C6orf62

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
C6orf62
Identifikatori
AliasiC6orf62
Vanjski ID-jeviMGI: 2441726 HomoloGene: 11551 GeneCards: C6orf62
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 6 (čovjek)
Hrom.Hromosom 6 (čovjek)[1]
Hromosom 6 (čovjek)
Genomska lokacija za C6orf62
Genomska lokacija za C6orf62
Bend6p22.3Početak24,704,861 bp[1]
Kraj24,719,998 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 13 (miš)
Hrom.Hromosom 13 (miš)[2]
Hromosom 13 (miš)
Genomska lokacija za C6orf62
Genomska lokacija za C6orf62
Bend13|13 A3.1Početak24,985,640 bp[2]
Kraj25,000,180 bp[2]
Ontologija gena
Molekularna funkcija• molekularna funkcija
Ćelijska komponenta• intracellular anatomical structure
Biološki proces• GO:0022610 biološki proces
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

81688

79555

Ensembl

ENSG00000112308

ENSMUSG00000019132

UniProt

Q9GZU0

Q99LU8

RefSeq (mRNK)

NM_030939

NM_024473

RefSeq (bjelančevina)

NP_112201

NP_077793

Lokacija (UCSC)Chr 6: 24.7 – 24.72 MbChr 13: 24.99 – 25 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Otvoreni okvir čitanja 62 hromosoma 6 (C6orf62), a znan i kao X-trans-activirani protein 12 (XTP12),[5] je gen koji kodira istoimeni protein. Predviđeno je da kodirani protein ima subćelikjsku lokaciju unutar citosola.[6]

Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 229 aminokiselina, а molekulska težina 27.083 Da.[7]

1020304050
MGDPNSRKKQALNRLRAQLRKKKESLADQFDFKMYIAFVFKEKKKKSALF
EVSEVIPVMTNNYEENILKGVRDSSYSLESSLELLQKDVVQLHAPRYQSM
RRDVIGCTQEMDFILWPRNDIEKIVCLLFSRWKESDEPFRPVQAKFEFHH
GDYEKQFLHVLSRKDKTGIVVNNPNQSVFLFIDRQHLQTPKNKATIFKLC
SICLYLPQEQLTHWAVGTIEDHLRPYMPE

Protein[uredi | uredi izvor]

Glavni transkript ima 229 aminokiselina i kodiran je iz pet egzonskih regija. Postoje dvije varijante transkripta koje imaju 200 aminokiselina i 160 aminokiselina. Postoji domen nepoznate funkcije (DUF4566) u sve tri varijante , a obuhvata pozicije 1–226 na primarnom transkriptu.[8] Molekulska težina C6orf62 je 27,1 kDa, a njegova izoelektrična tačka je na pH 9,24.[9]

Gen i varijante transkripta[uredi | uredi izvor]

U DNK, C6orf62 je dug 12.529 parova baza i nalazi se na sekvenci 6q22.3.[10] Nalazi se na hromosomu 6 na poziciji 22.3 (6q22.3). Zrela sekvenca iRNK duga je 2.498 parova baza s pet egzona i četiri intronske regije koja prevodi protein dug 229 aminokiselina i dvije predviđene izoforme od 160 i 200 aminokiselina.[11][12]

Proteinske interakcije[uredi | uredi izvor]

Protein Predviđanje
ELAVL1 Predviđen putem zadržavanja RNK afiniteta.[13]
PVRL4 Predviđen putem spektroskopije hvatanja sa masenom sapektrometrijom afiniteta.[13]
NADH Predviđen putem dvohibridnog pregleda kvasca.[14]

Ekspresija[uredi | uredi izvor]

C6orf62 je široko eksprimiran u ljudskom tijelu, ali njegova količina proteina nije velika.[15] Jače je izražen u žučnoj kesi i sjemenicima, ali nije predviđeno da je eksprimiran izražen glatkim mišićima, limfnim čvorovima, slezeni, jajnicima, masnom i mehkom tkivu.

Homologija[uredi | uredi izvor]

C6orf62 je visoko konzerviran među kičmenjacima i ima ortologe u beskičmenjacima.

