Idi na sadržaj

IFFO1

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
IFFO1
Identifikatori
AliasiIFFO1
Vanjski ID-jeviOMIM: 610495 MGI: 2444516 HomoloGene: 18706 GeneCards: IFFO1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za IFFO1
Genomska lokacija za IFFO1
Bend12p13.31Početak6,538,961 bp[1]
Kraj6,556,073 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 6 (miš)
Hrom.Hromosom 6 (miš)[2]
Hromosom 6 (miš)
Genomska lokacija za IFFO1
Genomska lokacija za IFFO1
Bend6|6 F2Početak125,145,241 bp[2]
Kraj125,161,782 bp[2]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

25900

320678

Ensembl

ENSG00000010295

ENSMUSG00000038271

UniProt

Q0D2I5

Q8BXL9

RefSeq (mRNK)
NM_001039670
NM_001193457
NM_001193459
NM_015438
NM_080730

NM_080731
NM_001330324
NM_001330325

NM_001039669
NM_178787
NM_001302778
NM_001302779

RefSeq (bjelančevina)

NP_001034759
NP_001180386
NP_001317253
NP_001317254
NP_542768

NP_001034758
NP_001289707
NP_001289708
NP_848902

Lokacija (UCSC)Chr 12: 6.54 – 6.56 MbChr 6: 125.15 – 125.16 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Intermedijarni filamant porodice orfan 1 je protein koji je kod ljudi kodiran genom IFFO1. Filament IFFO1 molekulske težine 61,98 kDa nema okarakteriziranu funkciju.[5] IFFO1 proteini imaju važnu ulogu u citoskeletu i jedarnoj ovojnici većini tipova eukariotskih ćelija.[6]

Gen

[uredi | uredi izvor]

IFFO kod ljudi nalazi se na minus lancu hromozoma 12, sekvenca p13.3. Protein sadrži 17.709 nukleotidnih baza koje kodiraju 570 aminokiselina. Bazna izoelektrična tačka je 4,83.[7] IFFO1 sadrži visoko konzerviran domen filamenta koji obuhvata 299 aminokiselina od amino ostatka 230 do 529.[8] Ova regija je identificirana kao porodica domena konzerviranih proteina pfam00038.[9] Zbog alternativne prerade, kod ljudi postoji sedam izoformI IFFO1 sa 10 tipskih kodirajućih egzon.

Lokus IFFO1 na hromosomskoj poziciji 12p13.3

Protein

[uredi | uredi izvor]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 559 aminokiselina, a molekulska težina 61.979 Da.[10]

1020304050
MNPLFGPNLFLLQQEQQGLAGPLGDSLGGDHFAGGGDLPPAPLSPAGPAA
YSPPGPGPAPPAAMALRNDLGSNINVLKTLNLRFRCFLAKVHELERRNRL
LEKQLQQALEEGKQGRRGLGRRDQAVQTGFVSPIRPLGLQLGARPAAVCS
PSARVLGSPARSPAGPLAPSAASLSSSSTSTSTTYSSSARFMPGTIWSFS
HARRLGPGLEPTLVQGPGLSWVHPDGVGVQIDTITPEIRALYNVLAKVKR
ERDEYKRRWEEEYTVRIQLQDRVNELQEEAQEADACQEELALKVEQLKAE
LVVFKGLMSNNLSELDTKIQEKAMKVDMDICRRIDITAKLCDVAQQRNCE
DMIQMFQVPSMGGRKRERKAAVEEDTSLSESEGPRQPDGDEEESTALSIN
EEMQRMLNQLREYDFEDDCDSLTWEETEETLLLWEDFSGYAMAAAEAQGE
QEDSLEKVIKDTESLFKTREKEYQETIDQIELELATAKNDMNRHLHEYME
MCSMKRGLDVQMETCRRLITQSGDRKSPAFTAVPLSDPPPPPSEAEDSDR
DVSSDSSMR
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Struktura

[uredi | uredi izvor]

Predviđena sekundarna struktura proteina sastoji se uglavnom od alfa-heliksa (47,19%) i slučajnih zavojnica (44,74%). Građa intermedijarnih filamenata je kao izduženi namotani dimer koji se sastoji od četiri uzastopna alfa-heliksna segmenta.[11]

