Idi na sadržaj

C12orf60

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
C12orf60
Identifikatori
AliasiC12orf60
Vanjski ID-jeviMGI: 3605234 HomoloGene: 52193 GeneCards: C12orf60
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 12 (čovjek)
Hrom.Hromosom 12 (čovjek)[1]
Hromosom 12 (čovjek)
Genomska lokacija za C12orf60
Genomska lokacija za C12orf60
Bend12p13.1-p12.3Početak14,803,666 bp[1]
Kraj14,906,586 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 6 (miš)
Hrom.Hromosom 6 (miš)[2]
Hromosom 6 (miš)
Genomska lokacija za C12orf60
Genomska lokacija za C12orf60
Bend6|6 G1Početak136,804,624 bp[2]
Kraj136,817,660 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

144608

320135

Ensembl

ENSG00000182993

ENSMUSG00000047515

UniProt

Q5U649

Q810N5

RefSeq (mRNK)

NM_175874

NM_178776

RefSeq (bjelančevina)

NP_787070

NP_848891

Lokacija (UCSC)Chr 12: 14.8 – 14.91 MbChr 6: 136.8 – 136.82 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Neokarakterizirani protein otvorenog okvira čitanja 60 hromosoma 12 (C12orf60) je protein tkoji je kod ljudi (Homo sapiens) kodiran genom C12orf60, poznatim i kao LOC144608 ili MGC47869. Proteinu nedostaju transmembranski domen i heliksi, ali je bogat alfa-heliksima. Predviđa se da se lokalizira u u jedru.[5]

Transkript C12orf60 iRNK je dug 1.139 nukleotida[6] i kodira protein sa 245 aminokiselina.[7] Predviđeno je da se nalazi u jedru, ali u naučnoj zjednici njegova funkcija još uvijek nije dobro shvaćena. Smatra se potencijalnim biomarkerom za otkrivanje alergenske imunoterapije.[8]

Gen je visoko eksprimiran u sjemenicima i debelom crijevu, ali također i u bubrezima, karcinomima dojke, mozgu i raznim endokrinim žlijezdama.[9]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 245 aminokiselina, a molekulska težina 27.626 Da.[10].

1020304050
MSSESEKDKERLIQAAKMFFFHVQDLASVINTLTELFSRSMNTQILLMAV
KNNSYIKDFFEQMLKIFKEMQSVVDARHDKIQKESLCSKVAMAMCSVVQK
STNVEELHQSAKEVFKSAHTPVIISVLNSSNILGSLESSLSHLMKFPIMN
LQLSDFYTEDTKEQSDVTTSERTRSPPGSSKTTMIDTLKKLQDVLKTEDS
KNPTKSAADLLEQIVKAMGPILEILQKAIKTMEMNISVFKKASDK
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Gen

[uredi | uredi izvor]

Lokus i veličina

[uredi | uredi izvor]
Lokacija C12orf60 na hromosomu 12

C12rf60 nalazi se na hromosomu 12, sa početkom u 14,803.572 bp i završetkom na 14,823.858 bp, obuhvatajući 20.287 baznih parova.[11] Nalazi se na prednjoj/pozitivnoj niti između 12p12.3 i 12p13.1 citogenetičke pruge.[12] Ostali geni koji su unutar 100 kilobaza ovog gena uključuju:[13]

Uobičajeni pseudonimi

[uredi | uredi izvor]

C12orf60 je takođe poznat kao LOC144608 i MGC47869.

iRNK

[uredi | uredi izvor]

Unutar gena postoje ukupno 22 egzona. Od ovih egzona postoji 13 varijanti transkripta. Predviđeno je 12 ovih varijanti transkripta i da će samo sedam od njih kodirati protein. Nadalje, predviđa se da kodiraju isti protein.

Prostorna distribucija prerađenih izoformi C12orf60, između citogenetičkih traka 12p12.3 i 12p13.1.
Predviđene su sve izoforme koje počinju s “X”. Ljubičasti transkripti nisu kodirajući, a svi zeleni transkripti kodiraju istu proteinsku sekvencu. Krpelji na linijama pokazuju lokaciju egzona, dok introni leže između.

