C12orf60
C12orf60 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
Aliasi | C12orf60 | ||||||||||||||||||||||||
Vanjski ID-jevi | MGI: 3605234 HomoloGene: 52193 GeneCards: C12orf60 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
Lokacija (UCSC) | Chr 12: 14.8 – 14.91 Mb | Chr 6: 136.8 – 136.82 Mb | |||||||||||||||||||||||
PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
|
Neokarakterizirani protein otvorenog okvira čitanja 60 hromosoma 12 (C12orf60) je protein tkoji je kod ljudi (Homo sapiens) kodiran genom C12orf60, poznatim i kao LOC144608 ili MGC47869. Proteinu nedostaju transmembranski domen i heliksi, ali je bogat alfa-heliksima. Predviđa se da se lokalizira u u jedru.[5]
Transkript C12orf60 iRNK je dug 1.139 nukleotida[6] i kodira protein sa 245 aminokiselina.[7] Predviđeno je da se nalazi u jedru, ali u naučnoj zjednici njegova funkcija još uvijek nije dobro shvaćena. Smatra se potencijalnim biomarkerom za otkrivanje alergenske imunoterapije.[8]
Gen je visoko eksprimiran u sjemenicima i debelom crijevu, ali također i u bubrezima, karcinomima dojke, mozgu i raznim endokrinim žlijezdama.[9]
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 245 aminokiselina, a molekulska težina 27.626 Da.[10].
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MSSESEKDKE | RLIQAAKMFF | FHVQDLASVI | NTLTELFSRS | MNTQILLMAV | ||||
KNNSYIKDFF | EQMLKIFKEM | QSVVDARHDK | IQKESLCSKV | AMAMCSVVQK | ||||
STNVEELHQS | AKEVFKSAHT | PVIISVLNSS | NILGSLESSL | SHLMKFPIMN | ||||
LQLSDFYTED | TKEQSDVTTS | ERTRSPPGSS | KTTMIDTLKK | LQDVLKTEDS | ||||
KNPTKSAADL | LEQIVKAMGP | ILEILQKAIK | TMEMNISVFK | KASDK |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Gen[uredi | uredi izvor]
Lokus i veličina[uredi | uredi izvor]
C12rf60 nalazi se na hromosomu 12, sa početkom u 14,803.572 bp i završetkom na 14,823.858 bp, obuhvatajući 20.287 baznih parova.[11] Nalazi se na prednjoj/pozitivnoj niti između 12p12.3 i 12p13.1 citogenetičke pruge.[12] Ostali geni koji su unutar 100 kilobaza ovog gena uključuju:[13]
- Pozitivni/prednji lanac
- Član porodice H2A histona J (H2AFJ)
- Negativni/stražnji lanac
- Jednoprolazni membranski protein od tri domena sa upredenim zavojnicama (SMCO3)
- Protein vezivanja WW domena 11 (WBP11)
- ADP-riboziltransferaza 4 (ART4)
- Četveročlani skup histona, H4 (HIST4H4)
- LOC105369669
- Matriks Gla protein (MGP)
Uobičajeni pseudonimi[uredi | uredi izvor]
C12orf60 je takođe poznat kao LOC144608 i MGC47869.
iRNK[uredi | uredi izvor]
Unutar gena postoje ukupno 22 egzona. Od ovih egzona postoji 13 varijanti transkripta. Predviđeno je 12 ovih varijanti transkripta i da će samo sedam od njih kodirati protein. Nadalje, predviđa se da kodiraju isti protein.
Značajna obilježja sekvence iRNK uključuju dva signala poliadenilacije u 3' neprevedenoj regiji (UTR), meta je nekoliko proteina koji vežu RNK (RBP) uključujući RBP-MBNL1 u 5' UTR. u primarnom transkriptu, nalazi se jedno intronsko mjesto prerade, kao i uzvodni uokvireni stop kodon.
Protein[uredi | uredi izvor]
Sastav[uredi | uredi izvor]
C12orf60 ima predviđenu izoelektričnu tačku od 8,19 i molekulsku masu od 27,6 kiloD. Ostaci glicina i tirozina relativno su manje zastupljeni u usporedbi s drugim proteinima u ljudskom proteomu, dok je metionin zastupljeniji.
Topologija[uredi | uredi izvor]
Predviđa se da će proteinski proizvod ima više α-heliksa, upredenih zavojnica i jedan β-list. Predlaže se da protein ne sadrži transmembranske regije ili spirale, što znači da nije usidren na ćelijsku membranu niti unutarćelijske membrane poput Golgijevog aparata.[15]
Konzervirani domeni[uredi | uredi izvor]
U predviđenom proteinskom proizvodu, C12orf60 sadrži konzervirani proteinski domen od 225 aminokiselina. Ovaj domen (DUF4533) je unutar porodice proteina pfam15047. U ovoj porodici je naveden samo još jedan gen: C12orf69 , koji je takođe poznat i kao SMOC3 (jednoprolazni membranski protein sa domenima upredene zavojnice 3).[16]
Analiza ljudskog C12orf60 i njegovih devet ortologa otkriva visoko konzerviranu ERL motiv počevši od 10. ostatka ljudske proteinske sekvence. Nije poznato da li se ovaj motiv javlja u drugim proteinima.
