FAM63A
Član A porodice sa sličnošću sekvence 63 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM63A minus lanca hromosoma 1, lokus 1q21.3.[5]
Evolucijski, FAM63A ortolozi nalaze se u većini kičmenjaka, a udaljeni homolozi FAM63A kod beskičmenjaka.[6] FAM63A is ubiquitously expressed throughout human tissues, and it is present during every stage of development.[5]
Povezan je sa biomarkerima hronične bolesti bibrega i Alzheimerove bolesti.[7]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 469 aminokiselina, a molekulska težina 51.778 Da.[8]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MEYHQPEDPA | PGKAGTAEAV | IPENHEVLAG | PDEHPQDTDA | RDADGEARER | ||||
| EPADQALLPS | QCGDNLESPL | PEASSAPPGP | TLGTLPEVET | IRACSMPQEL | ||||
| PQSPRTRQPE | PDFYCVKWIP | WKGEQTPIIT | QSTNGPCPLL | AIMNILFLQW | ||||
| KVKLPPQKEV | ITSDELMAHL | GNCLLSIKPQ | EKSEGLQLNF | QQNVDDAMTV | ||||
| LPKLATGLDV | NVRFTGVSDF | EYTPECSVFD | LLGIPLYHGW | LVDPQSPEAV | ||||
| RAVGKLSYNQ | LVERIITCKH | SSDTNLVTEG | LIAEQFLETT | AAQLTYHGLC | ||||
| ELTAAAKEGE | LSVFFRNNHF | STMTKHKSHL | YLLVTDQGFL | QEEQVVWESL | ||||
| HNVDGDSCFC | DSDFHLSHSL | GKGPGAEGGS | GSPETQLQVD | QDYLIALSLQ | ||||
| QQQPRGPLGL | TDLELAQQLQ | QEEYQQQQAA | QPVRMRTRVL | SLQGRGATSG | ||||
| RPAGERRQRP | KHESDCILL |
Gen
[uredi | uredi izvor]Lokus
[uredi | uredi izvor]FAM63A se nalazi na minus lancu hromosoma 1 na sekvenci 1q21.3, koja obuhvata 11.829 bp. Ostali geni koji okružuju FAM63A uključuju ANXA9 i Prune.[5]
Alijasi
[uredi | uredi izvor]FAM63A ima dva alijasa KIAA1390 i PR11-316M1.5.[9]
iRNK
[uredi | uredi izvor]Kod ljudi postoje četiri izoforme FAM63A i 10 predviđenih izoformi. Izoforma 1 FAM63A ima molekulsku težinu od 51,8 kDa i sadrži 11 egzona.[10][11] Različite izoforme imaju tendenciju da se razlikuju skraćivanjem na 5' ili 3' kraju. Transkripcija proizvodi 23 introna, 14 prerađenih varijanti i šest nevezanih oblika.[11]
Protein
[uredi | uredi izvor]
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]Promotor
[uredi | uredi izvor]Region promotora sadrži određeni broj transkripcijskih faktora.[12] Oni sa visokim rezultatom uključuju elemente estrogenog odgovora, TATA kutije, elemente glukokotikoidnog odgovora i Ccaat/pojačavač-vezujuće proteine. Eksperimentalni podaci otkrivaju da se ekspresija FAM63A smanjuje kada estrogeni receptor nije prisutan, što sugerira da elementi odgovora na estrogen mogu poslužiti kao važan promotorski regulatorni mehanizam za ovaj protein.[13]
Ekspresija proteina
[uredi | uredi izvor]FAM63A je protein koji je sveprisutno eksprimiran u ljudskim tkivima i tokom razvoja. Iako se FAM63A eksprimira sveprisutno, postoje određena tkiva koja imaju viši nivo ekspresije, uključujući srce, tiroidnu žlijezdu, ganglije i krv.[14]
Domeni i motivi
[uredi | uredi izvor]FAM63A sadrži domen nepoznate funkcije (DUF 544). DUF544 sadrži 125 aminokiselina, od Met143 do Thr267.[6] Iako nije u potpunosti konzerviran, ovaj domen je visoko konzerviran među kičmenjacima, beskičmenjacima i biljkama.[15] FAM63A ne sadrži transmembranski domen, a nalazi se prvenstveno u jedarnim regionima ćelija. [16]
Dva ponavljanja od četiri glutamina su između minokiselina 400 i 403, te 426 i 429, što dovodi do povišenog sastava glutamina na C-terminalu.
