A1BG

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na navigaciju Idi na pretragu
A1BG
Identifikatori
AliasiA1BG
Vanjski ID-jeviOMIM: 138670 MGI: 2152878 HomoloGene: 11167 GeneCards: A1BG
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 19 (čovjek)
Hrom.Hromosom 19 (čovjek)[1]
Hromosom 19 (čovjek)
Genomska lokacija za A1BG
Genomska lokacija za A1BG
Bend19q13.43Početak58,345,178 bp[1]
Kraj58,353,492 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 15 (miš)
Hrom.Hromosom 15 (miš)[2]
Hromosom 15 (miš)
Genomska lokacija za A1BG
Genomska lokacija za A1BG
Bend15|15 D1Početak60,896,859 bp[2]
Kraj60,923,012 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija molecular function
Ćelijska komponenta blood microparticle
Egzosom
extracellular region
platelet alpha granule lumen
Vanćelijsko
secretory granule lumen
ficolin-1-rich granule lumen
GO:0005578 Vanćelijski matriks
collagen-containing extracellular matrix
Biološki proces platelet degranulation
neutrophil degranulation
biološki proces
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_130786

NM_001081067

RefSeq (bjelančevina)

NP_570602

NP_001074536

Lokacija (UCSC)Chr 19: 58.35 – 58.35 MbChr 15: 60.9 – 60.92 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Alfa-1-B glikoprotein je protein od 54,3 kDa, koji je kod ljudi kodiran genom A1BG.[5] Protein koji je kodiran ovim genom je glikoprotein plazme, nepoznate funkcije. Ispoljava sličnost sekvence sa varijabilnim regionima nekih porodica imunoglobulinskih supergena. Pacijenti koji imaju duktusni adenokarcinom pokazuju prekomjernu ekspresiju A1BG u soku gušterače.[6]

Gen[uredi | uredi izvor]

Susjedstvo[uredi | uredi izvor]

A1BG se nalazi na negativnom lancu DNK hromosoma 19 od 58,858.172 - 58,864.865. baznog para[7] Pored toga, A1BG se nalazi neposredno uz gen ZSCAN22 (58,838.385-58,853.712) na pozitivnom lancu DNK, kao i genski ZNF837 (58,878.990 - 58,892.389 komplement) i ZNF497 (58865723 - 58,874,214, komplement) na negativnom polulancu.[7]

Ekspresija[uredi | uredi izvor]

A1BG se eksprimira na visokim nivoima kod odraslih i fetusnoj jetri.[8] Pored toga, mliječna žlijezda pokazuje otprilike upola manje ekspresije nego uživo.[8] Tragovi ekspresije A1BG mogu se naći u krvi, mozgu, plućima, limfnom čvorovima, jajnicia, sjemenicima, gušterači.[8] Jetreni tumori ispoljavaju povišenu razinu transkripata A1BG-a.[8]

iRNK[uredi | uredi izvor]

Struktura iRNK[uredi | uredi izvor]

Gen A1BG sadrži 20 različitih introna.[9] Transkripcija proizvodi 15 različitih iRNK, 10 alternativno prerađenih varijanti i pet neprerađenih obrazaca.[9] Postoje četiri vjerovatne alternative promotora, četiri alternativna posljednja egzona i sedam potvrđenih alternativnih ćelijskih poliadenilacija.[9] Čini se da se iRNK razlikuju skraćivanjem 5'kraja, skraćivanje 3'kraja, prisustvo ili odsustvo četiri kasetna egzona, preklapanje egzona s različitim granicama, prerada nasuprot zadržavanju tri introna.[9]

Protein[uredi | uredi izvor]

Svojstva[uredi | uredi izvor]

Program statističke analize proteina (SAPS) San Diego Super Computer utvrdio je da alfa-1B glikoprotein ima 495 aminokiselinskih ostataka, izoelektričnu tačku 5,47 i molekulsku masu 54,3 kDa. Pored toga, predloženo je da u alfa-1B glikoproteinu ne postoje transmembranski domeni.[10] Prema NCBI, aminokiselinska sekvenca MLVVFLLLWGVTWGPVTEA je signalni peptid na N-kraju proteina, koji može funkcionirati kao signal za unos u endoplazmatski retikulum.[10]

Post-translacijske modifikacije[uredi | uredi izvor]

