Idi na sadržaj

TMEM69

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
TMEM69
Identifikatori
AliasiTMEM69
Vanjski ID-jeviMGI: 3045357 HomoloGene: 9531 GeneCards: TMEM69
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za TMEM69
Genomska lokacija za TMEM69
Bend1p34.1Početak45,688,181 bp[1]
Kraj45,694,436 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 4 (miš)
Hrom.Hromosom 4 (miš)[2]
Hromosom 4 (miš)
Genomska lokacija za TMEM69
Genomska lokacija za TMEM69
Bend4|4 D1Početak116,408,830 bp[2]
Kraj116,413,133 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

51249

230657

Ensembl

ENSG00000159596

ENSMUSG00000055900

UniProt

Q5SWH9

Q3KQJ0

RefSeq (mRNK)

NM_016486

NM_177670

RefSeq (bjelančevina)

NP_057570

NP_808338

Lokacija (UCSC)Chr 1: 45.69 – 45.69 MbChr 4: 116.41 – 116.41 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Transmembranski protein 69 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM69 sa hromosoma 1.[5] A notable feature of the protein encoded by TMEM69 is the presence of five transmembrane segments.[6]

Polazne informacije

[uredi | uredi izvor]
Pristupni broj Lokacija Identifikatori M.W. pI
iRNK: NM_016486.3

protein: NP_057570.2 [5]

 1p34.1 HSPC229, C1orf154, FLJ21029, LOC51249 27,6 kDa 10,3

Funkcija

[uredi | uredi izvor]

Naučna zajednica još uvijek ne razumije tačnu funkciju TMEM69. Međutim, smatra se da ima ulogu proteina skele u kompleksu receptora prerađenog G-proteina u Xenopus tropicalis. Pokazalo se da formira klaster sa xtGPR54-2 genom IPP i GPBP1 u skeli_41.[7] Ovaj kompleks je dio G-protein spregnutog receptora koji djeluje kao receptor za vezivni ligand, kispeptin u plazmamembrani moždanih ćelija.[7]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 247 aminokiselina, a molekulska težina 27.551 Da.

1020304050
MLRFIQKFSQASSKILKYSFPVGLRTSRTDILSLKMSLQQNFSPCPRPWL
SSSFPAYMSKTQCYHTSPCSFKKQQKQALLARPSSTITYLTDSPKPALCV
TLAGLIPFVAPPLVMLMTKTYIPILAFTQMAYGASFLSFLGGIRWGFALP
EGSPAKPDYLNLASSAAPLFFSWFAFLISERLSEAIVTVIMGMGVAFHLE
LFLLPHYPNWFKALRIVVTLLATFSFIITLVVKSSFPEKGHKRPGQV

Protein

[uredi | uredi izvor]

TMEM69 je dug 247 aminokiselina. Prisutno je pet transmembranskih segmenata, kao i domen nepoznate funkcije, DUF3429, koji obuhvata aminokiseline 91-232.[8]

Gen TMEM69, lociran na hromosomskoj regiji 1p34.1, pokrivajući 7,24 kb.[9] Nalazi se na plus lancu u genomskoj sekvenci od 46152886 do 46160121 i kodira primarni iRNK transkript koji sadrži tri egzona, a dužina je 6262 bp. Predviđeno je da gen TMEM69 kodira tri alternativna transkripta .[10]

Gensko susjedstvo

[uredi | uredi izvor]
Gen Lokacija Orijentacija Funkcija
GPBP1L1 (GC-bogati promotor-vezijući protein 1-liki 1)1p34.1minusRegulacija tranakripcijw[11]
CCDC17 (Protein sa upredenom zavojnicom 17)1p34.1minusBez informacuja funcionalnosti
MAST2 (Mikrotubulama pidružena serin/treonin kinaza 2)1p34.1plusFunkcije u multiproteinskom Kompleksu u sazrevanju spermatozoida. Regulira sintezu IL-12 izazvanu lipopolisaharidima u makrofagovima [12]
[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/3652 IPP (Unutarcisternski polipeptid promoviran česticama1p34-p32minusInterakcija sa aktinom[13]

Predviđena svojstva

[uredi | uredi izvor]

Svojstva TMEM69 koja su predviđena pomoću bioinformatučkih alata:

Ekspresija

[uredi | uredi izvor]

TMEM69 se eksprimira sveprisutno na niskim nivoima u cijelom ljudskom tijelu, iako podaci EST profila otkrivaju da je TMEM69 posebno izražen u neuroendokrinim tkivima kao što su jetra, amigdala, hipokampus i hipotalamus.[17] Utvrđeno je da je TMEM69 eksprimiran u vrijednostima nižim od normalnih kod pacijenata koji pate od ateroskleroze.[18]

