C10orf67
C10orf67 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | C10orf67 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | HomoloGene: 82326 GeneCards: C10orf67 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez |
| ||||||||||||||||||||||||
Ensembl |
| ||||||||||||||||||||||||
UniProt |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 10: 23.2 – 23.34 Mb | n/a | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [2] | n/a | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Otvoreni okvir čitanja 67 hromosoma 10 (C10orf67), znan i kao C10orf115, LINC01552 i BA215C7.4, jest neokarakterizi ljudski protein-kodirajući gen. Nekoliko studija ukazuje na moguću vezu između genetičkih polimorfizama ovog i nekoliko drugih gena s hroničnim upalnim barijernim bolestima, poput Crohnove bolesti i sarkoidoze.[3][4][5]
- Aminokiselinska sekvenca
Dužina polipeptidnog lanca je 551 aminokiselina, a molekulska težina 63 656 Da.[6]
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MMALVRDRRA | HYVMSIVIRW | VHCFSSSLRG | TFGTRWEAMK | AKATELRVCC | ||||
ARRKREAREF | KPPQMRGSTR | LNISDDLKIG | FFSTDHATQT | DSSEILSVKE | ||||
LSSSTQKLAQ | MMKSLQVDFG | FLKQLLQLKF | EDRLKEESLS | LFTILHDRIL | ||||
EIEKHYQQNE | DKMRKSFNQQ | LADAIAVIKG | MYQQFFEVEE | ENVSLQDAST | ||||
VKTNILLRKL | KEKEEVIKEL | KEELDQYKDF | GFHKMESFAK | ETSSPKSNLE | ||||
KENLEYKVEN | ERLLQIISEL | EEEIQINLKE | NSGLEDELIS | MKEMAEKDHK | ||||
TIQKLMDSRD | RLREELHYEK | SLVQDVINKQ | KEDKEMRKKY | GSLSVKVARS | ||||
AKGREASLSP | WPKSPPSTTA | LRPHSATMSV | SSAGAQKAKM | PKKALKEDQA | ||||
VVEDKHGLES | QIEALKANLE | NEKKKVERFR | KEADRLNKSW | EKRFFILRNS | ||||
FHVLKNEMFT | RHTLFRQFAV | LADTSFNYIK | VKPLLVQSRT | TMTAISSSSH | ||||
CTSSIDGKHV | DVVSDQAALQ | LSPKGKLSES | PKEESLEEPS | MRQSSPAETV | ||||
D |
Gen[uredi | uredi izvor]
Gen obuhvata 142.366 parova baza i nalazi se na lokusu 10p12.2 na minus (–) ili smislenom lancu hromosoma 10. Uz bok je uzvodno od gena ARMC3[7] i nizvodno od gena KIAA1217.[8][9] Ovi geni su sa približno 150.000 bp, odnosno 350.000 bp iz C10orf67.
Transkript[uredi | uredi izvor]
Postoje 23 alternativno prerađena egzona, koji kodiraju 13 varijante transkripta. Primarni transkript, sa samo 2943 bp, nije dobro konzerviran među ortolozima, već varijanta X2, 3417 bp, ima daleko veći identitet s ortolognim proteinima. Ova varijanta transkripta X2 sadrži 15 egzona što daje polipeptid od 551 aminokiseline.[10][11]
Protein[uredi | uredi izvor]
Opća svojstva[uredi | uredi izvor]
Svojstvo | Preprotein | Cijepani protein | Zreli protein |
---|---|---|---|
Aminokiselinska dužina | 551 | 515 | 515 |
Izoelektrična tačka | 9,3 | 8,6 | 8,3–8,9* |
Molekulska težina | 63 kDa | 59 kDa | ~59–61 kDa** |
*Ovisno od posttranslacijske modifikacije (PTM-a)
**Od ne-PTM-a – svi mogući PTM-i
Izoelektrična tačka je značajno veća od prosjeka za ljudske proteine (6,81).[12]
Struktura[uredi | uredi izvor]
Desno je prikazana predviđena tercijarna struktura proteina. Obilježena je dugim alfa-heliksima s nekoliko regija zavojnica i beta lancima lokaliziranim na kraju proteina, nasuprot krajevima N – i C-kraja.
Ekspresija[uredi | uredi izvor]
C10orf67 je umjereno eksprimiran (50–75%) u većini tkiva u tijelu.[15] Međutim, studija o NCBI GEO raspravlja o uticaju interleukina-13 (IL -13) na ekspresiju gena[16] otkrivši da je ekspresija proteina pala na nulu u prisutnosti IL-13 u epitelu dišnih putova.
