Enzimska kataliza

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Jump to navigation Jump to search

Enzimska kataliza je hemijska reakcija u kojoj enzim, kao katalizator, pretvara određeni hemijski spoj (supstrat u novi proizvod.[1][2][3][4]

Mehanizam[uredi | uredi izvor]

Model inducirane prilagodbe enzima za odgovarajući supstrat

Vezanje podloge[uredi | uredi izvor]

Prije nego što počnu katalizirati bilo koju hemijsku reakciju, enzimi se moraju vezati za njihovu podloga. Enzimi su obično vrlo specifični za određene podloge, za koje se vežu a zatim kataliziraju hemijske reakcije. Specifičnost se postiže obavezujućom prazninom (usjekom) koji je komplementarnog oblika, za popunjenjavanje i hidrofilnom / hidrofobnom izboćinom podloge. Enzimi stoga mogu razlikovati vrlo slične molekula materijala koji su hemoselektivne, regioselectivne i tereospecifične.[5][6][7][8][9][10][11][12][13][7][14]

Neki od enzima pokazuju najveću specifičnost i tačnost kada su uključeni u kopiranje i ekspresiju genoma. Neki od ovih enzima imaju i mehanizmima "lekture". Tako, enzim kao što je DNK polimeraza katalizira reakciju u prvom koraku, a zatim, u drugom koraku, provjerava da li je proizvod ispravan. Ovaj proces u dva koraka rezultira u prosječnoj stopi greške manje od 1/100 miliona reakcija kod polimeraze sisara. Slični mehanizmi korekcije se također nalaze i kod RNK polimeraza, aminoacil-tRNK sintetaze i ribosoma. Nasuprot tome, neki enzimi ispoljavaju i promiskuitet enzima, koji imaju široku specifičnost i djeluju na niz različitih fiziološki relevantnih podloga. Mnogi enzimi imaju mala mjesta aktivnosti koja su nastala slučajno (tj. neutralno), što može biti polazište za evolucijski izbor nove funkcije.[15][16][17][18]

Na osnovu najpodobnije podloge, enzima mogu mijenjati oblik, da bi se vezali u formiranju kompleksa enzim-supstrat.

Model "brave i ključa"[uredi | uredi izvor]

Da bi objasnio dosljednost specifičnosti enzima, 1894., Emil Fischer je predložio da i enzim i supstrat posjeduju specifična komplementarne geometrijske oblike koji se međusobno uklapaju –baš jedan u drugi. Ovo se često naziva kao model "ključa". Ovaj rani model objašnjava specifičnost enzima, ali ne i stabilizaciju stanje u tranziciji koje enzimi ostvaruju.

Model indukcije[uredi | uredi izvor]

U 1958. , Daniel Koshland je predložio izmjenu modela brava-ključ: pošto su enzimi prilično fleksibilne strukture, aktivno mjesto kontinuirano preoblikuje interakcije s podlogom kao i podloga u interakciji s enzimom. Kao rezultat toga, za podlogu se aktivno mjesto ne veže čvrsto; aminokiseline su bočnim lancima, koji čine aktivna mjesta, su ukalupljene u precizne pozicije koje enzimu omogućavaju da obavlja svoju katalitsku funkciju. U nekim slučajevima, kao što je glikosidaza, molekula supstrata također neznatno mijenja oblik kako bi ušla u aktivno mjesto. Tu se nastavlja mijenjati dok se supstrat ne veže potpuno, kada se određuje konačni oblik punjača. Indukcija najpovoljnijeg oblika može povećati vjernodostojnost molekulskog prepoznavanja u prisustvu konkurencije i događaja u mehanizmu konformacijske korekture.

Također pogledajte[uredi | uredi izvor]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ Alberts B. (2002)ː Molecular biology of the cell. Garland Science, New York, ISBN 0-8153-3218-1.
  2. ^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.
  3. ^ Kapur Pojskić L., Ed. (2014): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, 2. izdanje. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 978-9958-9344-8-3.
  4. ^ Međedović S., Maslić E., Hadžiselimović R. (2000): Biologija 2. Svjetlost, Sarajevo, ISBN 9958-10-222-6.
  5. ^ "Enantioselective biocatalysis optimized by directed evolution". Current Opinion in Biotechnology 15 (4): 305–13. August 2004. PMID 15358000. doi:10.1016/j.copbio.2004.06.007.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć)
  6. ^ "The 3' 5' exonucleases". Nature Reviews Molecular Cell Biology 3 (5): 364–76. May 2002. PMID 11988770. doi:10.1038/nrm804.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć)
  7. ^ a b Greška kod citiranja: Nevaljana oznaka <ref>; nije naveden tekst za reference s imenom Stryer_2002
  8. ^ "Transcript-assisted transcriptional proofreading". Science 313 (5786): 518–20. July 2006. PMID 16873663. doi:10.1126/science.1127422.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć)
  9. ^ "Aminoacyl-tRNA synthesis". Annual Review of Biochemistry 69: 617–50. PMID 10966471. doi:10.1146/annurev.biochem.69.1.617.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć)
  10. ^ "Fidelity of aminoacyl-tRNA selection on the ribosome: kinetic and structural mechanisms". Annual Review of Biochemistry 70: 415–35. PMID 11395413. doi:10.1146/annurev.biochem.70.1.415.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć)
  11. ^ "Enzyme promiscuity: a mechanistic and evolutionary perspective". Annual Review of Biochemistry 79: 471–505. PMID 20235827. doi:10.1146/annurev-biochem-030409-143718.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć)
  12. ^ "Catalytic promiscuity and the evolution of new enzymatic activities". Chemistry & Biology 6 (4): R91–R105. April 1999. PMID 10099128. doi:10.1016/S1074-5521(99)80033-7.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć)
  13. ^ "Einfluss der Configuration auf die Wirkung der Enzyme" [Influence of configuration on the action of enzymes]. Berichte der Deutschen chemischen Gesellschaft zu Berlin (jezik: German) 27 (3): 2985–93. 1894. doi:10.1002/cber.18940270364.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć))
  14. ^ Cooper GM (2000). "Chapter 2.2: The Central Role of Enzymes as Biological Catalysts". The Cell: a Molecular Approach (2nd iz.). Washington (DC ): ASM Press. ISBN 0-87893-106-6. 
  15. ^ "Application of a Theory of Enzyme Specificity to Protein Synthesis". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 44 (2): 98–104. February 1958. PMC 335371. PMID 16590179. doi:10.1073/pnas.44.2.98.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć)
  16. ^ "Glycosidase mechanisms". Current Opinion in Chemical Biology 6 (5): 619–29. October 2002. PMID 12413546. doi:10.1016/S1367-5931(02)00380-0.  Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć)
  17. ^ Boyer R (2002). "Chapter 6: Enzymes I, Reactions, Kinetics, and Inhibition". Concepts in Biochemistry (2nd iz.). New York, Chichester, Weinheim, Brisbane, Singapore, Toronto.: John Wiley & Sons, Inc. str. 137–8. ISBN 0-470-00379-0. OCLC 51720783. 
  18. ^ Scalas E, ur. (2007). "Conformational proofreading: the impact of conformational changes on the specificity of molecular recognition". PLOS ONE 2 (5): e468. PMC 1868595. PMID 17520027. doi:10.1371/journal.pone.0000468. Arhivirano s originala, 14 Maj 2011. Pristupljeno 20 April 2016.  Nepoznat parametar |url-status= ignorisan (pomoć); Nepoznat parametar |vauthors= ignorisan (pomoć); Provjerite vrijednost datuma kod: |archivedate= (pomoć)

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]