Predviđena tercijarna struktura proteina IFFO1 prema PHYRE2 programu

Strukturno je najsličniji 1GK4, koji je lanac A ljudske vimentinske zavojnice fragmenta 2b (Cys2).[12] Vimentin je posrednički filament klase II koji se nalazi u različitim neepitelnim ćelijama, posebno u mezenhimskim.[13] Protein vimentin je također odgovoran za održavanje oblika ćelije, integritet citoplazme i stabilizaciju citoskeletnih interakcija.[14] Proteinu IFFO1 najsličnija je njegova 1A podjedinica, koja čini jedan amfipatski alfa-heliks koji je kompatibilan s geometrijom upredene zavojnice. Nagađa se da je ovaj lanac tokom sastavljanja intermedijarnih filamenata uključen u specifične interakcije dimer-dimer. Utvrđeno je da je "YRKLLEGEE" domen na C-kraju važan za stvaranje autentičnih tetramernih kompleksa, kao i za kontrolu širine filamenta tokom sklapanja.[15]

Ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Na temelju eksperimentalnih podataka o normalnim tkivima u ljudskom tijelu, gen IFFO1 je visoko eksprimiran u malom mozgu, kori velikog mozga, a posebno u slezeni. Srednja ekspresija se vidi u nekoliko područja, poput nadbubrežne žlijezde, debelog crijeva, limfnih čvorova, timusa i jajnika. Područja tkiva koja su imala relativno nisku ekspresiju uključuju CD4 i CD8 T-ćelije, ćelije epididimisa, srce i želudac.Izuzetno niski nivoi ekspresije primijećeni su u tkivima dobijenim od fetusa, bubrega, sjemenik, štitnjače, a posebno pljuvačnim žlijezdama. Međutim, otkriveno je da je gen visoko eksprimiran i u hondrosarkomu.[16] Hondrosarkom je rak ćelija koje proizvode kolagen. Stoga se čini da postoji povezanost između filamentnih svojstava IFFO1 i hondrosarkoma.

Posttranslacijske modifikacije

[uredi | uredi izvor]

Predviđa se da će se jedan signal za nuklearni izvoz nalaziti na leucin 141.[17] Predviđeno je da protein IFFO1 ima 11-aminokiselinski jedarni signal na poziciji 373.[18] Na temelju dokaza, predviđa se da protein ima visoku kedarnu diskriminaciju.[19] Jedan kiseli klaster negativnog naboja pronađen je iz amino ostataka 435 do 447. Jedna ponavljajuća sekvenca PAPLSPAGP pojavljuje se dva puta pri 40 do 48, a zatim ponovo od 159 do 166. Utvrđeno je da je ovo područje bogato prolinom visoko očuvano. Jedan dugi aminokiselinski multiplet od 5 prolina nalazi se na 549. Četiri ubikvitininacijska mjesta nalaze se na četiri različita lizinska ostatka. Mogu se pronaći na Lys78, Lys103, Lys113, Lys339.[20] Eksperimentalno, postojali su dokazi o 43 mjesta fosforilacije, smještena na 31 serinu, sedam treonina i pet tirozina .[21] Nadalje, dokazi su s visokim pouzdanjem pokazali da je Ser533 mjesto fosforilacije posebno za protein-kinazu C. Mesto fosforilacije na Ser162 također deluje kao a-glikozilirano mjesto. Ovaj tip glikozilacije funkcionira tako da se proteini pravilno savijaju, stabiliziraju protein i imaju ulogu u adheziji ćelija-ćelija.[22] Četiri sumolirane aminokiseline pronađene su na Leu249, Leu293, Leu298 i Leu325.[23] Sumolacija ima nekoliko učinaka, uključujući ometanje interakcije između ciljnog proteina i njegovog partnera ili osiguravanje mjesta vezivanja za partnera u interakciji, uzrokujući konformacijske promjene modificirane mete i olakšavajući ili antagonizirajući ubikvitinizaciju.[24] Predviđeno je da će pet glikacijskih mjesta biti na Lys78, Lys256, Lys305, Lys380 i Lys478. Krajnje produkcije glikacije uključene su u promjene konformacije proteina, gubitak funkcije i nepovratno umrežavanje.[25]

Alijasi

[uredi | uredi izvor]

IFFO1 naziva se i izoforma X1 porodice orfan, porodice intermedijarnih filamenata, HOM-TES-103, MGC sličan intemedijarnim vlaknima: 2625 i tumorski antigen HOM-TES-10.[5]

Homologija

[uredi | uredi izvor]

Ortolozi

[uredi | uredi izvor]

Utvrđeno je da je gen visoko konzerviran. Najdalje ortologe nalazimo kod riba, uključujući i morske pse (hrskavičaste ribe) kao što je Callorhinchus milii.[26] Very low percentages of sequence coverage and identity of the gene's orthologs in fungi and invertebrates suggest that the gene was lost in those organisms.[5] Stoga je vrlo vjerojatno da je IFFO1 nastalo kod kičmenjaka.

