Idi na sadržaj

SCNN1D

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
SCNN1D
Identifikatori
AliasiSCNN1D
Vanjski ID-jeviOMIM: 601328 HomoloGene: 48152 GeneCards: SCNN1D
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 1 (čovjek)
Hrom.Hromosom 1 (čovjek)[1]
Hromosom 1 (čovjek)
Genomska lokacija za SCNN1D
Genomska lokacija za SCNN1D
Bend1p36.33Početak1,280,436 bp[1]
Kraj1,292,029 bp[1]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija ligand-gated sodium channel activity
sodium channel activity
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
Ćelijska komponenta integral component of membrane
ćelijska membrana
membrana
actin cytoskeleton
Biološki proces ion transport
sensory perception of taste
response to stimulus
sodium ion transport
sodium ion transmembrane transport
ion transmembrane transport
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001130413
NM_002978

n/a

RefSeq (bjelančevina)

NP_001123885

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 1: 1.28 – 1.29 Mbn/a
PubMed pretraga[2]n/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

Gen SCNN1D sa hromosoma1, kodira za δ (delta) podjedinicu epitelnog natrijevog kanala ENaC kod kičmenjaka. ENaC je sastavljen kao heterotrimer od tri homologne podjedinice α, β i γ ili δ, β i γ.[3] Ostale ENAC podjedinice kodirane su pomoću SCNN1A, SCNN1B i SCNN1G.

ENaC se eksprimira u epitelnim ćelijama i razlikuje se od napon-ovisnog natrijevog kanala koji je uključen u stvaranje akcijskih potencijala u neuronima. Skraćenica za gene koji kodiraju za naponski-ovisni natrijski kanal počinje sa tri slova: SCN. Za razliku od ovih natrijevih kanala, ENaC je konstitutivno aktivan i ne zavisi od napona. Drugo N u skraćenici (SCNN1D) predstavlja da su to kanali koji nisu naponski ograničeni.

Kod većine kičmenjaka, ioni natrija su glavna determinanta osmolarnosti vanćelijske tečnosti.[4] ENaC omogućava transfer iona natrija preko epitelne ćelijske membrane u takozvanim "zategnutim epitelima" koji imaju nisku permeabilnost. Protok iona natrija kroz epitel utiče na osmolarnost vanćelijske tečnosti. Dakle, ENaC ima centralnu ulogu u regulaciji homeostaze tjelesnih tekućina i elektrolita i posljedično utiče na krvni pritisak.[5]

Pošto amilorid snažno inhibira ENaC, on se takođe naziva "natrijevim kanalom osetljivim na amilorid".

Historija

[uredi | uredi izvor]

Prvu cDNK koja kodira delta podjedinicu ENaC klonirali su i sekvencirali Waldmann et al. iz iRNK ljudskog bubrega.[6]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 638 aminokiselina, a molekulska težina 70.215 Da.[5]

1020304050
MAEHRSMDGRMEAATRGGSHLQAAAQTPPRPGPPSAPPPPPKEGHQEGLV
ELPASFRELLTFFCTNATIHGAIRLVCSRGNRLKTTSWGLLSLGALVALC
WQLGLLFERHWHRPVLMAVSVHSERKLLPLVTLCDGNPRRPSPVLRHLEL
LDEFARENIDSLYNVNLSKGRAALSATVPRHEPPFHLDREIRLQRLSHSG
SRVRVGFRLCNSTGGDCFYRGYTSGVAAVQDWYHFHYVDILALLPAAWED
SHGSQDGHFVLSCSYDGLDCQARQFRTFHHPTYGSCYTVDGVWTAQRPGI
THGVGLVLRVEQQPHLPLLSTLAGIRVMVHGRNHTPFLGHHSFSVRPGTE
ATISIREDEVHRLGSPYGHCTAGGEGVEVELLHNTSYTRQACLVSCFQQL
MVETCSCGYYLHPLPAGAEYCSSARHPAWGHCFYRLYQDLETHRLPCTSR
CPRPCRESAFKLSTGTSRWPSAKSAGWTLATLGEQGLPHQSHRQRSSLAK
INIVYQELNYRSVEEAPVYSVPQLLSAMGSLCSLWFGASVLSLLELLELL
LDASALTLVLGGRRLRRAWFSWPRASPASGASSIKPEASQMPPPAGGTSD
DPEPSGPHLPRVMLPGVLAGVSAEESWAGPQPLETLDT

