NCLN
Nicalin je protein koji kod ljudi kodiran genom NCLN.[5][6]
Kloniranje i ekspresija[uredi | uredi izvor]
Pretragom baza podataka za sekvence koje sadrže ektodomen porodice proteina nikastrin, Haffner et al. (2004) identificirali nicalin. Izvedeni transmembranski protein tipa I ima izračunatu molekulsku masu od 63,7 kD. Nicalin sadrži područje slično domenu aminopeptidaza, ali mu nedostaju aminokiseline potrebne za katalitsku aktivnost. Northern blot analizom otkriveni su transkripti nicalina od 4,6, 4,0 i 2,3 kb. Najsnažnija ekspresija bila je u gušterači i skeletnim mišićima, s nešto nižom ekspresijom u srcu i vrlo niskom ekspresijom u svim ostalim ispitivanim tkivima. SDS-PAGE obogaćenih membranskih preparata ćelija ljudskog embrionskog bubrega i ćelija neuroblastoma ukazuje na to da endogeni nicalin ima prividnu molekulsku masu od 60 kD. Nicalin je takođe otkriven u kompleksu od 500 do 550 kD, koji sadrži NOMO2 . Nicalin i NOMO2 kofrakcionirani su s membranama endoplazmatskog retikuluma.
Funkcija gena[uredi | uredi izvor]
Koimunoprecipitacijom kotransficiranih ćelija, Haffner et al. (2004) potvrdili su da su NOMO2 i nicalin povezani u kompleksu visoke molekulske mase i izravno u interakciji. Ektopska ekspresija oba proteina u embrionima zebrica uzrokovala je ciklopiju, fenotip koji može nastati zbog defekta u obrascu mezendodermno posredovanog signalnim putem Nodal. Nadalje, signali inducirani čvorovima i aktivinom inhibirani nicalinom i NOMO2 u testu reportera zasnovanog na ćelijama. Koristeći afinitetno pročišćavanje i eksperimente koimunoprecipitacije, Dettmer et al. (2010) pokazali su da su NOMO i nicalin u interakciji s TMEM147. Interferencijom RNK pokazalo se da svake narušavanje ovih od komponenata dokazuje da su se one stabilizirane. Studije nokdauna i prekomjerne ekspresije sugeriraju da je nicalin ključni regulator kompleksa i da se veže za NOMO prije uključivanja TMEM147 u kompleks. Analiza mutacije otkrila je da je za interakciju s TMEM147 potreban transmembranski domen nicalina, ali ne i NOMO. Studije koprecipitacije sa embrionima zebricde otkrile su konzerviranje kompleksa nicalin-NOMO-TMEM147.[7][8]
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MLEEAGEVLE | NMLKASCLPL | GFIVFLPAVL | LLVAPPLPAA | DAAHEFTVYR | ||||
| MQQYDLQGQP | YGTRNAVLNT | EARTMAAEVL | SRRCVLMRLL | DFSYEQYQKA | ||||
| LRQSAGAVVI | ILPRAMAAVP | QDVVRQFMEI | EPEMLAMETA | VPVYFAVEDE | ||||
| ALLSIYKQTQ | AASASQGSAS | AAEVLLRTAT | ANGFQMVTSG | VQSKAVSDWL | ||||
| IASVEGRLTG | LGGEDLPTIV | IVAHYDAFGV | APWLSLGADS | NGSGVSVLLE | ||||
| LARLFSRLYT | YKRTHAAYNL | LFFASGGGKF | NYQGTKRWLE | DNLDHTDSSL | ||||
| LQDNVAFVLC | LDTVGRGSSL | HLHVSKPPRE | GTLQHAFLRE | LETVAAHQFP | ||||
| EVRFSMVHKR | INLAEDVLAW | EHERFAIRRL | PAFTLSHLES | HRDGQRSSIM | ||||
| DVRSRVDSKT | LTRNTRIIAE | ALTRVIYNLT | EKGTPPDMPV | FTEQMQIQQE | ||||
| QLDSVMDWLT | NQPRAAQLVD | KDSTFLSTLE | HHLSRYLKDV | KQHHVKADKR | ||||
| DPEFVFYDQL | KQVMNAYRVK | PAVFDLLLAV | GIAAYLGMAY | VAVQHFSLLY | ||||
| KTVQRLLVKA | KTQ |
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000125912 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020238 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Bocher M, Blocker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Dusterhoft A, Beyer A, Kohrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwalder B, Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (Mar 2001). "Toward a catalog of human genes and proteins: sequencing and analysis of 500 novel complete protein coding human cDNAs". Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- ^ "Entrez Gene: NCLN nicalin homolog (zebrafish)".
- ^ Dettmer, U., Kuhn, P.-H., Abou-Ajram, C., Lichtenthaler, S. F., Kruger, M., Kremmer, E., Haass, C., Haffner, C. Transmembrane protein 147 (TMEM147) is a novel component of the nicalin-NOMO protein complex. J. Biol. Chem. 285: 26174-26181, 2010. [PubMed]: 20538592
- ^ Haffner, C., Frauli, M., Topp, S., Irmler, M., Hofmann, K., Regula, J. T., Bally-Cuif, L., Haass, C. Nicalin and its binding partner Nomo are novel Nodal signaling antagonists. EMBO J. 23: 3041-3050, 2004. [PubMed]: 15257293
Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "DNA cloning using in vitro site-specific recombination". Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS...9916899M. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Grimwood J, Gordon LA, Olsen A, et al. (2004). "The DNA sequence and biology of human chromosome 19". Nature. 428 (6982): 529–35. Bibcode:2004Natur.428..529G. doi:10.1038/nature02399. PMID 15057824.
- Haffner C, Frauli M, Topp S, et al. (2005). "Nicalin and its binding partner Nomo are novel Nodal signaling antagonists". EMBO J. 23 (15): 3041–50. doi:10.1038/sj.emboj.7600307. PMC 514924. PMID 15257293.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). "From ORFeome to biology: a functional genomics pipeline". Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). "The LIFEdb database in 2006". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D415–8. doi:10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.