XPO4
| XPO4 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | XPO4 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 611449 MGI: 1888526 HomoloGene: 10733 GeneCards: XPO4 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 13: 20.78 – 20.9 Mb | Chr 14: 57.58 – 57.67 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Eksportin-4 je protein koji je kod ljudi kodiran genom XPO4. Citogenetička lokacija ovog gena je na hromosomu 13, sekvenca: 13q12.11, a genomske koordinte (GRCh38): 13:20,777.328 – 20,902.773 bp (prema NCBI).
XPO4 pripada velikoj porodici karioferina, koji posreduju u transportu proteina i drugog tereta između jedarnog i citoplazmatskog odjeljka (Lipowsky et al., 2000).[5][6][7][8]
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 1.154 aminokiseline, a molekulska težina 130.139 Da.[9].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MMAAALGPPE | VIAQLENAAK | VLMAPPSMVN | NEQRQHAEHI | FLSFRKSKSP | ||||
| FAVCKHILET | SKVDYVLFQA | ATAIMEAVVR | EWILLEKGSI | ESLRTFLLTY | ||||
| VLQRPNLQKY | VREQILLAVA | VIVKRGSLDK | SIDCKSIFHE | VSQLISSGNP | ||||
| TVQTLACSIL | TALLSEFSSS | SKTSNIGLSM | EFHGNCKRVF | QEEDLRQIFM | ||||
| LTVEVLQEFS | RRENLNAQMS | SVFQRYLALA | NQVLSWNFLP | PNLGRHYIAM | ||||
| FESSQNVLLK | PTESWRETLL | DSRVMELFFT | VHRKIREDSD | MAQDSLQCLA | ||||
| QLASLHGPIF | PDEGSQVDYL | AHFIEGLLNT | INGIEIEDSE | AVGISSIISN | ||||
| LITVFPRNVL | TAIPSELFSS | FVNCLTHLTC | SFGRSAALEE | VLDKDDMVYM | ||||
| EAYDKLLESW | LTLVQDDKHF | HKGFFTQHAV | QVFNSYIQCH | LAAPDGTRNL | ||||
| TANGVASREE | EEISELQEDD | RDQFSDQLAS | VGMLGRIAAE | HCIPLLTSLL | ||||
| EERVTRLHGQ | LQRHQQQLLA | SPGSSTVDNK | MLDDLYEDIH | WLILVTGYLL | ||||
| ADDTQGETPL | IPPEIMEYSI | KHSSEVDINT | TLQILGSPGE | KASSIPGYNR | ||||
| TDSVIRLLSA | ILRVSEVESR | AIRADLTHLL | SPQMGKDIVW | FLKRWAKTYL | ||||
| LVDEKLYDQI | SLPFSTAFGA | DTEGSQWIIG | YLLQKVISNL | SVWSSEQDLA | ||||
| NDTVQLLVTL | VERRERANLV | IQCENWWNLA | KQFASRSPPL | NFLSSPVQRT | ||||
| LMKALVLGGF | AHMDTETKQQ | YWTEVLQPLQ | QRFLRVINQE | NFQQMCQQEE | ||||
| VKQEITATLE | ALCGIAEATQ | IDNVAILFNF | LMDFLTNCIG | LMEVYKNTPE | ||||
| TVNLIIEVFV | EVAHKQICYL | GESKAMNLYE | ACLTLLQVYS | KNNLGRQRID | ||||
| VTAEEEQYQD | LLLIMELLTN | LLSKEFIDFS | DTDEVFRGHE | PGQAANRSVS | ||||
| AADVVLYGVN | LILPLMSQDL | LKFPTLCNQY | YKLITFICEI | FPEKIPQLPE | ||||
| DLFKSLMYSL | ELGMTSMSSE | VCQLCLEALT | PLAEQCAKAQ | ETDSPLFLAT | ||||
| RHFLKLVFDM | LVLQKHNTEM | TTAAGEAFYT | LVCLHQAEYS | ELVETLLSSQ | ||||
| QDPVIYQRLA | DAFNKLTASS | TPPTLDRKQK | MAFLKSLEEF | MANVGGLLCV | ||||
| K |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija[uredi | uredi izvor]
Sekvenciranjem klonova dobijenih iz cDNK biblioteke hipokampusa frakcionirane veličine odraslih, Nagase et al. (2000) klonirali XPO4, koji su označili kao KIAA1721. 3' UTR sadrži ponavljajuću sekvencu, a protein od 1.150 aminokiselina dijeli 99% identiteta aminokiselina s mišjim Xpo4. RT-PCR ELISA testom otkrili su visoku do umjerenu ekspresiju u svim ljudskim tkivima i određenim regijama mozga.[10]
Korištenje afinitetne hromatografije na imobiliziranom RanGTP-u, za identifikaciju novih proteina koji vežu RanGTP u ekstraktu ćelije HeLa, nakon čega slijedi analiza baze podataka i 3' i 5' RACE, Lipowsky et al. (2000) klonirali mišji Xpo4, koji su nazvali Exp4. Izvedeni mišji protein od 1.170 aminokiselina ima izračunatu molekulsku masu od 129,9 kD. Xpo4 ima sličnost u odnosu na motiv vezivanja za N-terminalni RanGTP sa članovima porodice importin-beta, sa najvećom sličnošću sa eksportinom-1 (XPO1) i eksportnim receptorom tRNK exportina-t (XPOT).