Subćelijska lokalizacija[uredi | uredi izvor]
Protein sadrži mitohondrijski signalni peptid koji ga lokalizira u mitohondrijski matriks.[17] Softverska analiza za potćelijsku lokalizaciju [18][19] potvrdila je ovaj nalaz. Međutim, predviđeno je da će se neki ortolozi lokalizirati u jedru. Iako visoka izoelektrična tačka ljudskog proteina pruža daljnje dokaze za lokalizaciju u mitohondrijama, zbog visokog pH mitohondrijskog matriksa.
Posttranslacijske modifikacije[uredi | uredi izvor]
Mjesta cijepanja[uredi | uredi izvor]
Protein se u početku cijepa kako bi se uklonilo 36 aminokiselina N-terminalnog signalnog peptida, nakon što je lokaliziran u mitohondrijama.[20]
Fosforilacija[uredi | uredi izvor]
Postoji niz predviđenih mjesta fosforilacije, ali postoji i jedno eksperimentalno potvrđeno mjesto fosforilacije na treoninu 69.[21] Ostala mjesta fosforilacije sažeta su u donjem dijagramu proteina.
Sumoilacija[uredi | uredi izvor]
Postoji pet predviđenih sumoilacijskih mjesta unutar C10orf67. Sažeta su u sljedećoj tabeli:
Broj | Pozicija | Grupa | Rezultat |
---|---|---|---|
1 | K461 | NSFHV LKNE MFTRH | 0,91 |
2 | K401 | MPKKA LKED QAVVE | 0,91 |
3 | K224 | EVIKE LKEE LDQYK | 0,91 |
4 | K136 | KFEDR LKEE SLS L | 0,91 |
5 | K130 | KQLLQ LKFE DRLKE | 0,91 |
Homologija i evolucija[uredi | uredi izvor]
Evolucija[uredi | uredi izvor]
C10orf67 nema poznatih paraloga, ali ima mnogo ortologa unutar eukariota i zadržava značajan identitet sa vrstama koje su udaljene kao beskičmenjaci. Nekoliko odabranih ortologa je dolje navedeno s nekim identifikacijskim podacima.
Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Vrsta organizma | Datiranje od
zajedničkog pretka (prije milliona godina) |
Pristupni broj (NCBI) | Dužina sekvence | Identitet % | Izoelektrična tačka
(pre-protein) |
---|---|---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Čovjek | Primat | 0 | XP_016871518 | 551 | 100 | 9,3 |
Pan troglodytes | Čimpanze | 6,65 | XP_009456334 | 573 | 95 | 9,27 | |
Macaca nemestrina | Južni svinjorepi makak | 29.44 | XP_011736768 | 572 | 88,1 | 9,17 | |
Bubalus bubalis | Vodeni bik | Sisar | 96 | XP_006080042 | 565 | 56,6 | 6,24 |
Felis catus | Mačka | 96 | XP_019689630 | 560 | 55,1 | 7,68 | |
Sus scrofa | Divlja svinja | 96 | XP_013835714 | 515 | 55 | 6,53 | |
Panthera pardus | Leopard | 96 | XP_019316071 | 504 | 53,9 | 6,24 | |
Ovis aries | Ovca | 96 | XP_012043724 | 516 | 53,6 | 6,61 | |
Mustela putorius furo | Kuna | 96 | XP_012914379 | 566 | 50,8 | 9,34 | |
Castor canadensis | Dabar | 90 | XP_020038711 | 617 | 44 | 8,92 | |
Mus musculus | Miš | 90 | NP_081876 | 560 | 43,6 | 5.89 | |
Myotis lucifugus | Mali smeđi šišmiš | 96 | XP_014316001 | 598 | 38,9 | 6,22 | |
Myotis brandtii | Brandtov šišmiš | 96 | XP_014394869 | 639 | 38,3 | 6,7 | |
Elephantulus edwardii | Kapastaslonovska verirovka | 105 | XP_006887164 | 493 | 37,9 | 5,62 | |
Gallus gallus | Kokoš | Ptica | 312 | XP_003640687 | 430 | 26,3 | 5,44 |
Astyanax mexicanus | Meksička tetra | Riba | 435 | XP_007253068 | 475 | 26,1 | 4,76 |
Lepisosteus oculatus | Pjegavi gar | 435 | XP_015208957 | 479 | 25,2 | 6,73 | |
Danio rerio | Zebrica | 435 | XP_698346 | 461 | 24,5 | 5,93 | |
Salmo salar | Atlantski losos | 435 | XP_013995887 | 455 | 21,6 | 6,18 | |
Amphimedon queenslandica | Reniera | Beskičmenjak | 951.8 | XP_011402872 | 513 | 24,1 | 7,05 |
Branchiostoma belcheri | Branhiostoma | 684 | XP_019645941 | 563 | 23,5 | 6,24 |
Evolucija[uredi | uredi izvor]
Brzina evolucije C10orf67 uspoređena je s onom fibrinogena i citohroma c, koje predstavljaju brze i spore stope evolucije. Podebljane vrste u tabeli odabrane su da predstavljaju ortologe fibrinogena i citohroma c, radi određivanja brzine evolucije odgovarajućih proteina.