Značajna obilježja sekvence iRNK uključuju dva signala poliadenilacije u 3' neprevedenoj regiji (UTR), meta je nekoliko proteina koji vežu RNK (RBP) uključujući RBP-MBNL1 u 5' UTR. u primarnom transkriptu, nalazi se jedno intronsko mjesto prerade, kao i uzvodni uokvireni stop kodon.

Protein

[uredi | uredi izvor]
Predviđena tercijarna struktura proteina 12orf60, prema I-TASSER.[14] Označeni u aminokiselinski krajevi. Regije koje se nalaze unutar DUF4533 obojene su crveno, ako je upredena zavojnica i ljubičasto/plavo ako je alfa-heliks. Inače, zavojnice su obojene sivom bojom, a alfa-heliksi sivo/plavom bojom.

Sastav

[uredi | uredi izvor]

C12orf60 ima predviđenu izoelektričnu tačku od 8,19 i molekulsku masu od 27,6 kiloD. Ostaci glicina i tirozina relativno su manje zastupljeni u usporedbi s drugim proteinima u ljudskom proteomu, dok je metionin zastupljeniji.

Model rotatirajućeg predviđenog proteina C12orf60 prema I-TASSER.

Topologija

[uredi | uredi izvor]

Predviđa se da će proteinski proizvod ima više α-heliksa, upredenih zavojnica i jedan β-list. Predlaže se da protein ne sadrži transmembranske regije ili spirale, što znači da nije usidren na ćelijsku membranu niti unutarćelijske membrane poput Golgijevog aparata.[15]

Konzervirani domeni

[uredi | uredi izvor]

U predviđenom proteinskom proizvodu, C12orf60 sadrži konzervirani proteinski domen od 225 aminokiselina. Ovaj domen (DUF4533) je unutar porodice proteina pfam15047. U ovoj porodici je naveden samo još jedan gen: C12orf69 , koji je takođe poznat i kao SMOC3 (jednoprolazni membranski protein sa domenima upredene zavojnice 3).[16]

Analiza ljudskog C12orf60 i njegovih devet ortologa otkriva visoko konzerviranu ERL motiv počevši od 10. ostatka ljudske proteinske sekvence. Nije poznato da li se ovaj motiv javlja u drugim proteinima.

Ostali konzervirani ostaci su Asp25, Ser28, Phe37, Met41, Glu69, Leu85, Lys88, Leu143, Pro147, Ile148, Leu151, Gln164, Lys189, Leu191, Ala207 i Glu212, Leu225 i Lys227. Nadalje, ti ostaci leže u okviru DUF4533, što ukazuje na to da su ove konzervirane aminokiseline važne za funkciju domena. Također, područje između 100. i 150. ostataka nije konzervirano. Dakle, ovo područje vjerovatno nije vitalno za funkciju proteina.

Posttranslacijska modifikacija

[uredi | uredi izvor]

Budući da se predviđa da je proteinski proizvod unutarćelijski, ne predviđa se da će doći do vanćelijskih modifikacija na C12orf60. Predviđene su i druge modifikacije kao što su acetilacija, fosforilacija, cijepanje pikornavirusne proteaze, sumolizacija i O-beta-GlcNAcilacija da se jave na C12orf60, kao i na nekoliko njegovih ortolognih proteina. Postoje dvije aminokiseline koje služe kao mjesta i fosforilacije i O-beta-GlcNAcilacije, što može ukazivati na mjesto aktivacija ili inaktivacija proteina.

Dijagram predviđenih post-translacijskih modifikacija C12orf60

Subćelijska lokalizacija

[uredi | uredi izvor]

Predviđeno je da se C12orf60 lokalizira u jedru, citoplazmi ili izvan ćelije.[17][18][19][20][21][22] Međutim, sadašnja literatura podržava njegovu lokalizaciju u jedru.

Ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Tkivna ekspresija

[uredi | uredi izvor]
Profil ekspresije tkiva procijenjen mikročipom C12orf60.[23]

Ekspresija C12orf60 je reguliranoa. Gen je visoko eksprimirn u sjemenicima i debelom crijevu, ali je također eksprimiran i u bubrezima, karcinomima dojke, različitim endokrinim žlijezdama i nekim regijama mozga.[24][25][26] Također je eksprimiran i u tijelu embriona i fetus tokom razvoja.[24]

Profil ekspresije C12orf60 u mozgu procijenjen mikronizova.[25] Lokacije ekspresije su sljedeće (lokacije visokih ekspresija podebljane):
1) Moždana kora,
2) Moždano jezgro,
3) Epitalamus,
4) Hipotalamus,
5) Subtalamus,
6) Talamus,
7) Srednji mozak,
8 ) Srednjemoždani tegmentum (omotač),
9) Mali mozak,
10) Pons,
11) Produžena moždina,
12) Telencefalonska bijela masa,
13) Moždane komore

Regulacija transkripcije

[uredi | uredi izvor]

Promotor GXP_71811 regulira ekspresiju C12orf60. Dug je 1.373 parova baza i također se nalazi na pozitivnom lancu. Postoji više od 400 transkripcijskih faktora koji se mogu podudarati za vezivanje za ovaj promotor, uključujući one SOX/SRY-determinator spola/testisa, ljudske i mišje ETS i transkripcijske faktore za homeodomen.[11]

Interakcija proteina

[uredi | uredi izvor]
Interakcija (lijevo) i koekspresija poteina C12orf60

Rolland et al. otkrili su da C12orf60 stupa u interakciju sa BMP4 (koštani morfogenetski protein 4).[27] BMP4 inducira stvaranje kostiju i hrskavica. Također djeluje u mezodermnoj indukciji i popravci prijeloma.

Nekoliko drugih proteina bi također moglo stupiti u interakciju s C12orf60,[28] a neki su predviđeni za koekspresiju sa proteinima.[29] Moguća interakcija proteina uključuje L3MBTL4, C3orf67, FAM78A i PXDC1. Pacovi sa nadekspresijom L3MBTL4 imaju veći krvni pritisak i učestaliji srčani ciklus.[30]

Proteini za koje se smatra da su koeksprimirani zajedno sa C12orf60 uključuju ELMOD2, TTC30B i BCDIN3D. Smatra se da je ELMOD2 uključen u antivirusne reakcije i uzrokuje porodičnu idiopatsku plućnu fibrozu.[31] TTC30B je uključen u biogenezu organela i put održavanja, kao i unutarflagelski transport. BCDIN3D je metiltransferaza i služi kao negativni regulator prerade miRNK.[32] Budući da iz različitih izvora ne postoji saglasnost o bilo kojoj interakciji protein-protein, teško je utvrditi postoji li do neke od ovih interakcija.

Homologija

[uredi | uredi izvor]

Paralozi

[uredi | uredi izvor]

Nema poznatih paraloga ovog gena u ljudskom genomu, niti su pronađeni paralozi C12orf60 unutar odabranih vrsta koje imaju ortologe proteina C12orf60.

Ortolozi

[uredi | uredi izvor]

Mnogi ortolozi nalaze se u sisara i nekoliko vrsta ptica.