Program NetAcet 1.0 izračunao je da prvih pet aminokiselinskih ostataka služi kao mjesto N-acetilacije.[11] NetGlycate 1.0 program predicted that the lysines located at residue 78, 114, and 227 serve as glycation points.[12] The NetNES 1.1 program predicted the leucine at residue 47 to be a nuclear export signal.[13] Program NetNGlyc 1.0 predvidio je četiri mjesta N-glikozilacije – od kojih su dvije vrlo konzervirane interno ponovljene sekvence.[14][15] Program NetCGlyc1.0 predvidio je da nijedan ostatak triptofana ne služi kao mjesto C-manozilacije.[16]

Proteinske interakcije[uredi | uredi izvor]

Udby et al. realizirali su studiju u kojoj supokazali su da je sekretorni protein bogat cisteinom 3 ligand alfa-1B glikoproteina u ljudskoj plazmi i sugeriraju da kompleks A1BG-CRISP-3 ima sličnu funkciju u zaštiti cirkulacije od potencijalno štetnog učinka slobodnog CRISP-3.[17]

Homologija[uredi | uredi izvor]

Ortolozi[uredi | uredi izvor]

Uz donju tabelu ispod, alfa-1B glikoprotein je također konzerviran u krebastog bjeloobraznog gibona, babuške, bolivijskog vjeveričastog majmuna, ovaca, pasa, divlje svinje, kineske verirovke, kineskog hrčka, crne leteće lisice, zeca, zamorčića, gigantske pande, krava, pacova i golog krtičastog pacova.[18] Pored toga, vrlo je vjerojatno da se A1BG dalje konzervira u cijelom kladusu sisara.

Rod Vrsta Uobičajeno ime organizma Divergencija od ljudu
(milioni godina) [19]
Pristupni broj proteina u NCBI Identitet sekvence Dužina proteina Uobičajeno ime gena
Homo sapiens[20] Ljudi -- NP_570602 100% 495 A1BG
Pan troglodytes[21] Obični čimšanza 6,2 XP_001146669 97,0% 501 PREDVIĐENO: Alfa-1B-glikoprotein izoforma 4
Pan paniscus[22] Bonobo 6.3 XP_003816677 97.0% 499 A1BG
Gorilla gorilla gorilla[23] Gorila 8.8 XP_004061652 95.0% 275 PREDVIĐENO: alfa-1B-glikoprotein
Pongo abelii[24] Sumatranski organutan 15,7 XP_002829953 95,0% 495 Alfa-1B-glikoproteinska izoforma 1
Macaca mulatta[25] Rezus majmun 29.0 XM_001101821 88.0% 351 Hipotetski protein EGK_11172, parcijalno
Callithrix jacchus[26] Marmozet 42,6 XP_002762619 83,0% 500 A1BG
Mus musculus [27] Miš 91,0 NP_001074536 44,0% 512 Alfa-1B-glikoproteinski prekursor
Felis catus[28] Mačka 94.2 XP_003997399 62.0% 481 PREDVIĐENO: alfa-1B-glikoprotein
Equus caballus[29] Konj 97,4 XP_001495344 58,0% 568 PREDVIĐENO: alfa-1B-glikoprotein-oliki
Loxodonta africana [30] Afrički grmasti slon 104,7 XP_003406722 61,0% 520 PREDVIĐENO: alfa-1B-glikoprotein-oliki

Paralozi[uredi | uredi izvor]

Za alfa-1B glikoprotein nisu pronađeni paralozi.[31]

Homologni domeni[uredi | uredi izvor]

Početno NCBI BLAST poravnanje alfa-1B glikoproteina ilustrira da se protein uglavnom sastoji od tri imunoglobulinska domena. Postoji veliki segment aminokiselina sa položaja 297 do 400 za koji je nije pokazano da jw domen imunoglobulina. Međutim, NCBI BLAST poravnanje samo aminokiselina od 297 do 400 ilustrira da je potonja sekvenca zaista četvrti domen imunoglobulina.[32] Konačno, čini se da se alfa-1B glikoprotein prvenstveno sastoji od četiri domena imunoglobulina.

Klinički značaj[uredi | uredi izvor]

Nefrotski sindrom otporan na steroide[uredi | uredi izvor]