Struktura gena

[uredi | uredi izvor]

Sekvenca gena SCNN1D je prvi put otkrivena Pprojektom ljudskog genoma. SCNN1D se nalazi u kratkom kraku hromozoma 1 (Ensembl baza podataka: ENSG00000162572) i počinje na nukleotidu 1,280.436 na prednjem lancu. Njegova dužina je oko 11.583 bp. Gen kodira nekoliko alternativnih transkripata sa različitim mjestima inicijacije transkripcije i translacije (vidi sliku 1 ispod). U uzorcima iRNK iz ljudskog mozga otkriveni su, klonirani i okarakterizirani alternativni proizvodi prerade.[7][8] Gen ffebhe SCNN1D nalazi se u većini kičmenjaka,[3] ali je izgubljen u genomima miša i pacova.[9] [10]

Tkivno specifična ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Ekspresija δ-podjedinice specifična za tkivo je veoma različita od one druge tri podjedinice koje kodiraju SCNN1A, SCNN1B i SCNN1G. Dok su α, β i γ podjedinice eksprimirane uglavnom u tubulskom epitelu bubrega, disajnim putevima,[11] ženskom reproduktiuvnom traktu,[11] debelom crijevu, pljuvačne i znojne žlijezde,[12] δ-podjedinica je eksprimirana uglavnom u mozgu, pankreasu, sjemenicima i jajnicima.[10]

Struktura proteina

[uredi | uredi izvor]

Primarne strukture sve četiri ENaC podjedinice pokazuju snažnu sličnost. Dakle, ova četiri proteina predstavljaju porodicu proteina koji imaju zajedničkog pretka. U globalnom poravnanju (što znači poravnanje sekvenci duž cijele njihove dužine, a ne samo djelomičnih segmenata), ljudska δ podjedinica dijeli 34% identiteta sa α podjedinicom i 23% identiteta sa β i γ podjedinicama.

Sve četiri sekvence ENaC podjedinica imaju dva hidrofobna dijela koja formiraju dva transmembranska segmenta zvana TM1 i TM2.[13] U obliku vezanom za membranu, TM segmenti su ugrađeni u membranski dvosloj, amino- i karboksi-terminalni regioni nalaze se unutar ćelije, a segment između dva TM ostaje izvan ćelije kao vanćelijski region ENaC. Ova vanćelijska regija uključuje oko 70% ostataka svake podjedinice. Dakle, u obliku vezanom za membranu, većina svake podjedinice nalazi se izvan ćelije.

Struktura ENaC-a još nije utvrđena. Ipak, struktura homolognog proteina ASIC1 je riješena.[14][15] Struktura kokošiojeg ASIC1 otkrila je da je ASIC1 sastavljen kao homotrimer od tri identične podjedinice. Autori originalne studije sugerirali su da ASIC1 trimer nalikuje šaki koja drži loptu.[14] Otuda se različiti domeni ASIC1 nazivaju dlan, zglob, prst, palac i β-lopta.[14]

Poravnavanje sekvenci ENaC podjedinica sa ASIC1 sekvencom otkriva da su TM1 i TM2 segmenti i domen dlana konzervirani, a domeni zgloba, prsta i palca imaju insercije u ENaC. Studije mutageneze usmjerene na mjesto na ENaC podjedinicama pružaju dokaz da se mnoge osnovne karakteristike ASIC1 strukturnog modela primjenjuju i na ENaC.[3] Ipak, ENaC je obavezan heterotrimer sastavljen od tri podjedinice kao i αβγ ili βγδ trimer.[16]

Pridružene bolesti

[uredi | uredi izvor]

Do sada mutacije u delta podjedinici nisu bile povezane sa određenom bolešću.

