CCDC90B

CCDC90B
Identifikatori
Aliasi	CCDC90B
Vanjski ID-jevi	MGI: 1913615 HomoloGene: 23328 GeneCards: CCDC90B
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 11 (čovjek)
Kraj	83,286,390 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 7 (miš)
Kraj	92,231,502 bp
Ortolozi
	60492
	66365
	ENSG00000137500
	ENSMUSG00000030613
	Q9GZT6
	Q8C3X2
NM_001286116; NM_001286117; NM_001286118; NM_001286119; NM_001286120;
	NM_021825
	NM_001162918; NM_025515
NP_001273045; NP_001273046; NP_001273047; NP_001273048; NP_001273049;
	NP_068597
	NP_001156390; NP_079791
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Domen upredene zavojnice sa proteinom 90B, znan i kao CCDC90B, je protein koji je kodiran genom CCDC90B.

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 254 aminokiseline, a molekulska težina 29.506 Da.^[5].

C: Cistein

D: Asparaginska kiselina

E: Glutaminska kiselina

F: Fenilalanin

G: Glicin

H: Histidin

I: Izoleucin

K: Lizin

L: Leucin

M: Metionin

N: Asparagin

P: Prolin

Q: Glutamin

R: Arginin

S: Serin

T: Treonin

V: Valin

W: Triptofan

Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MNSRQAWRLF	LSQGRGDRWV	SRPRGHFSPA	LRREFFTTTT	KEGYDRRPVD
ITPLEQRKLT	FDTHALVQDL	ETHGFDKTQA	ETIVSALTAL	SNVSLDTIYK
EMVTQAQQEI	TVQQLMAHLD	AIRKDMVILE	KSEFANLRAE	NEKMKIELDQ
VKQQLMHETS	RIRADNKLDI	NLERSRVTDM	FTDQEKQLME	TTTEFTKKDT
QTKSIISETS	NKIDAEIASL	KTLMESNKLE	TIRYLAASVF	TCLAIALGFY
RFWK

Gen

Kod ljudi CCDC90B nalazi se na hromosomu 11. U susjedstvu su:^[6]

PCF11, sisarski protein 2 kompleksa cijepanja pre-iRNK
ANKRD42, protein ponovljanja ankirina, uključen u vezivanje iona kalcija
BC070093
DLG2, član porodice gvanilat-kinaza (MAGUK) povezanih sa membranom

Protein

Struktura

Ovaj protein karakterizira domen nepoznate funkcije, DUF1640. Ovaj domen je obilježje cijelog proteina, s izuzetkom prve 23 aminokiselinska ostatka – MNSRQAWRLFLSQGRGDRWVSRP – koji su mjesto ciljanja mitohondrija i cijepani.

Protein ima sedam predviđenih alfa-heliksa, karakteristiku proteina sa zavojnicom.

Predviđena obilježja

Molekulska: 26,72 kDa

Izoelektrična tačka: 7.5

Transmembranski šaperoni: Nema

Posttranslacijske modifikacije:^[7]

Hloroplastni tranzitni peptidi: Nema

Signalni peptisdi: Nema

C-manozulacijska mjesta: Nema

N-glikozilacijska mjesta: Nema

Mitohondrijski ciljanje: Da

Mjesto cijepanja: MNSRQAWRLFLSQGRGDRWVSRP

Ćelijska lokacija

CCDC90B je vjerojatno mitohondrijski protein. Predviđa se da sadrži najmanje tri specifična mjesta fosforilacija: mjesta fosforilacije protein-kinaze C, mjesta fosforilacije kazein-kinaze II i mjesta ovisna o fosforilaciji ovisnoj o cAMP/cGMP.

Reference

1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000137500 - Ensembl, maj 2017
1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000030613 - Ensembl, maj 2017
↑ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
↑ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
↑ "UniProt, Q9GZT6". Pristupljeno 19. 8. 2021.
↑ "UCSC Genome Bioinformatics BLAT". University of California - Santa Cruz. mart 2006. Pristupljeno 14. 5. 2009.
↑ "ExPASy". SIB Switzerland. 5. 1. 2009. Pristupljeno 14. 5. 2009.

Vanjski linkovi

Lokacija ljudskog genoma CCDC90B i stranica sa detaljima o genu CCDC90B u UCSC Genome Browseru.

[refGRCh38Ensembl-1] 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000137500 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000030613 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[UniProt-5] "UniProt, Q9GZT6". Pristupljeno 19. 8. 2021.

[UCSC_Genome_Bioinformatics-6] "UCSC Genome Bioinformatics BLAT". University of California - Santa Cruz. mart 2006. Pristupljeno 14. 5. 2009.

[SIB_Switzerland_2009-01-05-7] "ExPASy". SIB Switzerland. 5. 1. 2009. Pristupljeno 14. 5. 2009.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]