Hromosom 9

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
Idi na navigaciju Idi na pretragu
Hromosom 9
Karakteristike
Dužina (bp)138,394,717 bp
(GRCh38)[1]
Br. gena739 (CCDS)[2]
Vrsta?
Pozicija centromere?
Kompletan spisak gena
CCDSSpisak gena
HGNCSpisak gena
UniProtSpisak gena
NCBISpisak gena
Vanjski preglednici karata
EnsemblHromosom 9
EntrezHromosom 9
NCBIHromosom 9
UCSCHromosom 9
Potpune DNK sekvence
RefSeqNC_000009 (FASTA)
GenBankCM000671 (FASTA)
Par hromosoma 9 u kariogramu muškarca
Human chromosome 09 from Gene Gateway - with label.png
LEGENDA-edit.png

Hromosom 9 je jedan od 23 para hromosoma čovjeka. Ljudi normalno imaju po dvije njegove kopije. Sadrži oko 145 miliona nukleotidnih baznih parova (u molekulima DNK). Čini 4 – 4.5 % ukupne količine DNK u ćeliji.

Identifikacija gena na svakom hromosomu, aktivno je područje genetičkih istraživanja. Zbog primjene različitih pristupa u procjeni broja gena na svakom hromosomu, i proračuni se uveliko razlikuju. Hromosom 9 vjerovatno sadrži 800 – 1.200 gena.

Geni[uredi | uredi izvor]

Broj gena[uredi | uredi izvor]

Ovo su neke od procjena broja gena za ljudski hromozom 9. Budući da istraživači koriste različite pristupe označavanju genoma, njihova predviđanja broja gena na svakom hromosomu variraju (za tehničke detalje pogledajte predviđanje gena). Među raznim projektima, zajednički Projekt konsenzusnog kodiranja (CCDS)) zauzima izuzetno konzervativnu strategiju. Dakle, predviđanje broja gena po CCDS-u predstavlja donju granicu ukupnog broja gena koji kodiraju ljudske proteine.

Baza podataka Protein-kodirajući geni Nonkodirajući geni RNK Pseudogeni Izvor Datum objave
CCDS
739 [2] 2016-09-08
HGNC
749 246 590 [3] 2017-05-12
Ensembl
775 788 663 [4] 2017-03-29
UniProt
812 [5] 2018-02-28
NCBI
822 830 738 [6][7][8] 2017-05-19

Lista gena[uredi | uredi izvor]

Slijedi djelimična lista gena na ljudskom hromozomu 9. Za cjelovitu listu pogledajte vezu u informacijskom okviru s desne strane.

Geni koji kodiraju antigene krvnih grupa ABO sistema nalaze se na dugom (q) kraku hromosoma, pozicija: 9q34.2)

FBP1 : Kodira ructoza-1,6-bisfosfatazu 1

Bolesti i poremećaji[uredi | uredi izvor]

Citogenetičke pruge/bendovi[uredi | uredi izvor]

Idiogrami G-pruganih ljudskih hromosoma 9
G-prugani idiogram ljudskog hromosoma 9 u resoluciji 850 bphs. Dužina pruga na ovom dijagramu proporcionalna je dužini osnovnog para. Ovaj tip idiograma obično se koristi u pretraživačima genoma (npr. Ensembl, UCSC pretraživač genoma.
Obrazac G-pruganog ljudskog hromosoma of 9 u tri različite rezolucije (400,[9] 550[10] and 850[11]). Band length in this diagram is based on the ideograms from ISCN (2013).[12] Ovaj tip idiograma predstavlja stvarnu relativnu dužinu uočenih pruga pod mikroskopom u različitim fazama tokom procesa mitoze.[13]
G-pruge ljudkog hromosoma 9 u rezoluciji 850 bphs[11]
Hromosom Krak Bend ISCN
start[14]
ISCN
stop[14]
Bazni par
start
Bazni par
stop
Boja Gustoća
9 p 24.3 0 127 1 2.200.000 gneg
9 p 24.2 127 268 2.200.001 4.600.000 gpos 25
9 p 24.1 268 451 4.600.001 9.000.000 gneg
9 p 23 451 677 9.000.001 14.200.000 gpos 75
9 p 22.3 677 846 14.200.001 16.600.000 gneg
9 p 22.2 846 987 16.600.001 18.500.000 gpos 25
9 p 22.1 987 1085 18.500.001 19.900.000 gneg
9 p 21.3 1085 1297 19.900.001 25.600.000 gpos 100
9 p 21.2 1297 1395 25.600.001 28.000.000 gneg
9 p 21.1 1395 1621 28.000.001 33.200.000 gpos 100
9 p 13.3 1621 1917 33.200.001 36.300.000 gneg
9 p 13.2 1917 2030 36.300.001 37.900.000 gpos 25
9 p 13.1 2030 2171 37.900.001 39.000.000 gneg
9 p 12 2171 2312 39.000.001 40.000.000 gpos 50
9 p 11.2 2312 2523 40.000.001 42.200.000 gneg
9 p 11.1 2523 2650 42.200.001 43.000.000 acen
9 q 11 2650 2876 43.000.001 45.500.000 acen
9 q 12 2876 3468 45.500.001 61.500.000 gvar
9 q 13 3468 3609 61.500.001 65.000.000 gneg
9 q 21.11 3609 3792 65.000.001 69.300.000 gpos 25
9 q 21.12 3792 3876 69.300.001 71.300.000 gneg
9 q 21.13 3876 4060 71.300.001 76.600.000 gpos 50
9 q 21.2 4060 4229 76.600.001 78.500.000 gneg
9 q 21.31 4229 4440 78.500.001 81.500.000 gpos 50
9 q 21.32 4440 4638 81.500.001 84.300.000 gneg
9 q 21.33 4638 4835 84.300.001 87.800.000 gpos 50
9 q 22.1 4835 5074 87.800.001 89.200.000 gneg
9 q 22.2 5074 5173 89.200.001 91.200.000 gpos 25
9 q 22.31 5173 5314 91.200.001 93.900.000 gneg
9 q 22.32 5314 5455 93.900.001 96.500.000 gpos 25
9 q 22.33 5455 5638 96.500.001 99.800.000 gneg
9 q 31.1 5638 5892 99.800.001 105.400.000 gpos 100
9 q 31.2 5892 6005 105.400.001 108.500.000 gneg
9 q 31.3 6005 6146 108.500.001 112.100.000 gpos 25
9 q 32 6146 6456 112.100.001 114.900.000 gneg
9 q 33.1 6456 6681 114.900.001 119.800.000 gpos 75
9 q 33.2 6681 6822 119.800.001 123.100.000 gneg
9 q 33.3 6822 6949 123.100.001 127.500.000 gpos 25
9 q 34.11 6949 7217 127.500.001 130.600.000 gneg
9 q 34.12 7217 7302 130.600.001 131.100.000 gpos 25
9 q 34.13 7302 7443 131.100.001 133.100.000 gneg
9 q 34.2 7443 7555 133.100.001 134.500.000 gpos 25
9 q 34.3 7555 7950 134.500.001 138.394.717 gneg
Napomene:
  • Za nomenklaturu citogenetskih traka, pogledajte članak lokus.
  • Vrijednosti (ISCN start/stop) temelje se na dužini opsega/ideograma iz knjige ISCN, Međunarodni sistem za lljudsku citogenetičku nomenklaturu (2013).
gpos – Regija koja je pozitivno obojena G pruganjem, općenito AT-bogata i siromašna genima;
gneg – Regija koja je negativno obojena, općenito CG-bogata i bogata genima;
acenCentromere.
var – Varijabilna regija; stalk – drška