Ostali konzervirani ostaci su Asp25, Ser28, Phe37, Met41, Glu69, Leu85, Lys88, Leu143, Pro147, Ile148, Leu151, Gln164, Lys189, Leu191, Ala207 i Glu212, Leu225 i Lys227. Nadalje, ti ostaci leže u okviru DUF4533, što ukazuje na to da su ove konzervirane aminokiseline važne za funkciju domena. Također, područje između 100. i 150. ostataka nije konzervirano. Dakle, ovo područje vjerovatno nije vitalno za funkciju proteina.
Posttranslacijska modifikacija[uredi | uredi izvor]
Budući da se predviđa da je proteinski proizvod unutarćelijski, ne predviđa se da će doći do vanćelijskih modifikacija na C12orf60. Predviđene su i druge modifikacije kao što su acetilacija, fosforilacija, cijepanje pikornavirusne proteaze, sumolizacija i O-beta-GlcNAcilacija da se jave na C12orf60, kao i na nekoliko njegovih ortolognih proteina. Postoje dvije aminokiseline koje služe kao mjesta i fosforilacije i O-beta-GlcNAcilacije, što može ukazivati na mjesto aktivacija ili inaktivacija proteina.
Subćelijska lokalizacija[uredi | uredi izvor]
Predviđeno je da se C12orf60 lokalizira u jedru, citoplazmi ili izvan ćelije.[17][18][19][20][21][22] Međutim, sadašnja literatura podržava njegovu lokalizaciju u jedru.
Ekspresija[uredi | uredi izvor]
Tkivna ekspresija[uredi | uredi izvor]
Ekspresija C12orf60 je reguliranoa. Gen je visoko eksprimirn u sjemenicima i debelom crijevu, ali je također eksprimiran i u bubrezima, karcinomima dojke, različitim endokrinim žlijezdama i nekim regijama mozga.[24][25][26] Također je eksprimiran i u tijelu embriona i fetus tokom razvoja.[24]
Regulacija transkripcije[uredi | uredi izvor]
Promotor GXP_71811 regulira ekspresiju C12orf60. Dug je 1.373 parova baza i također se nalazi na pozitivnom lancu. Postoji više od 400 transkripcijskih faktora koji se mogu podudarati za vezivanje za ovaj promotor, uključujući one SOX/SRY-determinator spola/testisa, ljudske i mišje ETS i transkripcijske faktore za homeodomen.[11]
Interakcija proteina[uredi | uredi izvor]
Rolland et al. otkrili su da C12orf60 stupa u interakciju sa BMP4 (koštani morfogenetski protein 4).[27] BMP4 inducira stvaranje kostiju i hrskavica. Također djeluje u mezodermnoj indukciji i popravci prijeloma.
Nekoliko drugih proteina bi također moglo stupiti u interakciju s C12orf60,[28] a neki su predviđeni za koekspresiju sa proteinima.[29] Moguća interakcija proteina uključuje L3MBTL4, C3orf67, FAM78A i PXDC1. Pacovi sa nadekspresijom L3MBTL4 imaju veći krvni pritisak i učestaliji srčani ciklus.[30]
Proteini za koje se smatra da su koeksprimirani zajedno sa C12orf60 uključuju ELMOD2, TTC30B i BCDIN3D. Smatra se da je ELMOD2 uključen u antivirusne reakcije i uzrokuje porodičnu idiopatsku plućnu fibrozu.[31] TTC30B je uključen u biogenezu organela i put održavanja, kao i unutarflagelski transport. BCDIN3D je metiltransferaza i služi kao negativni regulator prerade miRNK.[32] Budući da iz različitih izvora ne postoji saglasnost o bilo kojoj interakciji protein-protein, teško je utvrditi postoji li do neke od ovih interakcija.
Homologija[uredi | uredi izvor]
Paralozi[uredi | uredi izvor]
Nema poznatih paraloga ovog gena u ljudskom genomu, niti su pronađeni paralozi C12orf60 unutar odabranih vrsta koje imaju ortologe proteina C12orf60.
Ortolozi[uredi | uredi izvor]
Mnogi ortolozi nalaze se u sisara i nekoliko vrsta ptica.
Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Procjena divergencije od proteina LCA (milioni godina) | Pristupnj broj (iRNK) | Pristupni broj (protein) | Korigirani identitet sekvnce – standardna devijacija (%) |
---|---|---|---|---|---|
Homo sapiens | Ljudi | 0 | NM_175874.3 | NP_787070.2 | 0 |
Pongo abelii | Orangutani | 15,76 | XM_002822980.2 | XP_002823026.1 | 2,94 |
Rhinopithecus bieti | Crni prćastonosi majmun | 29,44 | XM_017873538.1 | XP_017729027.1 | 9,87 |
Cebus capucinus imitator | Bjeloglavi kapucin | 43,2 | XM_017528453.1 | XP_017383942.1 | 9,87 |
Saimiri boliviensis boliviensis | Bolivijski vjeveričasti majmun | 43,2 | XM_003934554.2 | XP_003934603.1 | 10,3 |
Propithecus coquereli | Coquerelov sifaka | 74 | XM_012652172.1 | XP_012507626.1 | 28,6 |
Ceratotherium simum simum | Južni bijeli nosorog | 96 | XM_004435503.2 | XP_004435560.1 | 33,1 |
Physeter catodon | Spermasti kit | 96 | XM_007107758.1 | XP_007107820.1 | 35,4 |
Equus caballus | Konj | 96 | XM_001497318.3 | XP_001497368.1 | 38,3 |
Miniopterus natalensis | Natalov dugoprsti šišmiš | 96 | XM_016197505.1 | XP_016052991.1 | 40,8 |
Felis catus | Mačka | 96 | XM_003988472.3 | XP_003988521.1 | 41,4 |
Ovis aries | Ovca | 96 | XM_004007552.3 | XP_004007601.1 | 43,9 |
Ursus maritimus | Polarni medvjed | 96 | XM_008707031.1 | XP_008705253.1 | 44,0 |
Choloepus hoffmanni | Hoffmanov dvozubi ljenivac | 105 | N/A | N/A | 44,5 |
Canis lupus familiaris | Pas | 96 | XM_005637113.2 | XP_005637170.1 | 48,1 |
Erinaceus europaeus | Zapadnoevropski jež | 96 | XM_007533153.1 | XP_007533215.1 | 48,8 |
Dasypus novemcinctus | Devetoprugi armadilo | 105 | XM_004460316.1 | XP_004460373.1 | 56,0 |
Echinops telfairi | Mali madagaskarski jež | 105 | XM_004713800.1 | XP_004713857.1 | 56,0 |
Ochotona princeps | Američka pika | 90 | XM_004592653.2 | XP_004592710.1 | 56,7 |
Myotis brandtii | Brandtov šišmiš | 96 | XM_005866788.2 | XP_005866850.1 | 59,2 |
Mus musculus | Kućni miš | 90 | NM_178776.3 | NP_848891.2 | 62,0 |
Rattus norvegicus | Norveški pacov | 90 | NM_001037797.1 | NP_001032886.1 | 67,3 |
Sorex araneus | Obična rovka | 96 | XM_004611368.1 | XP_004611425.1 | 75,1 |
Leptosomus discolor | Savijačka kukavica | 312 | XM_009947218.1 | XP_009945520.1 | 129 (100%) |
Melopsittacus undulatus | Papagaj | 312 | N/A | N/A | 160 (100%) |
Klinički značaj[uredi | uredi izvor]
Reference u literaturi[uredi | uredi izvor]
Gen je unutar 1 Mb SNP-ova koji su povezani s pretilošću, visinom i težinom.[33]
Gen je naveden zajedno s dva druga gena u patentu, kao potencijalni biomarker za otkrivanje učinkovitosti imunoterapije alergenima.[8] Konkretno, otkrivanje tri kopije C12orf60 značilo je da je imunoterapija nedjelotvorna.
U jednoj studiji, gen je bio među nekoliko identificiranih gena koji su translocirani u jednog pacijenta s recidivirajućom akutnom limfoblastnom leukemijom.[34] Ova translokacija povezana je s apoptozom i tumorigenezom.
Druga studija je otkrila da je gen reguliran najmanje 1,5 puta u ćelijama koje eksprimiraju konstitutivni faktor poboljšanja miocita 2 ( MEF2CA).[35] MEF2CA se prirodno eksprimira u mozgu.
Jedno istraživanje je pokazalo da gen sadrži "savršeni potencijalni antioksidativni protein 1 (ATOX1)", mjesto interakcije DNK u regiji promotora."[36]
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182993 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000047515 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ mieg@ncbi.nlm.nih.gov, Danielle Thierry-Mieg and Jean Thierry-Mieg, NCBI/NLM/NIH. "AceView: Gene:C12orf60, a comprehensive annotation of human, mouse and worm genes with mRNAs or ESTsAceView". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 19. 2. 2017.
