Idi na sadržaj

LRRC41

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
LRRC41
Identifikatori
AliasiLRRC41
Vanjski ID-jeviMGI: 2441984 HomoloGene: 4645 GeneCards: LRRC41
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za LRRC41
Genomska lokacija za LRRC41
Bend1p34.1-p33Početak46,261,196 bp[1]
Kraj46,303,616 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 4 (miš)
Hrom.Hromosom 4 (miš)[2]
Hromosom 4 (miš)
Genomska lokacija za LRRC41
Genomska lokacija za LRRC41
Bend4|4 D1Početak115,932,466 bp[2]
Kraj115,954,240 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija• protein homodimerization activity
Ćelijska komponenta• membrana
• jedro
• citoplazma
• citosol
Biološki proces• protein ubiquitination
• Posttranslacione modifikacije
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

10489

230654

Ensembl

ENSG00000132128

ENSMUSG00000028703

UniProt

Q15345

Q8K1C9

RefSeq (mRNK)

NM_006369

NM_153521

RefSeq (bjelančevina)

NP_006360

NP_705741

Lokacija (UCSC)Chr 1: 46.26 – 46.3 MbChr 4: 115.93 – 115.95 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Leucinom bogati protein sa ponavljanjem 40 (LRRC40) jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LRRC40 sa hromosoma 1.[5]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 602 aminokiseline, a molekulska težina 68.250 Da.[6]

1020304050
MSRLKRIAGQDLRAGFKAGGRDCGTSVPQGLLKAARKSGQLNLSGRNLSE
VPQCVWRINVDIPEEANQNLSFGATERWWEQTDLTKLIISNNKLQSLTDD
LRLLPALTVLDIHDNQLTSLPSAIRELENLQKLNVSHNKLKILPEEITNL
RNLKCLYLQHNELTCISEGFEQLSNLEDLDLSNNHLTTVPASFSSLSSLV
RLNLSSNELKSLPAEINRMKRLKHLDCNSNLLETIPPELAGMESLELLYL
RRNKLRFLPEFPSCSLLKELHVGENQIEMLEAEHLKHLNSILVLDLRDNK
LKSVPDEIILLRSLERLDLSNNDISSLPYSLGNLHLKFLALEGNPLRTIR
REIISKGTQEVLKYLRSKIKDDGPSQSESATETAMTLPSESRVNIHAIIT
LKILDYSDKQATLIPDEVFDAVKSNIVTSINFSKNQLCEIPKRMVELKEM
VSDVDLSFNKLSFISLELCVLQKLTFLDLRNNFLNSLPEEMESLVRLQTI
NLSFNRFKMLPEVLYRIFTLETILISNNQVGSVDPQKMKMMENLTTLDLQ
NNDLLQIPPELGNCVNLRTLLLDGNPFRVPRAAILMKGTAAILEYLRDRI
PT

Struktura proteina

[uredi | uredi izvor]

sekundarna struktura proteina ima obrazac unutar regiona ponavljanja leucina. Svako ponavljanje leucina ima β-list i α-heliks. Slika desno pokazuje konkretnu strukturu proteina nalik potkovici, sa mnogo ponavljanja bogatih leucinom. Ovisno o području gdje se LRR nalaze, drugi proteini mogu se vezati unutar krivulje potkovice ili za vanjski dio proteina.

LRRC40 se nalazi na negativnom lancu DNK (vidi smislenost) hromosoma 1 između baznih parova 70,611.483 i 70,671.223.[7] Gen proizvodi iRNK sa 2.958 baznih parova. U ljudskom genu ima 15 predviđenih egzona [8] sa četiri druga obrasca prerade predviđena na GeneCards prema Alternative Splice Database.[9]

Gensko susjedstvo

[uredi | uredi izvor]

LRRC40 je nizvodno susedan sa LRRC7 (70,225,888 - 70,587,570) na pozitivnom DNK lancu i uzvodno sa SRSF11 (70,687,320-70,716,488) na pozitivnom DNK lancu.

LRRC40 je eksprimiran između 50. i 100. percentila u skoro svakom tkivu u tijelu.[10]

Protein

[uredi | uredi izvor]

Iako tačna funkcija proteina LRRC40 još nije shvaćena, vjeruje se da učestvuje u interakcijama protein-protein jer je član porodice proteina leucinom bogata ponavljanja, za koje se zna da učestvuju u interakcijama protein-protein.[11]

Svojstva

[uredi | uredi izvor]

LRRC40 je protein od 602 aminokiseline sa molekulskom težinom od 68,254 kDa i izoelektričnom tačkom od 6,04.[12] Očekuje se da se LRRC40 nalazi u ćelijskom jedru[13] i nema transmembranske domene da ga usidri za jedrovu membranu. LRRC40 ima mnogo predviđenih mjesta fosforilacije. Od 19 predviđenih fosfoserinskih lokacija, samo dvije su konzervirane unutar ortologa.[14] Ova dva mjesta S38 i S391.

Interakcije proteina

[uredi | uredi izvor]

Prema Genecards-u, LRRC40 ima 756 mogućih interakcija proteina.[9] Ove interakcije su zasnovane na rezultatima u bazi podataka Molecular Interaction, koja pruža dvije moguće interakcije proteina. Dva proteina su opisana u tabeli ispod.