Alfa-1-glikoprotein je 11 puta povećan u urinu pacijenata koji imaju nefrotski sindrom rezistentan na steroide.[33] A1BG je bio prisutan kod 7/19 pacijenata sa SRNS-om i nije bio prisutan kod svih pacijenata sa steroidno osjetljivim nefrotskim sindromom.[33] Fragment A1BG od 13,8 kDa imao je veliku diskriminacijsku moć za steroidnu rezistenciju u dječjem nefrotskom sindromu, ali prisutna je samo u podskupini pacijenata.[33]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000121410 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000022347 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: Alpha-1-B glycoprotein". Pristupljeno 9. 11. 2012.
  6. ^ Tian M, Cui YZ, Song GH, Zong MJ, Zhou XY, Chen Y, Han JX (2008). "Proteomic analysis identifies MMP-9, DJ-1 and A1BG as overexpressed proteins in pancreatic juice from pancreatic ductal adenocarcinoma patients". BMC Cancer. 8: 241. doi:10.1186/1471-2407-8-241. PMC 2528014. PMID 18706098.
  7. ^ a b "A1BG alpha-1-B glycoprotein". Pristupljeno 10. 5. 2013.
  8. ^ a b c d "EST Profile - Hs.529161". UniGene. National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine. Pristupljeno 11. 5. 2013.
  9. ^ a b c d "AceView: A1BG". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  10. ^ a b Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (6): 2002–6. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
  11. ^ Kiemer L, Bendtsen JD, Blom N (april 2005). "NetAcet: prediction of N-terminal acetylation sites". Bioinformatics. 21 (7): 1269–70. doi:10.1093/bioinformatics/bti130. PMID 15539450.
  12. ^ Johansen MB, Kiemer L, Brunak S (septembar 2006). "Analysis and prediction of mammalian protein glycation". Glycobiology. 16 (9): 844–53. doi:10.1093/glycob/cwl009. PMID 16762979.
  13. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (juni 2004). "Analysis and prediction of leucine-rich nuclear export signals". Protein Eng. Des. Sel. 17 (6): 527–36. doi:10.1093/protein/gzh062. PMID 15314210. Pristupljeno 10. 5. 2013.
  14. ^ Gupta, R. "Prediction of N-glycosylation sites in human proteins". Pristupljeno 10. 5. 2013.
  15. ^ Higgins DG, Bleasby AJ, Fuchs R (april 1992). "CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment". Comput. Appl. Biosci. 8 (2): 189–91. doi:10.1093/bioinformatics/8.2.189. PMID 1591615.
  16. ^ Julenius, Karin (2007). "NetCGlyc1.0: Prediction of mammalian C-mannosylation sites". Glycobiology. 17 (8): 868–876. doi:10.1093/glycob/cwm050. PMID 17494086. Pristupljeno 10. 5. 2013.
  17. ^ Udby L, Sørensen OE, Pass J, Johnsen AH, Behrendt N, Borregaard N, Kjeldsen L (oktobar 2004). "Cysteine-rich secretory protein 3 is a ligand of alpha1B-glycoprotein in human plasma". Biochemistry. 43 (40): 12877–86. doi:10.1021/bi048823e. PMID 15461460.
  18. ^ "NCBI Blast results for A1BG protein sequence". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  19. ^ "Time Tree".
  20. ^ "alpha-1-B glycoprotein [Homo sapiens]". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  21. ^ "PREDICTED: alpha-1B-glycoprotein isoform 4 [Pan troglodytes]". NCBI. Pristupljeno 10. 5. 2013.
  22. ^ "PREDICTED: alpha-1B-glycoprotein [Pan paniscus]". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  23. ^ "PREDICTED: alpha-1B-glycoprotein". Pristupljeno 10. 5. 2013.
  24. ^ "Send to: PREDICTED: alpha-1B-glycoprotein isoform 1 [Pongo abelii]". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  25. ^ "hypothetical protein EGK_11172, partial [Macaca mulatta]". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  26. ^ "PREDICTED: alpha-1B-glycoprotein [Callithrix jacchus]". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  27. ^ "alpha-1B-glycoprotein precursor [Mus musculus]". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  28. ^ "PREDICTED: alpha-1B-glycoprotein [Felis catus]". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  29. ^ "PREDICTED: alpha-1B-glycoprotein-like". Pristupljeno 11. 5. 2013.
  30. ^ "PREDICTED: alpha-1B-glycoprotein-like [Loxodonta africana]".
  31. ^ "A1BG Gene". Weissman Institute of Science. Pristupljeno 10. 5. 2013.
  32. ^ "NCBI Blast: Protein Sequence". Pristupljeno 10. 5. 2013.
  33. ^ a b c Piyaphanee N, Ma Q, Kremen O, Czech K, Greis K, Mitsnefes M, Devarajan P, Bennett MR (juni 2011). "Discovery and initial validation of α 1-B glycoprotein fragmentation as a differential urinary biomarker in pediatric steroid-resistant nephrotic syndrome". Proteomics: Clinical Applications. 5 (5–6): 334–42. doi:10.1002/prca.201000110. PMC 7039306. PMID 21591266.

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]