Ortolozi C12orf60 i ostalih vrsta, poređeni sa ljudskim C12orf60
Rod i vrsta Uobičajeno ime Procjena divergencije od proteina LCA (milioni godina) Pristupnj broj (iRNK) Pristupni broj (protein) Korigirani identitet sekvnce – standardna devijacija (%)
Homo sapiens Ljudi 0 NM_175874.3 NP_787070.2 0
Pongo abelii Orangutani 15,76 XM_002822980.2 XP_002823026.1 2,94
Rhinopithecus bieti Crni prćastonosi majmun 29,44 XM_017873538.1 XP_017729027.1 9,87
Cebus capucinus imitator Bjeloglavi kapucin 43,2 XM_017528453.1 XP_017383942.1 9,87
Saimiri boliviensis boliviensis Bolivijski vjeveričasti majmun 43,2 XM_003934554.2 XP_003934603.1 10,3
Propithecus coquereli Coquerelov sifaka 74 XM_012652172.1 XP_012507626.1 28,6
Ceratotherium simum simum Južni bijeli nosorog 96 XM_004435503.2 XP_004435560.1 33,1
Physeter catodon Spermasti kit 96 XM_007107758.1 XP_007107820.1 35,4
Equus caballus Konj 96 XM_001497318.3 XP_001497368.1 38,3
Miniopterus natalensis Natalov dugoprsti šišmiš 96 XM_016197505.1 XP_016052991.1 40,8
Felis catus Mačka 96 XM_003988472.3 XP_003988521.1 41,4
Ovis aries Ovca 96 XM_004007552.3 XP_004007601.1 43,9
Ursus maritimus Polarni medvjed 96 XM_008707031.1 XP_008705253.1 44,0
Choloepus hoffmanni Hoffmanov dvozubi ljenivac 105 N/A N/A 44,5
Canis lupus familiaris Pas 96 XM_005637113.2 XP_005637170.1 48,1
Erinaceus europaeus Zapadnoevropski jež 96 XM_007533153.1 XP_007533215.1 48,8
Dasypus novemcinctus Devetoprugi armadilo 105 XM_004460316.1 XP_004460373.1 56,0
Echinops telfairi Mali madagaskarski jež 105 XM_004713800.1 XP_004713857.1 56,0
Ochotona princeps Američka pika 90 XM_004592653.2 XP_004592710.1 56,7
Myotis brandtii Brandtov šišmiš 96 XM_005866788.2 XP_005866850.1 59,2
Mus musculus Kućni miš 90 NM_178776.3 NP_848891.2 62,0
Rattus norvegicus Norveški pacov 90 NM_001037797.1 NP_001032886.1 67,3
Sorex araneus Obična rovka 96 XM_004611368.1 XP_004611425.1 75,1
Leptosomus discolor Savijačka kukavica 312 XM_009947218.1 XP_009945520.1 129 (100%)
Melopsittacus undulatus Papagaj 312 N/A N/A 160 (100%)

Klinički značaj

[uredi | uredi izvor]

Reference u literaturi

[uredi | uredi izvor]

Gen je unutar 1 Mb SNP-ova koji su povezani s pretilošću, visinom i težinom.[33]

Gen je naveden zajedno s dva druga gena u patentu, kao potencijalni biomarker za otkrivanje učinkovitosti imunoterapije alergenima.[8] Konkretno, otkrivanje tri kopije C12orf60 značilo je da je imunoterapija nedjelotvorna.

U jednoj studiji, gen je bio među nekoliko identificiranih gena koji su translocirani u jednog pacijenta s recidivirajućom akutnom limfoblastnom leukemijom.[34] Ova translokacija povezana je s apoptozom i tumorigenezom.

Druga studija je otkrila da je gen reguliran najmanje 1,5 puta u ćelijama koje eksprimiraju konstitutivni faktor poboljšanja miocita 2 ( MEF2CA).[35] MEF2CA se prirodno eksprimira u mozgu.