SkraćenicaProteinPristup bazi NCBIĆelijska lokacijaFunkcija
CDC5LProtein sličan proteinu 5 ciklusa ćelijske diobeNP_001244Jedroregulacija transkripcije i prerada iRNK [15]
SNW1Ski-interaktivni proteinNP_036377.1JedroPrerada iRNK [16]

Distribucija po vrstama

[uredi | uredi izvor]

LRRC40 je konzerviran kod svih svojih ortologa. Cijeli protein je visoko konzerviran kod sisara, dok je konzerviranost visoka unutar ponavljanja bogatih leucinom u ostatku ortologa.[17] Ortolozi su pronađeni sve do grimizne morske anemone i homolozi su pronađeni u bakterija i Archaea pomoću BLAST-a.[18] The following table gives information on the homologs of LRRC40.

Rod i vrstaUobičajeno imeDatiranje divergencije od ljudske loze (milioni godina) [19]NCBI mRNA accessionSequence similarity [18]Dužina protenaUobičajeni naziv gena
Homo sapiens[8]Čovjek--NM_017768100%602LRRC40
Pan troglodytes[20]Obični čimpanza6,4XM_51348399%602Hipotetski protein
Pongo abelii [21]Orangutan15.8NM_00113118099%602LRRC40
Macaca fascicularis [22]Dugorepi makak-majmun30,2AB17921999%602Puni LRRC40
Callithrix jacchus [23]Obični marmozet43,9XM_002750952.199%602Predviđeni: LRRC40
Sus scrofa [24]Divlja svinja92,5XM_00312792896%602Predviđeni: LRRC40-liki protein
Mus musculus [25]Miš94,1NM_02419492%602LRRC40
Monodelphis domestica [26]Oposum160,2XM_00137941786%598Hipotetski protein
Gallus gallus [27]Kokoš274,8NM_00103129585%603LRRC40
Taeniopygia guttata [28]Zebrasta zeba274,8XM_00218836785%605Predviđeni: LRRC40
Xenopus (Silurana) tropicalis [29]Zapadna kandžasta žaba389,7NM_00101131080%605LRRC40
Danio rerio [30]Zebrica444,3NM_19986283%601LRRC40
Salmo salar [31]Losos444,3BT04362182%600LRRC40
Nematostella vectensis [32]Grimizna morska anemona830,3XM_00164023066%602Predviđeni protein
Culex quinquefasciatus [33]Južni kućni komarac838,3XM_001842697.158%612LRRC40

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000132128 - Ensembl, maj 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000028703 - Ensembl, maj 2017
  3. ↑ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ↑ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ↑ "Entrez Gene: leucine rich repeat containing 40".
  6. ↑ "UniProt, Q9H9A6" (jezik: eng.). Pristupljeno 30. 11. 2021.CS1 održavanje: nepoznati jezik (link)
  7. ↑ "NCBI Gene: 55631".
  8. 1 2 "NCBI Nucleotide: NM_017768.4".
  9. 1 2 "GeneCards: LRRC40".
  10. ↑ "GEO Profiles: LRRC40 GDS596".
  11. ↑ Kobe B, Kajava AV (decembar 2001). "The leucine-rich repeat as a protein recognition motif". Curr. Opin. Struct. Biol. 11 (6): 725–32. doi:10.1016/S0959-440X(01)00266-4. PMID 11751054.
  12. ↑ "ExPASy: Compute PI/Mw". Arhivirano s originala, 23. 7. 2003.
  13. ↑ "PSORTII: Protein Localization Tool".[trajno mrtav link]
  14. ↑ "NetPhos 2.0 Server: Phosphorylation Prediction".
  15. ↑ "MINT: CDC5L". Arhivirano s originala, 18. 2. 2013.
  16. ↑ "MINT: SNW1". Arhivirano s originala, 18. 2. 2013.
  17. ↑ Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD (juli 2003). "Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs". Nucleic Acids Res. 31 (13): 3497–500. doi:10.1093/nar/gkg500. PMC 168907. PMID 12824352.
  18. 1 2 "NCBI BLAST".
  19. ↑ "Time Tree".
  20. ↑ "NCBI Nucleotide: XP_513483".
  21. ↑ "NCBI Nucleotide: NM_001131180".
  22. ↑ "NCBI Nucleotide: AB179219".
  23. ↑ "NCBI Nucleotide: XM_002750952.1".
  24. ↑ "NCBI Nucleotide: XM_003127928".
  25. ↑ "NCBI Nucleotide: NM_024194".
  26. ↑ "NCBI Nucleotide: XM_001379417".
  27. ↑ "NCBI Nucleotide: NM_001031295".
  28. ↑ "NCBI Nucleotide: XM_002188367".
  29. ↑ "NCBI Nucleotide: NM_001011310".
  30. ↑ "NCBI Nucleotide: NM_199862".
  31. ↑ "NCBI Nucleotide: BT043621".
  32. ↑ "NCBI Nucleotide: XM_001640230".
  33. ↑ "NCBI Nucleotide: XM_001842697.1".
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=LRRC41&oldid=3541074"