Kompozicija
[uredi | uredi izvor]FAM63A se sastoji od 469 aminokiselina.[17] Povećano je prisustvo glutamina koji se nalazi u blizini C-terminala, što čini FAM63A bogatim glutaminom. FAM63A sadrži veću količinu negativno nabijenih (kiselih) aminokiselina od pozitivno nabijenih (baznih) aminokiselina što čini FAM63A blago kiselim proteinom. Kisele aminokiseline kao što su asparaginska i glutaninska su zastupljenije od osnovnih aminokiselina kao što su lizin i arginin. Ovaj ukupni kiseli sastav daje FAM63A kiselu izoelektričnu tačku od 4,6.[17]
Kod ljudi, FAM63A sadrži 25 mjesta fosforilacije, uključujući 12 serinskih, 10 treoninskih i tri tirozinska. Pored toga, postoji 5 N-miristoilacijskih mjesta i jedna prenilacija. FAM63A ne sadrži mjesta glikozilacije, transmembranske domene ili signalne peptide.[18]
Sekundarna struktura
[uredi | uredi izvor]Sekundarna struktura za FAM63A nije eksplicitno određena. Međutim, postoje predviđanja za moguću strukturu. Na kraju proteina postoji domen upredene zavojnice, a u predviđenoj sekundarnoj strukturi postoji alfa-heliks između aminokiselina 410 i 436. Ova spirala konzervirana je u udaljenijim ortolozima FAM63A. Ovi podaci podržavaju jedni druge i daju pouzdano predviđanje sekundarne strukture.[19]
Interakcijski proteini
[uredi | uredi izvor]Sljedeći geni imaju interakcije sa FAM63A: GSPT2, NAA38, RNMT, CSNIK1G2, ACOX1, PSMC1, SLC25A37, MMS19, DIAPH1, ME1, GAPDH, UBC. [5] Nakon skrininga dvohibridnog kvasca, otkriveno je da NAA38 i FAM63A međusobno djeluju.[20]
Homologija/evolucija
[uredi | uredi izvor]U FAM63A postoji nekoliko aminokiselina koje su konzervirane u svim kičmenjacima za koje su sekvence dostupne. Gly239 je jedina aminokiselina koja je konzervirana u svim kičmenjacima, beskičmenjacima i biljka maza koje su sekvence dostupne. Budući da postoji samo jedna aminokiselina koja je apsolutno očuvana, moguća funkcija za konzervirani glicin nije izvedena. Sekvenca od 25 aminokiselina u rasponu od Val313 do Gly338 je najkonzerviranija u svim kičmenjacima, beskičmenjacima i biljkama za koje su sekvence dostupne. Iako sekvenca nije apsolutno konzervirana, vrlo je očuvana, čak i u najudaljenijim organizmima kao što su gljive i biljke.
Ortolozi
[uredi | uredi izvor]Protein FAM63A ima nekoliko strogih ortologa. Ovi ortolozi nalaze se u organizmima u rasponu od primata do riba.[21]
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Divergencija od ljudi (milioni godina) | Pristupni broj | Dužina | Identitet | Sličnost | Naslov upita |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Čpvjek | N/A | NP_060849.2 | 469 aa | 100% | 100% | 100% |
| Pan paniscus | Bonobo | 6,1 | XP_003817322.1 | 469 aa | 99,1% | 99,4% | 100% |
| Mus musculus | Kućni miš | 91,0 | NP_955769.1 | 468 aa | 86,0% | 902,% | 100% |
| Bos taurus | Govedo | 97,4 | NP_001039389.1 | 469 aa | 85,6% | 88,5% | 100% |
| Trichechus manatus latirostris | Zapadnokaripska morska krava | 104,7 | XP_004389621.1 | 465 aa | 84,9% | 89,8% | 100% |
| Sarcophilus harrisii | Tasmanijski đavo | 176,1 | XP_003769968.1 | 464 aa | 78,3% | 82,9% | 100% |
| Taeniopygia guttata | Zebrasta zeba | 324,0 | XP_002191502.2 | 335 aa | 43,2% | 80,1% | 53% |
| Gallus gallus | Kokoš | 324,5 | XP_003642724 | 462 aa | 66,9% | 76,1% | 92% |
| Chrysemys picta bellii | Obojena kornjača | 324,5 | XP_005293753.1 | 525 aa | 62,0% | 87,2% | 78% |
| Pelodiscus sinensis | Kineska mehkooklopna kornjača | 324,5 | XP_006119467.1 | 502 aa | 61,6% | 77,4% | 94% |
| Alligator mississippiensis | Američki aligator | 324,5 | XP_006274676.1 | 520 aa | 59,90% | 77,50% | 86% |
| Pseudopodoces humilis | Prizemna sjenica | 324,5 | XP_005533539.1 | 502 aa | 58,0% | 82,3% | 78% |
| Anas platyrhynchos | Divlja patka | 324,5 | XP_005026841.1 | 415 aa | 57,9% | 78,6% | 83% |
| Xenopus tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | 361,2 | XP_002937311.1 | 506 aa | 61,3% | 83,7% | 76% |
| Latimeria chalumnae | Indijskookeanska latimerija | 430,0 | XP_006006147.1 | 513 aa | 44,7% | 86,9% | 55% |
| Danio rerio | Zebrica | 454,6 | XP_005159508.1 | 520 aa | 52,2% | 80,2% | 76% |
FAM63A je evoluirao relativno umjerenom brzinom.