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000162572 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ a b c Hanukoglu I, Hanukoglu A (januar 2016). "Epithelial sodium channel (ENaC) family: Phylogeny, structure-function, tissue distribution, and associated inherited diseases". Gene. 579 (2): 95–132. doi:10.1016/j.gene.2015.12.061. PMC 4756657. PMID 26772908.
  4. ^ Bourque CW (juli 2008). "Central mechanisms of osmosensation and systemic osmoregulation". Nature Reviews. Neuroscience. 9 (7): 519–31. doi:10.1038/nrn2400. PMID 18509340. S2CID 205504313.
  5. ^ a b Rossier BC, Baker ME, Studer RA (januar 2015). "Epithelial sodium transport and its control by aldosterone: the story of our internal environment revisited". Physiological Reviews. 95 (1): 297–340. doi:10.1152/physrev.00011.2014. PMID 25540145.
  6. ^ Waldmann R, Champigny G, Bassilana F, Voilley N, Lazdunski M (novembar 1995). "Molecular cloning and functional expression of a novel amiloride-sensitive Na+ channel". The Journal of Biological Chemistry. 270 (46): 27411–4. doi:10.1074/jbc.270.46.27411. PMID 7499195.
  7. ^ Yamamura H, Ugawa S, Ueda T, Nagao M, Shimada S (oktobar 2006). "A novel spliced variant of the epithelial Na+ channel delta-subunit in the human brain". Biochemical and Biophysical Research Communications. 349 (1): 317–21. doi:10.1016/j.bbrc.2006.08.043. PMID 16930535.
  8. ^ Giraldez T, Afonso-Oramas D, Cruz-Muros I, Garcia-Marin V, Pagel P, González-Hernández T, Alvarez de la Rosa D (august 2007). "Cloning and functional expression of a new epithelial sodium channel delta subunit isoform differentially expressed in neurons of the human and monkey telencephalon". Journal of Neurochemistry. 102 (4): 1304–15. doi:10.1111/j.1471-4159.2007.04622.x. PMID 17472699. S2CID 18291486.
  9. ^ Ji HL, Zhao RZ, Chen ZX, Shetty S, Idell S, Matalon S (decembar 2012). "δ ENaC: a novel divergent amiloride-inhibitable sodium channel". American Journal of Physiology. Lung Cellular and Molecular Physiology. 303 (12): L1013–26. doi:10.1152/ajplung.00206.2012. PMC 3532584. PMID 22983350.
  10. ^ a b Giraldez T, Rojas P, Jou J, Flores C, Alvarez de la Rosa D (august 2012). "The epithelial sodium channel δ-subunit: new notes for an old song". American Journal of Physiology. Renal Physiology. 303 (3): F328–38. doi:10.1152/ajprenal.00116.2012. PMID 22573384.
  11. ^ a b Enuka Y, Hanukoglu I, Edelheit O, Vaknine H, Hanukoglu A (mart 2012). "Epithelial sodium channels (ENaC) are uniformly distributed on motile cilia in the oviduct and the respiratory airways". Histochemistry and Cell Biology. 137 (3): 339–53. doi:10.1007/s00418-011-0904-1. PMID 22207244. S2CID 15178940.
  12. ^ Duc C, Farman N, Canessa CM, Bonvalet JP, Rossier BC (decembar 1994). "Cell-specific expression of epithelial sodium channel alpha, beta, and gamma subunits in aldosterone-responsive epithelia from the rat: localization by in situ hybridization and immunocytochemistry". The Journal of Cell Biology. 127 (6 Pt 2): 1907–21. doi:10.1083/jcb.127.6.1907. PMC 2120291. PMID 7806569.
  13. ^ Canessa CM, Merillat AM, Rossier BC (decembar 1994). "Membrane topology of the epithelial sodium channel in intact cells". The American Journal of Physiology. 267 (6 Pt 1): C1682–90. doi:10.1152/ajpcell.1994.267.6.C1682. PMID 7810611.
  14. ^ a b c Jasti J, Furukawa H, Gonzales EB, Gouaux E (septembar 2007). "Structure of acid-sensing ion channel 1 at 1.9 A resolution and low pH". Nature. 449 (7160): 316–23. Bibcode:2007Natur.449..316J. doi:10.1038/nature06163. PMID 17882215.
  15. ^ Baconguis I, Bohlen CJ, Goehring A, Julius D, Gouaux E (februar 2014). "X-ray structure of acid-sensing ion channel 1-snake toxin complex reveals open state of a Na(+)-selective channel". Cell. 156 (4): 717–29. doi:10.1016/j.cell.2014.01.011. PMC 4190031. PMID 24507937.
  16. ^ Hanukoglu I (2017). "ASIC and ENaC type sodium channels: Conformational states and the structures of the ion selectivity filters". The FEBS Journal. 284 (4): 525–545. doi:10.1111/febs.13840. PMID 27580245. S2CID 24402104.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]

Vanjski linkovi

[uredi | uredi izvor]