Reference[uredi | uredi izvor]

  1. ^ "Human Genome Assembly GRCh38 - Genome Reference Consortium". National Center for Biotechnology Information (jezik: engleski). 24. 12. 2013. Pristupljeno 4. 3. 2017.
  2. ^ a b "Search results - 1[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("has ccds"[Properties] AND alive[prop]) - Gene". NCBI. CCDS Release 20 for Homo sapiens. 8. 9. 2016. Pristupljeno 28. 5. 2017.
  3. ^ "Statistics & Downloads for chromosome 9". HUGO Gene Nomenclature Committee. 12. 5. 2017. Pristupljeno 19. 5. 2017.
  4. ^ "Chromosome 9: Chromosome summary - Homo sapiens". Ensembl Release 88. 29. 3. 2017. Pristupljeno 19. 5. 2017.
  5. ^ "Human chromosome 9: entries, gene names and cross-references to MIM". UniProt. 28. 2. 2018. Pristupljeno 16. 3. 2018.
  6. ^ "Search results - 9[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("genetype protein coding"[Properties] AND alive[prop]) - Gene". NCBI. 19. 5. 2017. Pristupljeno 20. 5. 2017.
  7. ^ "Search results - 9[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ( ("genetype miscrna"[Properties] OR "genetype ncrna"[Properties] OR "genetype rrna"[Properties] OR "genetype trna"[Properties] OR "genetype scrna"[Properties] OR "genetype snrna"[Properties] OR "genetype snorna"[Properties]) NOT "genetype protein coding"[Properties] AND alive[prop]) - Gene". NCBI. 19. 5. 2017. Pristupljeno 20. 5. 2017.
  8. ^ "Search results - 9[CHR] AND "Homo sapiens"[Organism] AND ("genetype pseudo"[Properties] AND alive[prop]) - Gene". NCBI. 19. 5. 2017. Pristupljeno 20. 5. 2017.
  9. ^ Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (400 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2014-03-04. Retrieved 2017-04-26.
  10. ^ Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (550 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2015-08-11. Retrieved 2017-04-26.
  11. ^ a b Genome Decoration Page, NCBI. Ideogram data for Homo sapience (850 bphs, Assembly GRCh38.p3). Last update 2014-06-03. Retrieved 2017-04-26.
  12. ^ International Standing Committee on Human Cytogenetic Nomenclature (2013). ISCN 2013: An International System for Human Cytogenetic Nomenclature (2013). Karger Medical and Scientific Publishers. ISBN 978-3-318-02253-7.
  13. ^ Sethakulvichai, W.; Manitpornsut, S.; Wiboonrat, M.; Lilakiatsakun, W.; Assawamakin, A.; Tongsima, S. (2012). Estimation of band level resolutions of human chromosome images. In Computer Science and Software Engineering (JCSSE), 2012 International Joint Conference on. str. 276–282. doi:10.1109/JCSSE.2012.6261965. ISBN 978-1-4673-1921-8.
  14. ^ a b These values (ISCN start/stop) are based on the length of bands/ideograms from the ISCN book, An International System for Human Cytogenetic Nomenclature (2013). Arbitrary unit.

Vanjski linkovi[uredi | uredi izvor]

  • National Institutes of Health. "Chromosome 9". Genetics Home Reference. Arhivirano s originala, 30. 6. 2007. Pristupljeno 6. 5. 2017.
  • "Chromosome 9". Human Genome Project Information Archive 1990–2003. Pristupljeno 6. 5. 2017.