- ^ "Homo sapiens chromosome 12 open reading frame 60 (C12orf60), mRNA - Nucleotide - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 19. 2. 2017.
- ^ "uncharacterized protein C12orf60 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 19. 2. 2017.
- ^ a b Hiroi, T., & Okubo, K. (2010). U.S. Patent Application No. 13/498,267.
- ^ Marchler-Bauer, A., Bo, Y., Han, L., He, J., Lanczycki, C. J., Lu, S., ... & Gwadz, M. (2016). CDD/SPARCLE: functional classification of proteins via subfamily domain architectures. Nucleic Acids Research, gkw1129.
- ^ "UniProt, Q5U649". Pristupljeno 7. 8. 2021.
- ^ a b "Genome Annotation and Browser". Genomatix. Arhivirano s originala, 2. 12. 2021.
- ^ Database, GeneCards Human Gene. "C12orf60 Gene - GeneCards | CL060 Protein | CL060 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 19. 2. 2017.
- ^ "C12orf60 chromosome 12 open reading frame 60 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Pristupljeno 24. 4. 2017.
- ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Categories". www.expasy.org (jezik: engleski). Pristupljeno 24. 4. 2017.
- ^ "NCBI CDD Conserved Protein Domain DUF4533". www.ncbi.nlm.nih.gov (jezik: engleski). Pristupljeno 27. 2. 2017.
- ^ "SLP-Local". sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp. Arhivirano s originala, 22. 1. 2016. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "Hum-mPLoc 2.0 server". www.csbio.sjtu.edu.cn. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "BaCelLo". gpcr.biocomp.unibo.it. Arhivirano s originala, 13. 4. 2021. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "CELLO:Subcellular Localization Predictive System". cello.life.nctu.edu.tw. Arhivirano s originala, 4. 3. 2016. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "Hslpred: A svm based method for the subcellular localization of human proteins". www.imtech.res.in. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "ESLPred2 : Improved version of ESLPred". www.imtech.res.in. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ "GDS3113 / 107275". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ a b "Home - UniGene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 24. 4. 2017.
- ^ a b "Microarray Data :: Allen Brain Atlas: Human Brain". human.brain-map.org. Pristupljeno 30. 4. 2017.
- ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, EMBL-EBI Expression Atlas development team. "Expression Atlas < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk. Pristupljeno 24. 4. 2017.
- ^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, et al. (novembar 2014). "A proteome-scale map of the human interactome network". Cell. 159 (5): 1212–1226. doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. PMC 4266588. PMID 25416956.
- ^ "STRING: functional protein association networks". string-db.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
- ^ "GeneMANIA". genemania.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
- ^ "OMIM Entry - * 617135 - L3MBT-LIKE 4; L3MBTL4". www.omim.org (jezik: engleski). Pristupljeno 24. 4. 2017.
- ^ Database, GeneCards Human Gene. "ELMOD2 Gene - GeneCards | ELMD2 Protein | ELMD2 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
- ^ Database, GeneCards Human Gene. "BCDIN3D Gene - GeneCards | BN3D2 Protein | BN3D2 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
- ^ Zhou L, Ji J, Peng S, Zhang Z, Fang S, Li L, Zhu Y, Huang L, Chen C, Ma J (decembar 2016). "A GWA study reveals genetic loci for body conformation traits in Chinese Laiwu pigs and its implications for human BMI". Mammalian Genome. 27 (11–12): 610–621. doi:10.1007/s00335-016-9657-4. PMID 27473603. S2CID 24327418.
- ^ Chen C, Bartenhagen C, Gombert M, Okpanyi V, Binder V, Röttgers S, Bradtke J, Teigler-Schlegel A, Harbott J, Ginzel S, Thiele R, Husemann P, Krell PF, Borkhardt A, Dugas M, Hu J, Fischer U (septembar 2015). "Next-generation-sequencing of recurrent childhood high hyperdiploid acute lymphoblastic leukemia reveals mutations typically associated with high risk patients". Leukemia Research. 39 (9): 990–1001. doi:10.1016/j.leukres.2015.06.005. PMID 26189108.
- ^ Chan SF, Huang X, McKercher SR, Zaidi R, Okamoto SI, Nakanishi N, Lipton SA (mart 2015). "Transcriptional profiling of MEF2-regulated genes in human neural progenitor cells derived from embryonic stem cells". Genomics Data. 3: 24–27. doi:10.1016/j.gdata.2014.10.022. PMC 4255278. PMID 25485232.
- ^ Muller PA, Klomp LW (juni 2009). "ATOX1: a novel copper-responsive transcription factor in mammals?". The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 41 (6): 1233–6. doi:10.1016/j.biocel.2008.08.001. PMID 18761103.
Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]
Commons ima datoteke na temu: C12orf60 |