Idi na sadržaj

PCNX

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
PCNX
Identifikatori
AliasiPCNX1
Vanjski ID-jeviOMIM: 617655 MGI: 1891924 HomoloGene: 40997 GeneCards: PCNX1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 14 (čovjek)
Hrom.Hromosom 14 (čovjek)[1]
Hromosom 14 (čovjek)
Genomska lokacija za PCNX
Genomska lokacija za PCNX
Bend14q24.2Početak70,907,405 bp[1]
Kraj71,115,382 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 12 (miš)
Hrom.Hromosom 12 (miš)[2]
Hromosom 12 (miš)
Genomska lokacija za PCNX
Genomska lokacija za PCNX
Bend12|12 D1Početak81,906,797 bp[2]
Kraj82,047,698 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001308160
NM_014982

NM_018814

RefSeq (bjelančevina)

NP_001295089
NP_055797

NP_061284

Lokacija (UCSC)Chr 14: 70.91 – 71.12 MbChr 12: 81.91 – 82.05 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Pekaneksoliki protein 1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom PCNX.[5][6][7] Gen se nalazi u Homo sapiens i funkcionira kao kompetitivni endogeni RNK protein 2 povezan sa S-fazom kinaza u raku pluća.[8][9]

Radijacijskom hibridnom analizom , Nagase et al. (1998) i Nagase et al. (1999) mapirali su gen PCNX1 na hromosomu 14.[10][11]

Analizom genomske sekvence, Geisinger et al. (2005) locirali su PCNX1 također na hromosomu 14, ali precizirali i sekvencu na hromosom 14q24.1. Mapirali su i mišji gen Pcnx1 na hromosomu 12C3.[12] Zatim Hartz (2017) lociralala je gen PCNX1 na poziciji 14q24.2 hromosoma 14, na osnovu poravnavanja sekvence PCNX1 (GenBank AB023212) sa genomskom sekvencom (GRCh38).[13]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 2.341 aminokiselina, a molekulska težina 258.676 Da [14].

1020304050
MGSQTLQILRQGVWAALSGGWYYDPHQATFVNALHLYLWLFLLGLPFTLY
MALPSTMIIVAVYCPVIAAVFIVLKMVNYRLHRALDAGEVVDRTANEFTD
QRTKAEQGNCSTRRKDSNGPSDPGGGIEMSEFIREATPPVGCSSRNSYAG
LDPSNQIGSGSSRLGTAATIKGDTDTAKTSDDISLSLGQSSSLCKEGSEE
QDLAADRKLFRLVSNDSFISIQPSLSSCGQDLPRDFSDKVNLPSHNHHHH
VDQSLSSACDTEVASLVPLHSHSYRKDHRPRGVPRTSSSAVAFPDTSLND
FPLYQQRRGLDPVSELESSKPLSGSKESLVENSGLSGEFQLAGDLKINTS
QPPTKSGKSKPLKAEKSMDSLRSLSTRSSGSTESYCSGTDRDTNSTVSSY
KSEQTSSTHIESILSEHEESPKAGTKSGRKKECCAGPEEKNSCASDKRTS
SEKIAMEASTNSGVHEAKDPTPSDEMHNQRGLSTSASEEANKNPHANEFT
SQGDRPPGNTAENKEEKSDKSAVSVDSKVRKDVGGKQKEGDVRPKSSSVI
HRTASAHKSGRRRTGKKRASSFDSSRHRDYVCFRGVSGTKPHSAIFCHDE
DSSDQSDLSRASSVQSAHQFSSDSSSSTTSHSCQSPEGRYSALKTKHTHK
ERGTDSEHTHKAHLVPEGTSKKRATRRTSSTNSAKTRARVLSLDSGTVAC
LNDSNRLMAPESIKPLTTSKSDLEAKEGEVLDELSLLGRASQLETVTRSR
NSLPNQVAFPEGEEQDAVSGAAQASEEAVSFRRERSTFRRQAVRRRHNAG
SNPTPPTLLIGSPLSLQDGQQGQQSTAQVKVQSRPPSQAAVLSASASLLV
RNGSVHLEASHDNASAVGGSSLHDELGKFSSTLYETGGCDMSLVNFEPAA
RRASNICDTDSHVSSSTSVRFYPHDVLSLPQIRLNRLLTIDTDLLEQQDI
DLSPDLAATYGPTEEAAQKVKHYYRFWILPQLWIGINFDRLTLLALFDRN
REILENVLAVILAILVAFLGSILLIQGFFRDIWVFQFCLVIASCQYSLLK
SVQPDSSSPRHGHNRIIAYSRPVYFCICCGLIWLLDYGSRNLTATKFKLY
GITFTNPLVFISARDLVIVFTLCFPIVFFIGLLPQVNTFVMYLCEQLDIH
IFGGNATTSLLAALYSFICSIVAVALLYGLCYGALKDSWDGQHIPVLFSI
FCGLLVAVSYHLSRQSSDPSVLFSLVQSKIFPKTEEKNPEDPLSEVKDPL
PEKLRNSVSERLQSDLVVCIVIGVLYFAIHVSTVFTVLQPALKYVLYTLV
GFVGFVTHYVLPQVRKQLPWHCFSHPLLKTLEYNQYEVRNAATMMWFEKL
HVWLLFVEKNIIYPLIVLNELSSSAETIASPKKLNTELGALMITVAGLKL
LRSSFSSPTYQYVTVIFTVLFFKFDYEAFSETMLLDLFFMSILFNKLWEL
LYKLQFVYTYIAPWQITWGSAFHAFAQPFAVPHSAMLFIQAAVSAFFSTP
LNPFLGSAIFITSYVRPVKFWERDYNTKRVDHSNTRLASQLDRNPGSDDN
NLNSIFYEHLTRSLQHSLCGDLLLGRWGNYSTGDCFILASDYLNALVHLI
EIGNGLVTFQLRGLEFRGTYCQQREVEAITEGVEEDEGFCCCEPGHIPHM
LSFNAAFSQRWLAWEVIVTKYILEGYSITDNSAASMLQVFDLRKVLTTYY
VKGIIYYVTTSSKLEEWLANETMQEGLRLCADRNYVDVDPTFNPNIDEDY
DHRLAGISRESFCVIYLNWIEYCSSRRAKPVDVDKDSSLVTLCYGLCVLG
RRALGTASHHMSSNLESFLYGLHALFKGDFRISSIRDEWIFADMELLRKV
VVPGIRMSIKLHQDHFTSPDEYDDPTVLYEAIVSHEKNLVIAHEGDPAWR
SAVLANSPSLLALRHVMDDGTNEYKIIMLNRRYLSFRVIKVNKECVRGLW
AGQQQELVFLRNRNPERGSIQNAKQALRNMINSSCDQPIGYPIFVSPLTT
SYSDSHEQLKDILGGPISLGNIRNFIVSTWHRLRKGCGAGCNSGGNIEDS
DTGGGTSCTGNNATTANNPHSNVTQGSIGNPGQGSGTGLHPPVTSYPPTL
GTSHSSHSVQSGLVRQSPARASVASQSSYCYSSRHSSLRMSTTGFVPCRR
SSTSQISLRNLPSSIQSRLSMVNQMEPSGQSGLACVQHGLPSSSSSSQSI
PACKHHTLVGFLATEGGQSSATDAQPGNTLSPANNSHSRKAEVIYRVQIV
DPSQILEGINLSKRKELQWPDEGIRLKAGRNSWKDWSPQEGMEGHVIHRW
VPCSRDPGTRSHIDKAVLLVQIDDKYVTVIETGVLELGAEV
Simboli