Rod/Vrsta Uobičajeno ime Datiranje divergencije od ljudi (milioni godina) Dužina (aa) Sličnost Idente Pristup bazi NCBI
Homo sapiens Čovjek N/A 570 100% 100% XP_006719036.1
Mus musculus Miš 92,3 563 93% 95% XP_006506337.2
Lipotes vexillifer Baiji delfin 94,2 573 92% 95% XP_007469487.1
Loxodonta africana Afrički žbunski slon 98,7 574 94% 96% XP_003410688.1
Chrysemys picta bellii Obojena kornjača 296 557 78% 84% XP_005291351.1
Pseudopodoces humilis Prizemna sjenica 296 531 76% 81% XP_005523902.1
Python bivittatus Burmanski piton 296 570 75% 82% XP_007429680.1
Haliaeetus leucocephalus Ćeloglavi orao 296 537 74% 79% XP_010565842.1
Rana catesbeiana Američka žaba-bik 371,2 511 25% 44% BAB63946.1
Ambystoma mexicanum Daždevnjak 371,2 372 24% 42% AFN68290.1
Notophthalmus viridescens Istočni triton 371,2 496 23% 45% CAA04656.1
Danio rerio Zebrica 400,1 640 62% 71% XP_690165.5
Poecilia formosa Amazonska ribica 400,1 640 57% 65% XP_007550181.1
Callorhinchus milii Australijska ajkula-duh 462,5 512 62% 73% XP_007896103.1

Paralozi

[uredi | uredi izvor]

Kod ljudi pronađen je jedan paralog pod imenom IFFO2. Utvrđeno je da paralog ima 99% sličnosti i 99% pokrivenosti u poređenju s IFFO1. Paralogna sekvence je visoko konzervirana, sve do riba i vodozemaca.

Evolucija

[uredi | uredi izvor]

Više poravnavanja sekvenci pokazalo je da je prolinom-bogato područje od amino ostataka 39 do 61 blizu 5' kraja sekvence visoko konzervirano u bliskim i udaljenim ortolozima.[27] Osim toga, područje filamenta blizu 3' kraja sekvence također je visoko konzervirano. Od 42 konzervirana aminokiselinska ostatka pronađena unutar sekvence IFFO1 , 33 ih se nalazi u području filamenta.

U poređenju sa fibrinogenom i citokromom C (CYCS), IFFO1 evoluira horotelično, tj. umjerenom brzinom. Evolucijska historija fibrinogena pokazuje da je to gen koji evoluira (tahitelična evolucija), dok je otkriveno da s gen citohroma C gen braditelično, odnosno sporo evoluira. S najudaljenijim ortologom u australskoj aveti, do duplikacije gena "IFFO1" došlo je kod riba, koje su divergirale od ljudi prije 462,5 miliona godina.[28]

Interakcije

[uredi | uredi izvor]

Dokazi iz dvohibridnog skrininga postoje za četiri proteinske interakcije s IFFO1.[20]

  • ACAP1 (ArfGAP sa upredenom zavojnicom, ankirinskim ponavljanjem i PH domenima 1):[29] Proteini koji aktiviraju GTPazu za faktor ADP ribozilacije 6 potrebni su za eksport proteina ovisnih o klatrinu, iz recikliranja endosoma u trans-Golgijevu mrežu i na ćelijskuu površinu.[30]
  • RNF183:[31] protein koji veže prsten cinkovog prsta koji može biti uključen u puteve sveprisutnosti,
  • GFI1B:[32] faktor transkripcije koji ima važnu ulogu u razvoju i diferencijaciji eritroidnih i megakariocitnih loza.[33]
  • XRCC4:[34] work with DNA ligase IV and DNA-dependent protein kinase in DNA repair of double-stranded breaks by non-homologous end joining

Druga interakcija proteina sa ubikvitinom C pronađena je pri hvatanju afinitet-MS-analiza.[35]

Klinički značaj

[uredi | uredi izvor]