Jedno istraživanje je pokazalo da gen sadrži "savršeni potencijalni antioksidativni protein 1 (ATOX1)", mjesto interakcije DNK u regiji promotora."[36]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000182993 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000047515 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ mieg@ncbi.nlm.nih.gov, Danielle Thierry-Mieg and Jean Thierry-Mieg, NCBI/NLM/NIH. "AceView: Gene:C12orf60, a comprehensive annotation of human, mouse and worm genes with mRNAs or ESTsAceView". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 19. 2. 2017.
  6. ^ "Homo sapiens chromosome 12 open reading frame 60 (C12orf60), mRNA - Nucleotide - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 19. 2. 2017.
  7. ^ "uncharacterized protein C12orf60 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 19. 2. 2017.
  8. ^ a b Hiroi, T., & Okubo, K. (2010). U.S. Patent Application No. 13/498,267.
  9. ^ Marchler-Bauer, A., Bo, Y., Han, L., He, J., Lanczycki, C. J., Lu, S., ... & Gwadz, M. (2016). CDD/SPARCLE: functional classification of proteins via subfamily domain architectures. Nucleic Acids Research, gkw1129.
  10. ^ "UniProt, Q5U649". Pristupljeno 7. 8. 2021.
  11. ^ a b "Genome Annotation and Browser". Genomatix. Arhivirano s originala, 2. 12. 2021.
  12. ^ Database, GeneCards Human Gene. "C12orf60 Gene - GeneCards | CL060 Protein | CL060 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 19. 2. 2017.
  13. ^ "C12orf60 chromosome 12 open reading frame 60 [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  14. ^ "I-TASSER server for protein structure and function prediction". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  15. ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal - Categories". www.expasy.org (jezik: engleski). Pristupljeno 24. 4. 2017.
  16. ^ "NCBI CDD Conserved Protein Domain DUF4533". www.ncbi.nlm.nih.gov (jezik: engleski). Pristupljeno 27. 2. 2017.
  17. ^ "SLP-Local". sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp. Arhivirano s originala, 22. 1. 2016. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  18. ^ "Hum-mPLoc 2.0 server". www.csbio.sjtu.edu.cn. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  19. ^ "BaCelLo". gpcr.biocomp.unibo.it. Arhivirano s originala, 13. 4. 2021. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  20. ^ "CELLO:Subcellular Localization Predictive System". cello.life.nctu.edu.tw. Arhivirano s originala, 4. 3. 2016. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  21. ^ "Hslpred: A svm based method for the subcellular localization of human proteins". www.imtech.res.in. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  22. ^ "ESLPred2 : Improved version of ESLPred". www.imtech.res.in. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  23. ^ "GDS3113 / 107275". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  24. ^ a b "Home - UniGene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  25. ^ a b "Microarray Data :: Allen Brain Atlas: Human Brain". human.brain-map.org. Pristupljeno 30. 4. 2017.
  26. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, EMBL-EBI Expression Atlas development team. "Expression Atlas < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  27. ^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, et al. (novembar 2014). "A proteome-scale map of the human interactome network". Cell. 159 (5): 1212–1226. doi:10.1016/j.cell.2014.10.050. PMC 4266588. PMID 25416956.
  28. ^ "STRING: functional protein association networks". string-db.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  29. ^ "GeneMANIA". genemania.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  30. ^ "OMIM Entry - * 617135 - L3MBT-LIKE 4; L3MBTL4". www.omim.org (jezik: engleski). Pristupljeno 24. 4. 2017.
  31. ^ Database, GeneCards Human Gene. "ELMOD2 Gene - GeneCards | ELMD2 Protein | ELMD2 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  32. ^ Database, GeneCards Human Gene. "BCDIN3D Gene - GeneCards | BN3D2 Protein | BN3D2 Antibody". www.genecards.org. Pristupljeno 24. 4. 2017.
  33. ^ Zhou L, Ji J, Peng S, Zhang Z, Fang S, Li L, Zhu Y, Huang L, Chen C, Ma J (decembar 2016). "A GWA study reveals genetic loci for body conformation traits in Chinese Laiwu pigs and its implications for human BMI". Mammalian Genome. 27 (11–12): 610–621. doi:10.1007/s00335-016-9657-4. PMID 27473603. S2CID 24327418.
  34. ^ Chen C, Bartenhagen C, Gombert M, Okpanyi V, Binder V, Röttgers S, Bradtke J, Teigler-Schlegel A, Harbott J, Ginzel S, Thiele R, Husemann P, Krell PF, Borkhardt A, Dugas M, Hu J, Fischer U (septembar 2015). "Next-generation-sequencing of recurrent childhood high hyperdiploid acute lymphoblastic leukemia reveals mutations typically associated with high risk patients". Leukemia Research. 39 (9): 990–1001. doi:10.1016/j.leukres.2015.06.005. PMID 26189108.
  35. ^ Chan SF, Huang X, McKercher SR, Zaidi R, Okamoto SI, Nakanishi N, Lipton SA (mart 2015). "Transcriptional profiling of MEF2-regulated genes in human neural progenitor cells derived from embryonic stem cells". Genomics Data. 3: 24–27. doi:10.1016/j.gdata.2014.10.022. PMC 4255278. PMID 25485232.
  36. ^ Muller PA, Klomp LW (juni 2009). "ATOX1: a novel copper-responsive transcription factor in mammals?". The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 41 (6): 1233–6. doi:10.1016/j.biocel.2008.08.001. PMID 18761103.

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]
Commons logo
Commons logo
Commons ima datoteke na temu: C12orf60
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=C12orf60&oldid=3543858"