Paralozi
[uredi | uredi izvor]Protein FAM63A ima samo jedan poznati paralog:FAM63B. Predviđa se da FAM63B ima molekulskuu funkciju u ćeliji.[22] Svi kičmenjaci za koje su sekvence dostupne imaju dvije kopije gena FAM63, oba A i B. FAM63A i FAM63B vjerovatno su se razdvojili prije oko 666 miliona godina, kao najbliži srodnik Homo sapiens koji sadrži samo jedan FAM63 je trakavica, koja je divergirala prije 666 miliona godina.[21]
| Oznaka sekvence | Naučno ime | Uobičajeno ime | Divergencija | Pristupni broj | Dužina | Identet | Sličnost | Naziv upita | E-vrijednost |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Proteinska izoforma a FAM63B-a | Homo sapiens | Čovjek | N/A | NP_001035540.1 | 621 aa | 41,9% | 76,7% | 68% | 2,00E-129 |
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]Iako za FAM63A nije određena posebna funkcija, postoji nekoliko istraživanja koja su otkrila moguće funkcije. Pretpostavlja se da FAM63A može biti povezan sa bubrežnom funkcijom i hroničnom bolešću bubrega.[7]
Figgins, Minster i Demirci ispitali su 17.343 funkcionalnih jednonukleotidnih polimorfizama, pokazujući snažnu povezanost između trajanja Alzheimerove bolesti i FAM63A.[23] Drugi gen lociran na 1q21, CTSS, također je bio snažno povezan sa trajanjem bolesti, a autori veruju da postoji jaka neravnoteža veza između dva gena. FAM63A je identificiran kao jedan od 39 gena koji su isključivo eksprimirani u ćelijama CML, grupirani sa četiri druga gena za koje se vjeruje da funkcionieaju u ligaciji proteina.
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000143409 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000038712 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b c d Gene Cards https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63A&search=FAM63A
- ^ a b National Center for Bioinformation Technology - BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- ^ a b Köttgen A, Pattaro C, Böger CA, Fuchsberger C, Olden M, Glazer NL, et al. (maj 2010). "New loci associated with kidney function and chronic kidney disease". Nature Genetics. 42 (5): 376–84. doi:10.1038/ng.568. PMC 2997674. PMID 20383146.
- ^ "UniProt, Q8N5J2" (jezik: en.). Pristupljeno 10. 12. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
- ^ "Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase MINDY-1 isoform 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI".
- ^ National Center for Bioinformation Technology - Protein https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=FAM63A%20AND%20homo%20sapiens
- ^ a b National Center for Biotechnology Information - AceView - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ieb/research/acembly/av.cgi?db=human&term=FAM63A&submit=Go
- ^ Genomatrix - ElDorado - Promotor i faktori transkripcije za FAM63A. http://www.genomatix.de/?s=23e6b2edc9ca33fe998f299bafe56b99 Arhivirano 10. 12. 2021. na Wayback Machine
- ^ Estrogen receptor alfa-utišane MCF7 ćelije raka dojke. Profil: GDS4061/ FAM63A. ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profiles
- ^ National Center for Biotechnology Information - GEO Profiles https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS596:221856_s_at
- ^ San Diego Super Computer http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# Arhivirano 11. 8. 2003. na Wayback Machine!
- ^ PSORT II Prediction http://psort.hgc.jp/form2.html
- ^ a b San Diego Super Computer - http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# Arhivirano 11. 8. 2003. na Wayback Machine!
- ^ ExPASy Bioinformatics Resource Portal http://www.expasy.org/proteomics
- ^ PHYRE2 - /phyre2_output/9d58a6ea30baa8f6/summary.html
- ^ STRING - Known and Predicted Protein-Protein Interactions http://string-db.org/newstring_cgi/show_network_section.pl
- ^ a b National Center for Biotechnology Information - Protein https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=FAM63A
- ^ Gene Cards https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=FAM63B
- ^ Figgins JA, Minster RL, Demirci FY, Dekosky ST, Kamboh MI (juni 2009). "Association studies of 22 candidate SNPs with late-onset Alzheimer's disease". American Journal of Medical Genetics. Part B, Neuropsychiatric Genetics. 150B (4): 520–6. doi:10.1002/ajmg.b.30851. PMC 2751631. PMID 18780302.