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Sekvenciranjem klonova dobijenih iz frakcionirane biblioteke cDNK ljudskog mozga, Nagase et al. (1998) dobili su djelimični klon PCNX1, koji su označili KIAA0805. Izvedena sekvenca od 1.327 aminokiselina imala je značajan identitet sa Drosophila pecanex. RT-PCR ELISA otkrila je varijabilnu ekspresiju KIAA0805 u svih 10 ispitivanih tkiva odraslih ljudi, sa najvećom ekspresijom u mozgu, plućima i jajnicima, praćeno sjemenicima, a najnižom ekspresijom u gušterači i slezeni.

Nagase et al. (1999) također su dobili parcijalni klon PCNX1, koji su označili kao KIAA0995. Izvedeni protein dijeli sličnost sekvence s ljudskim profilagrinom (FLG). RT-PCR ELISA test otkrio je KIAA0995 u svim ispitivanim tkivima odraslih i fetusa, kao i u svim ispitivanim regijama mozga odraslih.

Geisinger et al. (2005) dobili su djelomični pacovski klon Pcnx1 i izveli kodirajuću regiju pune dužine, ispitivanjem odgovarajuće genomske sekvence. Na osnovu poređenja sa Pcnx1 pacova, za ljudski protein PCNX1 pune dužine predviđeno je da sadrži 2.341 aminokiselinu. Northern blot i hibridizacija in situ otkrili su ekspresiju Pcnx1 samo u sjemenicima odraslih pacova, sa specifičnom ekspresijom u ćelijama zametne linije i najvećim intenzitetom nakon mejotske profaze.

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000100731 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021140 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Roux AF, Rommens JM, Read L, Duncan AM, Cox DW (juli 1997). "Physical and transcription map in the region 14q24.3: identification of six novel transcripts". Genomics. 43 (2): 130–40. doi:10.1006/geno.1997.4786. PMID 9244429.
  6. ^ Geisinger A, Alsheimer M, Baier A, Benavente R, Wettstein R (april 2005). "The mammalian gene pecanex 1 is differentially expressed during spermatogenesis". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Structure and Expression. 1728 (1–2): 34–43. doi:10.1016/j.bbaexp.2005.01.010. PMID 15777640.
  7. ^ "Entrez Gene: PCNX pecanex homolog (Drosophila)".
  8. ^ "PCNX1 pecanex 1 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 18. 10. 2018.
  9. ^ Li J, Tian H, Pan J, Jiang N, Yang J, Zhou C, Xu D, Meng X, Gong Z (oktobar 2017). "Pecanex functions as a competitive endogenous RNA of S-phase kinase associated protein 2 in lung cancer". Cancer Letters. 406: 36–46. doi:10.1016/j.canlet.2017.07.030. PMID 28789966.
  10. ^ Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 5: 277-286, 1998. PubMed: 9872452
  11. ^ Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Hirosawa, M., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 6: 63-70, 1999. PubMed: 10231032
  12. ^ Geisinger, A., Alsheimer, M., Baier, A., Benavente, R., Wettstein, R. The mammalian gene pecanex 1 is differentially expressed during spermatogenesis. Biochim. Biophys. Acta 1728: 34-43, 2005. PubMed: 15777640
  13. ^ Hartz, P. A. Personal Communication. Baltimore, Md. 08/30/2017.
  14. ^ "UniProt, Q96RV3". Pristupljeno 28. 7. 2021.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]