Brzina evolucije C10orf67 je vrlo zanimljiva jer slijedi logaritamski, a ne linearni trend, poput većine proteina.
Klinički značaj[uredi | uredi izvor]
Sarkoidoza[uredi | uredi izvor]
Iako je funkcija C10orf67 nepoznata, njegove interakcije s IL-13 dalje ukazuju na njegovu ulogu u sarkoidozi jer je poznato da bolest uključuje različite interleukine.
Kancer[uredi | uredi izvor]
Dok nekoliko NCBI GEO profila koji ispituju uticaj različitih faktora na ekspresiju gena pokazuju da je C10orf67 eksprimiran u različitim nivoima u različitim tkivima raka,[22][23] lokalizacija u mitohondrijama može dati određeni uvid u kliničku funkciju. Pokazalo se da mitohondrie imaju neki uticaj u proliferaciji ćelija. S obzirom na velike potrebe za energijom uzrokovane proliferacijom , postojalo je nekoliko hipoteza da mitohondrije mogu imati ulogu u ćelijskom ciklusu te da bi C10orf67, lokaliziran na mitohondrijama, mogao imati i tu ulogu.
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000179133 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Thiébaut R, Esmiol S, Lecine P, Mahfouz B, Hermant A, Nicoletti C, Parnis S, Perroy J, Borg JP, Pascoe L, Hugot JP, Ollendorff V (1. 1. 2016). "Characterization and Genetic Analyses of New Genes Coding for NOD2 Interacting Proteins". PLOS ONE. 11 (11): e0165420. doi:10.1371/journal.pone.0165420. PMC 5094585. PMID 27812135.
- ^ Cozier YC, Ruiz-Narvaez EA, McKinnon CJ, Berman JS, Rosenberg L, Palmer JR (oktobar 2012). "Fine-mapping in African-American women confirms the importance of the 10p12 locus to sarcoidosis". Genes and Immunity. 13 (7): 573–8. doi:10.1038/gene.2012.42. PMC 3475762. PMID 22972473.
- ^ Franke A, Fischer A, Nothnagel M, Becker C, Grabe N, Till A, Lu T, Müller-Quernheim J, Wittig M, Hermann A, Balschun T, Hofmann S, Niemiec R, Schulz S, Hampe J, Nikolaus S, Nürnberg P, Krawczak M, Schürmann M, Rosenstiel P, Nebel A, Schreiber S (oktobar 2008). "Genome-wide association analysis in sarcoidosis and Crohn's disease unravels a common susceptibility locus on 10p12.2". Gastroenterology. 135 (4): 1207–15. doi:10.1053/j.gastro.2008.07.017. PMID 18723019.
- ^ "UniProt, Q8IYJ2". Pristupljeno 29. 8. 2021.
- ^ "ARMC3 armadillo repeat containing 3 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov.
- ^ "KIAA1217 KIAA1217 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov.
- ^ "C10orf67 chromosome 10 open reading frame 67 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "Homo sapiens chromosome 10 open reading frame 67 (C10orf67), mRNA". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 5. 2. 2017.
- ^ Database, GeneCards Human Gene. "C10orf67 Gene - GeneCards | CJ067 Protein | CJ067 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 6. 2. 2017.
- ^ Kozlowski, Lukasz P. "Proteome-pI - Proteome Isoelectric Point Database statistics". isoelectricpointdb.org (jezik: engleski). Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ Kelley, Lawrence. "PHYRE2 Protein Fold Recognition Server". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Pristupljeno 5. 5. 2017.
- ^ "GDS4794 / 1553845_x_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ Greška kod citiranja: Nevaljana oznaka
<ref>
; nije naveden tekst za reference s imenom: 0
- ^ "GDS4981 / ILMN_1719577". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "uncharacterized protein C10orf67, mitochondrial [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 5. 5. 2017.
- ^ "PSORT II Prediction". psort.hgc.jp. Pristupljeno 5. 5. 2017.
- ^ "MitoFates". mitf.cbrc.jp. Pristupljeno 5. 5. 2017.
- ^ "WoLF PSORT: Protein Subcellular Localization Prediction". wolfpsort.hgc.jp. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "Thr69". www.phosphosite.org. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "GDS4080 / 1553844_a_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2017.
- ^ "GDS1807 / 1553843_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 6. 5. 2017.