Homologija

[uredi | uredi izvor]

Ortolozi

[uredi | uredi izvor]

Gen TMEM69 duboko je očuvan u nekoliko životnih oblika. Iako pokazuje najveću očuvanost među ortolozima sisavaca, zajedno s drugim hordati kao što su ribe, ptice i vodozemci, postoji određena očuvanost kod biljaka, insekata, gljiva i bakterija.[8]

Rod i vrsta Uobičajeno ime Pristupni brok Identitet sekvence Dužina (AA)
Macaca fascicularisRakojedi makakEHH61428.189%246
Callithrix jacchusRepati majmunXP_002750811.183%249
Mus musculusKućni mišAAI06179.169%245
Xenopus tropicalisAfrička kandžasta žabaNP_001016103.149%253
Rattus norvegicusPacovEDL90276.170%247
Oryctolagus cuniculusKunićXP_00271571574%250
Anolis carolinensisGušterXP_003220264.150%257
Danio rerioZebricaXP_685684.149%249
Salmo salarLososNP_001134056.150%259
Daphia pulexVodena buhaEFX84634.135%208
Ostreococcus tauriZelena algaXP_003081614.134%166
Pseudomonas putida W619Zemna bakterijaYP_001748891.132%152
Schizophyllum communeGljivaXP_003035659.127%363

Paralozi

[uredi | uredi izvor]

Nisu pronađeni paralozi za TMEM69.

Konzerviranost

[uredi | uredi izvor]

TMEM69 je dobro konzerviran u različitim organizmima. Iako se većina ortologa nalazi kod placentnih sisara, neki ortolozi se nalaze u bakterijama i gljivama. Najudaljeniji ortolog za koji je utvrđeno da ima sličnost sekvence sa TMEM69 je Pseudomonas putida W619, koja je vrsta zemljišne bakterije.[19] Posebno dobro konzerviran čak i kod najudaljenijih ortologa, uključujući Pseudomonas putida W619, najveći je dio drugog transmembranski domen|transmembranskog segmenta]] TMEM69. U strogim ortolozima svih pet transmembranskih domena je očuvano.[20] Konzervirani domeni pronađeni unutar TMEM69, dio su DUF3429, porodice nekarakterističnih proteina pronađenih u bakterijama i eukariotima.[8]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000159596 - Ensembl, maj 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000055900 - Ensembl, maj 2017
  3. ↑ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ↑ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. 1 2 "Entrez Gene: TMEM69 Transmembrane Protein 69". Pristupljeno 22. 4. 2012.
  6. ↑ "Expasy: SOSUI". Arhivirano s originala, 15. 5. 2012. Pristupljeno 15. 4. 2012.
  7. 1 2 "Molecular Evolution of Multiple Forms of Kisspeptins and GPR54 Receptors in Vertebrates". Arhivirano s originala, 14. 4. 2013. Pristupljeno 22. 4. 2012.
  8. 1 2 3 "BLAST". Pristupljeno 16. 2. 2012.
  9. 1 2 "TMEM69". Pristupljeno 2. 2. 2012.
  10. ↑ "Transcript VariantsTMEM69". Arhivirano s originala, 3. 3. 2012. Pristupljeno 13. 2. 2012.
  11. ↑ "NCBI:Gene". Pristupljeno 13. 4. 2012.
  12. ↑ "NCBI:Gene". Pristupljeno 13. 4. 2012.
  13. ↑ "NCBI:Gene". Pristupljeno 13. 4. 2012.
  14. ↑ "Computer pI/Mw". Arhivirano s originala, 28. 3. 2010. Pristupljeno 11. 4. 2012.
  15. ↑ "NetPhos". Pristupljeno 13. 4. 2012.
  16. ↑ "UniProtKB". Pristupljeno 22. 2. 2012.
  17. ↑ "GeneCards". Pristupljeno 18. 4. 2012.
  18. ↑ "GEOProfiles". Pristupljeno 22. 2. 2012.
  19. ↑ "Ensembl Genome Browser: TMEM69". Pristupljeno 22. 4. 2012.
  20. ↑ "Biology Workbench: CLUSTALW". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 22. 4. 2012.

Ovaj članak uključuje tekst iz Nacionalne medicinske biblioteke Sjedinjenih Država, koji je u javnom vlasništvu.

Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=TMEM69&oldid=3580684"