49 nalazi u ćelijskom jedru (PSORT II [19]).
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]Promotorska regija
[uredi | uredi izvor]Regija promotora CXorf49 nalazi se između baznog para 71718051 i 71718785 na minus lancu X hromosoma i duga je 735 bp (Genomatixov ElDorado program [20]). Jedan od najčešćih transkripcijskih faktora mjesta vezanja u promotorskoj regiji su mjesta za faktor vezanja za Y-boks.[21]).
Interakcije
[uredi | uredi izvor]Još uvijek nije dokazano da li protein CXorf49 stupa u interakciju s drugim proteinima (PSICQUIC[22]).
Utvrđeno je da je CXorf49 jedna od komponenata male grupe HL-60 ćelijskih proteoma koja je bila najsklonija stvaranju adukata 4-hidroksi-2-nonenala (HNE), nakon izlaganja netoksičnim (10 μM) koncentracijama HNE, zajedno sa toplotnim šokom 60 kDa proteina 1.[23]
Homologija
[uredi | uredi izvor]Upotrebom BLAST-a[24] nađeno je da nema ortologa za CXorf49 u jednoćelijskim organizmima, gljivama ili biljkama čiji su genomi sekvencirani. Za višećelijske organizme ortolozi se nalaze kod sisara. Tabela ispod prikazuje izbor ortologa sisara. Navedeni su nakon vremena evolucijskog razdvajanja od ljudi.
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Pristupni broj | Dužina sekvence | Poklapanje sa ljudskim proteinom |
|---|---|---|---|---|
| Pan troglodytes | Čimpanza | XP_001137982 | 514 aa | 98 % |
| Callithrix jacchus | Obični marmozet | XP_008987719 | 487 aa | 65 % |
| Galeopterus variegatus | Malajski leteći lemur | XP_008574823 | 525 aa | 54 % |
| Tupaia chinensis | Kineska verirovka | XP_006168003 | 527 aa | 35 % |
| Chinchilla lanigera | Dugorepa činčila | XP_013358263 | 307 aa | 49 % |
| Mus musculus | Kućni miš | NP_081944 | 513 aa | 36 % |
| Canis lupus familiaris | Pas | XP_850392 | 526 aa | 54 % |
| Odobenus rosmarus divergens | Pacifički morž | XP_012422579 | 530 aa | 51 % |
| Mustela putorius furo | Feret | XP_004777306 | 544 aa | 50 % |
| Lipotes vexillifer | Kineski riječni delfin | XP_007452050 | 529 aa | 45 % |
| Ovis areis | Ovca | XP_004022229 | 536 aa | 45 % |
| Capra hircus | Koza | XP_005700711 | 538 aa | 44 % |
| Myotis lucifugus | Mali smeđi šišmiš | XP_006083036 | 500 aa | 42 % |
| Myotis davidii | Davidov miotis | XP_006759573 | 495 aa | 42 % |
| Bos taurus | Govedo | NP_001092664 | 534 aa | 42 % |
| Equus asinus | Magarac | XP_014707878 | 723 aa | 42 % |
| Trichechus manatus latirostris | Floridska morska krava | XP_012415455 | 505 aa | 44 % |
| Dasypus novemcinctus | Devetoprugasti armadilo | XP_004475873 | 497 aa | 44 % |
| Orycteropus afer afer | Južnoafrički mravojed | XP_007957133 | 477 aa | 38 % |
Filogenija
[uredi | uredi izvor]CXorf49 se razvio od mravojedskog, do ljudskog proteina tokom 105,0 miliona godina.
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000215115 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000045010 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Homo sapiens chromosome X open reading frame 49 (CXorf49), mRNA - Nucleotide - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 28. 9. 2015. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "RecName: Full=Uncharacterized protein CXorf49 - Protein - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 28. 9. 2015. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "CXorf49 chromosome X open reading frame 49 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "Gene & protein Summary: cxorf49". Ebi.ac.uk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "CXorf49 Gene(Protein Coding) Chromosome X Open Reading Frame 49". GeneCards. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "SDSC Biology Workbench". seqtool.sdsc.edu. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 6. 5. 2016.
- ^ "uncharacterized protein CXorf49 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". Ncbi.nlm.nih.gov. 28. 9. 2015. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "NCBI CDD Conserved Protein Domain DUF4641". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2016.
- ^ "NetAcet 1.0 Server". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "NetGlycate 1.0 Server". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "NetOGlyc 4.0 Server". Cbs.dtu.dk. 15. 5. 2013. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "NetPhos 2.0 Server". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "SUMOplot Analysis Program". Abgent. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "YinOYang 1.2 Server". Cbs.dtu.dk. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ http://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl%7Cdate=July[mrtav link] 2017 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}
- ^ "Genomatix's ElDorado". Arhivirano s originala, 3. 4. 2021. Pristupljeno 3. 4. 2021.
- ^ "EST Profile - Hs.632817". Ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 28. 4. 2016.
- ^ "PSIQUIC". Arhivirano s originala, 17. 12. 2014.
- ^ Arcaro, Alessia; Daga, Martina; Cetrangolo, Giovanni Paolo; Ciamporcero, Eric Stefano; Lepore, Alessio; Pizzimenti, Stefania; Petrella, Claudia; Graf, Maria; Uchida, Koji; Mamone, Gianfranco; Ferranti, Pasquale; Ames, Paul R. J.; Palumbo, Giuseppe; Barrera, Giuseppina; Gentile, Fabrizio (2015). "Generation of Adducts of 4-Hydroxy-2-nonenal with Heat Shock 60 kDa Protein 1 in Human Promyelocytic HL-60 and Monocytic THP-1 Cell Lines". Oxidative Medicine and Cellular Longevity. 2015: 296146. doi:10.1155/2015/296146. PMC 4452872. PMID 26078803.
- ^ Protein BLAST