Funkcija gena[uredi | uredi izvor]
Korištenjem rekombinantnog Xpo4 eksprimiranog u komponentama ćelije E. coli i ćelija HeLa, Lipowsky et al. (2000) pokazali su da je vezan za RanGTP Xpo4, odnosno EIF5A i timidilat sintazu (TYMS). Imunobloting test rekombinantnog EIF5A i vezanog Xpo4 pokazao je da EIF5A specifično formira kompleks EIF5A-Xpo4-RanGTP sa Xpo4 i da je interakcija Xpo4-EIF5A poboljšana u prisustvu RanGTP. Analize jedarnog ekspotra u permeabiliziranim ćelijama pokazale su da Xpo4 posreduje u specifičnom jedarnom eksportu EIF5A. Analizom mutacija i posttranslacijskih modifikacija, zaključili su da je interakcija Xpo4-EIF5A složena i zahtijeva velike dijelove molekula EIF5A i hipusinsku modifikaciju EIF5A.[11]
Također pogledajte[uredi | uredi izvor]
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000132953 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000021952 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Lipowsky, G., Bischoff, F. R., Schwarzmaier, P., Kraft, R., Kostka, S., Hartmann, E., Kutay, U., Gorlich, D. Exportin 4: a mediator of a novel nuclear export pathway in higher eukaryotes. EMBO J. 19: 4362-4371, 2000. PubMed: 10944119
- ^ Nagase T, Kikuno R, Hattori A, Kondo Y, Okumura K, Ohara O (Feb 2001). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIX. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Res. 7 (6): 347–55. doi:10.1093/dnares/7.6.347. PMID 11214970.
- ^ Lipowsky G, Bischoff FR, Schwarzmaier P, Kraft R, Kostka S, Hartmann E, Kutay U, Gorlich D (Sep 2000). "Exportin 4: a mediator of a novel nuclear export pathway in higher eukaryotes". EMBO J. 19 (16): 4362–71. doi:10.1093/emboj/19.16.4362. PMC 302028. PMID 10944119.
- ^ "Entrez Gene: XPO4 exportin 4".
- ^ "UniProt, Q9C0E2". Pristupljeno 5. 8. 2021.
- ^ Nagase, T., Kikuno, R., Hattori, A., Kondo, Y., Okumura, K., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XIX. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 347-355, 2000. PubMed: 11214970
- ^ Kurisaki, A., Kurisaki, K., Kowanetz, M., Sugino, H., Yoneda, Y., Heldin, C.-H., Moustakas, A. The mechanism of nuclear export of Smad3 involves exportin 4 and Ran. Molec. Cell. Biol. 26: 1318-1332, 2006. PubMed: 16449645
Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). "Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery". Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10.1101/gr.6.9.791. PMID 8889548.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Dunham A, Matthews LH, Burton J, et al. (2004). "The DNA sequence and analysis of human chromosome 13". Nature. 428 (6982): 522–8. doi:10.1038/nature02379. PMC 2665288. PMID 15057823.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Kurisaki A, Kurisaki K, Kowanetz M, et al. (2006). "The Mechanism of Nuclear Export of Smad3 Involves Exportin 4 and Ran". Mol. Cell. Biol. 26 (4): 1318–32. doi:10.1128/MCB.26.4.1318-1332.2006. PMC 1367208. PMID 16449645.
- Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). "Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks". Cell. 127 (3): 635–48. doi:10.1016/j.cell.2006.09.026. PMID 17081983.
- Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). "Large-scale mapping of human protein–protein interactions by mass spectrometry". Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.