Nije utvrđeno da je gen IFFO1 povezan s nekom posebnom bolešću

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000010295 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000038271 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ a b c "IFFO1 Gene - GeneCards | IFFO1 Protein | IFFO1 Antibody".
  6. ^ Steinert, Peter M.; Roop, Dennis R. (1988). "Molecular and Cellular Biology of Intermediate Filaments". Annual Review of Biochemistry. 57: 593–625. doi:10.1146/annurev.bi.57.070188.003113. PMID 3052284.
  7. ^ "PhosphoSitePlus". Arhivirano s originala, 3. 4. 2019. Pristupljeno 27. 5. 2019.
  8. ^ "PREDICTED: Intermediate filament family orphan 1 isoform X7 [Homo sapi - Protein - NCBI".
  9. ^ "CDD Conserved Protein Domain Family: Filament".
  10. ^ "UniProt, Q0D2I5". Pristupljeno 10. 9. 2021.
  11. ^ Strelkov SV, Herrmann H, Geisler N, Wedig T, Zimbelmann R, Aebi U, Burkhard P (mart 2002). "Conserved segments 1A and 2B of the intermediate filament dimer: their atomic structures and role in filament assembly". The EMBO Journal. 21 (6): 1255–66. doi:10.1093/emboj/21.6.1255. PMC 125921. PMID 11889032.
  12. ^ Wang Y, Addess KJ, Chen J, Geer LY, He J, He S, Lu S, Madej T, Marchler-Bauer A, Thiessen PA, Zhang N, Bryant SH (januar 2007). "MMDB: annotating protein sequences with Entrez's 3D-structure database". Nucleic Acids Research. 35 (Database issue): D298–300. doi:10.1093/nar/gkl952. PMC 1751549. PMID 17135201.
  13. ^ "VIM - Vimentin - Homo sapiens (Human) - VIM gene & protein".
  14. ^ "VIM vimentin [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI".
  15. ^ Herrmann H, Strelkov SV, Feja B, Rogers KR, Brettel M, Lustig A, Häner M, Parry DA, Steinert PM, Burkhard P, Aebi U (maj 2000). "The intermediate filament protein consensus motif of helix 2B: its atomic structure and contribution to assembly". Journal of Molecular Biology. 298 (5): 817–32. doi:10.1006/jmbi.2000.3719. PMID 10801351.
  16. ^ "EST Profile - Hs.15243".
  17. ^ "NetNES 1.1 Server".
  18. ^ "NLS Mapper". Arhivirano s originala, 10. 8. 2021. Pristupljeno 10. 8. 2021.
  19. ^ "PSORT WWW Server".
  20. ^ a b "IFFO1 Gene - GeneCards | IFFO1 Protein | IFFO1 Antibody".
  21. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (decembar 1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390. Arhivirano s originala, 10. 8. 2021. Pristupljeno 10. 8. 2021.
  22. ^ Chang C, Stewart RC (juli 1998). "The two-component system. Regulation of diverse signaling pathways in prokaryotes and eukaryotes". Plant Physiology. 117 (3): 723–31. doi:10.1104/pp.117.3.723. PMC 1539182. PMID 9662515.
  23. ^ "GPS-SUMO: Prediction of SUMOylation Sites & SUMO-interaction Motifs". Arhivirano s originala, 10. 5. 2013. Pristupljeno 10. 8. 2021.
  24. ^ Geiss-Friedlander R, Melchior F (decembar 2007). "Concepts in sumoylation: a decade on". Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 8 (12): 947–56. doi:10.1038/nrm2293. PMID 18000527. S2CID 30462190.
  25. ^ Münch G, Schicktanz D, Behme A, Gerlach M, Riederer P, Palm D, Schinzel R (oktobar 1999). "Amino acid specificity of glycation and protein-AGE crosslinking reactivities determined with a dipeptide SPOT library". Nature Biotechnology. 17 (10): 1006–10. doi:10.1038/13704. PMID 10504703. S2CID 818528.
  26. ^ "BLAST: Basic Local Alignment Search Tool".
  27. ^ "Arhivirana kopija". Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 10. 8. 2021.CS1 održavanje: arhivirana kopija u naslovu (link)
  28. ^ http://timetree.org/
  29. ^ "2 items (Homo sapiens) - STRING database".[mrtav link]
  30. ^ Jackson TR, Brown FD, Nie Z, Miura K, Foroni L, Sun J, Hsu VW, Donaldson JG, Randazzo PA (oktobar 2000). "ACAPs are arf6 GTPase-activating proteins that function in the cell periphery". The Journal of Cell Biology. 151 (3): 627–38. doi:10.1083/jcb.151.3.627. PMC 2185579. PMID 11062263.
  31. ^ "2 items (Homo sapiens) - STRING database".[mrtav link]
  32. ^ "2 items (Homo sapiens) - STRING database".[mrtav link]
  33. ^ Elmaagacli AH, Koldehoff M, Zakrzewski JL, Steckel NK, Ottinger H, Beelen DW (januar 2007). "Growth factor-independent 1B gene (GFI1B) is overexpressed in erythropoietic and megakaryocytic malignancies and increases their proliferation rate". British Journal of Haematology. 136 (2): 212–9. doi:10.1111/j.1365-2141.2006.06407.x. PMID 17156408. S2CID 40412593.
  34. ^ "2 items (Homo sapiens) - STRING database".[mrtav link]
  35. ^ "2 items (Homo sapiens) - STRING database".[mrtav link]
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=IFFO1&oldid=3580966"