CCDC90B
| CCDC90B | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | CCDC90B | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1913615 HomoloGene: 23328 GeneCards: CCDC90B | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 11: 83.26 – 83.29 Mb | Chr 7: 92.21 – 92.23 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Domen upredene zavojnice sa proteinom 90B, znan i kao CCDC90B, je protein koji je kodiran genom CCDC90B.
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 254 aminokiseline, a molekulska težina 29.506 Da.[5].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MNSRQAWRLF | LSQGRGDRWV | SRPRGHFSPA | LRREFFTTTT | KEGYDRRPVD | ||||
| ITPLEQRKLT | FDTHALVQDL | ETHGFDKTQA | ETIVSALTAL | SNVSLDTIYK | ||||
| EMVTQAQQEI | TVQQLMAHLD | AIRKDMVILE | KSEFANLRAE | NEKMKIELDQ | ||||
| VKQQLMHETS | RIRADNKLDI | NLERSRVTDM | FTDQEKQLME | TTTEFTKKDT | ||||
| QTKSIISETS | NKIDAEIASL | KTLMESNKLE | TIRYLAASVF | TCLAIALGFY | ||||
| RFWK |
Gen
[uredi | uredi izvor]Kod ljudi CCDC90B nalazi se na hromosomu 11. U susjedstvu su:[6]
- PCF11, sisarski protein 2 kompleksa cijepanja pre-iRNK
- ANKRD42, protein ponovljanja ankirina, uključen u vezivanje iona kalcija
- BC070093
- DLG2, član porodice gvanilat-kinaza (MAGUK) povezanih sa membranom
Protein
[uredi | uredi izvor]Struktura
[uredi | uredi izvor]Ovaj protein karakterizira domen nepoznate funkcije, DUF1640. Ovaj domen je obilježje cijelog proteina, s izuzetkom prve 23 aminokiselinska ostatka – MNSRQAWRLFLSQGRGDRWVSRP – koji su mjesto ciljanja mitohondrija i cijepani.
Protein ima sedam predviđenih alfa-heliksa, karakteristiku proteina sa zavojnicom.
Predviđena obilježja
[uredi | uredi izvor]Molekulska: 26,72 kDa
Izoelektrična tačka: 7.5
Transmembranski šaperoni: Nema
Posttranslacijske modifikacije:[7]
- Hloroplastni tranzitni peptidi: Nema
- Signalni peptisdi: Nema
- C-manozulacijska mjesta: Nema
- N-glikozilacijska mjesta: Nema
- Mitohondrijski ciljanje: Da
- Mjesto cijepanja: MNSRQAWRLFLSQGRGDRWVSRP
Ćelijska lokacija
[uredi | uredi izvor]CCDC90B je vjerojatno mitohondrijski protein. Predviđa se da sadrži najmanje tri specifična mjesta fosforilacija: mjesta fosforilacije protein-kinaze C, mjesta fosforilacije kazein-kinaze II i mjesta ovisna o fosforilaciji ovisnoj o cAMP/cGMP.
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000137500 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000030613 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "UniProt, Q9GZT6". Pristupljeno 19. 8. 2021.
- ^ "UCSC Genome Bioinformatics BLAT". University of California - Santa Cruz. mart 2006. Pristupljeno 14. 5. 2009.
- ^ "ExPASy". SIB Switzerland. 5. 1. 2009. Pristupljeno 14. 5. 2009.
Vanjski linkovi
[uredi | uredi izvor]- Lokacija ljudskog genoma CCDC90B i stranica sa detaljima o genu CCDC90B u UCSC Genome Browseru.