Ortolozi odabranih sisara[uredi | uredi izvor]

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost [%)
Pongo abelii Sumatranski orangutan 15,2 NP_001126883.1 232 99 99
Ictidomys tridecemlineatus Prizemna vjeverica 88 XP_005337081.1 231 99 98
Tupaia chinensis Verirovka 85 XP_006162754.1 267 84 98
Rattus norvegicus Smeđi pacov 88 NP_001017510.1 232 99 98

[16]

Ortolozi odabranih riba zrakoperki[uredi | uredi izvor]

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost [%)
Salmo salar Losos 435 XP_014034327.1 233 82 93
Sinocyclocheilus rhinoceros Zlatnopruga mrena 435 XP_016388718.1 230 87 94
Hippocampus comes Morski konjić 435 XP_019729847.1 234 80 91

[16]

Ortolozi odabranih vodozemaca[uredi | uredi izvor]

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA' Identet (%) Sličnost (%?
Nanorana parkeri Visokomalajjska žaba 353 XP_018411819.1 232 95 97
Xenopus trpocalis Afrička kandžasta žaba 353 NP_001120278.1 232 93 98

[16]

Ortoloi odabranih gmizavaca[uredi | uredi izvor]

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost (%)
Chrysemys picta belli Obojena kornjača 320 XP_005281462.1 233 97 98
Python vbivittatus Mjanmarski piton 320 XP_007521998.1 233 96 99
Chelonia mydas Morska zelena kornjača 320 XP_007060449.1 231 97 98
Alligator sinensis Kineski aligator 320 XP_006034488.1 232 98 99

[16]

Ortolozi odabranih ptica[uredi | uredi izvor]

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost [%)
Tauraco erythrolophus Crvenogrbi taurako 320 XP_009991398.1 232 97
Taeniopygia guttata Zebrasta zeba 320 XP_002194166.1 232 98
Manacus vitellinus Zlatnoznaki manakin 320 XP_017925511.1 241 98

Ortolozi odabranih beskičmenjaka[16]

Rod Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije (milioni godina) RefSeq Dužina AA Identitet (%) Sličnost [%)
Ciona intestinalis Morski mlaz 677 XP_002119736.1 233 38 62
Crassostrea gigas Pacifička ostriga 758 XP_011438527.1 231 62 80
Hellobdella robusta Pijavica porodice Glossiphoniidae 758 XP_009016977.1 264 35 51
Octopus bimaculoides Dvopjegi oktopus 758 XP_014780369.1 197 60 79
Saccoglossus kowalevskii Žirasta glista 627 XP_002741666.1 230 66 83

[16]

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000112308 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019132 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Database, GeneCards Human Gene. "C6orf62 Gene - GeneCards | CF062 Protein | CF062 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 21. 2. 2017.
  6. ^ "Tissue expression of C6orf62 - Summary - The Human Protein Atlas". www.proteinatlas.org. Pristupljeno 8. 5. 2017.
  7. ^ "UniProt, Q9GZU0" (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 9. 2021.
  8. ^ "C6orf62 chromosome 6 open reading frame 62 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.
  9. ^ Volker, Brendel (2006). "SAPS - SDSC Bio Workbench". SDSC Biology Workbench. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 1. 5. 2017.
  10. ^ Kent, WJ; Sugnet, CW; Furey, TS; Roskin, KM; Pringle, TH; Zahler, AM; Haussler, D (2002). "UCSC Genome Browser". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 20. 2. 2017.
  11. ^ "PREDICTED: uncharacterized protein C6orf62 isoform X1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.
  12. ^ "PREDICTED: uncharacterized protein C6orf62 isoform X2 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 8. 5. 2017.
  13. ^ a b Lab, Mike Tyers. "C6orf62 (RP1-30M3.4) Result Summary | BioGRID". thebiogrid.org (jezik: engleski). Pristupljeno 8. 5. 2017.
  14. ^ "1 binary interaction found for search term C6orf62". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Pristupljeno 25. 8. 2018.
  15. ^ "C6orf62 protein abundance in PaxDb". pax-db.org (jezik: engleski). Pristupljeno 8. 5. 2017.
  16. ^ a b c d e f "NCBI - Basic Local Alignment Search Tool". NCBI.
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=C6orf62&oldid=3580846"